2022-10-15 02:35:21, 小维 武汉迈特维尔生物科技有限公司
上期关于利用TCMSP数据库获取我们想要的信息介绍完了,本期我们一起来看下如何利用其他数据库获取成分靶点信息。
使用的网站:
SwissTargetPrediction(http://www.swisstargetprediction.ch/)
SwissTargetPrediction基于与已知化合物的二维和三维结构的相似性来预测化合物的靶标。
依然以三七为例:
经过OB≥30,DL≥0.18条件筛选之后,得到8个物质,以这8个物质为主要来进行预测;
①首先在TCMSP网站上获取这8个物质的InChIKey信息
②通过获得的InChIKey信息进入pubchem网站中获取SMILES信息;
③获得该信息后,进入SwissTargetPrediction网站获得预测结果;
④下载完成之后,针对所得到的结果进行筛选,以“Probability*”参数进行筛选;
⑤最终汇总所有关注的成分预测出的靶点。
Tips:
在pubchem上获得物质的SMILES信息可以通过多种检索方式(物种的英文名称、CAS号、分子量等),优先使用InChIKey信息进行检索。
由此方式获得的靶点可以与在TCMSP网站中的内容进行整合,最终获得成分的所有可能性靶点用于进一步分析。
本期关于利用swisstargetprediction来进行成分靶点的预测介绍到这边就结束了,下期我们再一起来看下如何利用疾病来进行相关靶点的预测。
精彩合集,欢迎收藏
99%的代谢组学研究者都在阅读下文:
●项目文章合集
●蛋白专题合集
●Biomarker专题合集
●空间代谢组合集
●肠道菌群&微生物专题
●生信小工具 | 手把手教你从序列查找开始,绘制漂亮的进化树
●物尽其用|最全的HMDB数据库使用教程在这里
客服微信:metware888
咨询电话:027-62433042
邮箱:support@metware.cn
网址:www.metware.cn
我就知道你“在看”
07-01 英斯特朗
连载 | 药物一致性评价与粒度分析(三)07-01 欧美克仪器
【仪器百科】LS-909丨干湿二合一激光粒度分析仪07-01 欧美克仪器
标准物质解决方案 | PFASs(全氟及多氟化合物)06-29
第九期阿尔塔有约 | 环境专题【新污染物:PFAS】技术研讨会精彩回顾及提问解答06-29
“绿色技术范式”,分析化学未来发展方向——访中国分析测试协会副理事长、辽宁省分析科学研究院原院长刘成雁教授06-29 转载仪器信息网
华西医院-标准型数显脑立体定位仪、双通道体温维持仪、体式显微镜安装完成06-29 迈越生物
科鉴检测助力2家仪器企业获得首批产品可靠性认证证书06-28 科鉴检测
德国耶拿:锂电池生命周期分析解决方案06-28 德国耶拿
AI已来!生命科学本科教学如何紧跟技术浪潮06-28 Opentrons
盛瀚售后,五星级服务的秘诀是什么?06-28 SHINE
专为汽车制造商打造的柔性解决方案——实现制程控制06-28
西北工业大学-脑立体定位仪安装完成06-28 迈越生物
会议邀请 | 第九届海上检验医师论坛06-28
卓立要闻 | 创新发展ing…6月卓立“大事小情”速览06-28 光电行业都会关注
打造信任合作伙伴!2024年度卓立汉光客户满意度调查开启06-28 光电行业都会关注
如何挑选适用于三阶光学非线性的测量系统?Z扫描测量系统来助力!06-28 光电行业都会关注
招聘启事—中国科学院沈阳自动化研究所微纳光学测量表征技术课题组06-28 光电行业都会关注
谱育科技作为主要完成方 荣获2023年度国家科学技术进步一等奖和二等奖06-28 点击关注→
仪器原理丨顶空仪与吹扫捕集仪科普小知识06-28 天美色谱