2022-10-24 23:44:59, 小迈 武汉迈特维尔生物科技有限公司
说起微生物组学研究,我们熟悉的检测方法主要包括扩增子(16S/ITS/18S)测序和宏基因组测序,16S测序技术主要用来检测微环境中细菌的种类和丰度,但是这种方法检测肿瘤内细菌效果往往不佳。升级版16S测序——5R 16S测序,与常规扩增策略相比,此方法扩增出的区域覆盖约68%的16S全长序列,可以大幅提高细菌物种检测的覆盖率和分辨率。
PART
01
肿瘤微生物
肿瘤微生物组(Tumor Microbiome)是指肿瘤环境中所有的微生物,有助于微环境重塑,与肿瘤的发生发展紧密相关。肿瘤微生物可以通过增加突变直接促进肿瘤发生,或者调节致癌基因或致癌通路,以及通过调节宿主免疫系统减少或增强肿瘤进展。
微生物组是肿瘤微环境中不可或缺的成员,但是相比于其他样本类型,肿瘤样本中微生物含量较低,且宿主含量较高。用常规方法检测肿瘤微生物得到的微生物信息非常有限。
PART
02
5R 16S测序
基于常规16S方法改进的5R 16S检测技术可检测到更全分辨率更高的微生物信息。5R 16S是对16S rRNA基因上的五个区域(V2、V3、V5、V6、V8)进行多重PCR扩增和测序,可用于检测低生物量的微生物样本,此外,5R 16S测序还能兼容有一定程度降解的FFPE样本。
5R 16S优势:
●更有利于低微生物生物量样本中的菌群检测;
●比传统V3-V4更准确也更丰富进行菌种(species)鉴定;
●能胜任有一定降解的样本中的菌群检测,如FFPE样本等;
在肿瘤疾病研究中的应用:
肿瘤微生物的研究方向大致可以分成四个方面:1.肿瘤疾病的诊断;2.肿瘤疾病的发生机制研究;3.肿瘤疾病预后研究;4.药代动力学研究。
5R 16S测序技术已用于数千份肿瘤组织样本(包括几百份FFPE样本)的瘤内细菌群的检测,包括头颈癌、肺癌、乳腺癌、胃癌、肝癌、结直肠癌、胰腺癌、前列腺肿瘤、宫颈癌等,还有非癌组织包括脑组织、鼻部息肉、消化道粘膜、胸腺导管、肺组织、肝组织、皮肤组织等,以及乳汁、血浆、血清、白细胞、子宫内膜拭子等,整体的检测效果令人满意。
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