网络药理学 | 利用SwissTargetPrediction进行成分靶点预测

2022-10-15 02:35:21, 小维 武汉迈维代谢生物科技股份有限公司


上期关于利用TCMSP数据库获取我们想要的信息介绍完了，本期我们一起来看下如何利用其他数据库获取成分靶点信息。


使用的网站：

SwissTargetPrediction（http://www.swisstargetprediction.ch/）


SwissTargetPrediction基于与已知化合物的二维和三维结构的相似性来预测化合物的靶标。



依然以三七为例：


经过OB≥30，DL≥0.18条件筛选之后，得到8个物质，以这8个物质为主要来进行预测；



①首先在TCMSP网站上获取这8个物质的InChIKey信息



②通过获得的InChIKey信息进入pubchem网站中获取SMILES信息；



③获得该信息后，进入SwissTargetPrediction网站获得预测结果；



④下载完成之后，针对所得到的结果进行筛选，以“Probability*”参数进行筛选；



⑤最终汇总所有关注的成分预测出的靶点。



Tips：


在pubchem上获得物质的SMILES信息可以通过多种检索方式（物种的英文名称、CAS号、分子量等），优先使用InChIKey信息进行检索。


由此方式获得的靶点可以与在TCMSP网站中的内容进行整合，最终获得成分的所有可能性靶点用于进一步分析。


本期关于利用swisstargetprediction来进行成分靶点的预测介绍到这边就结束了，下期我们再一起来看下如何利用疾病来进行相关靶点的预测。



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