物尽其用｜最全的HMDB数据库使用教程在这里

人类代谢组数据库（Human Metabolome Database，简称HMDB）是由加拿大代谢组学创新中心（TMIC）于2007年创立的代谢组学综合数据库，被认为是人类代谢研究的标准代谢组学资源。在过去的十几年中，为响应代谢组学研究人员的新需求和网络标准的持续变化，HMDB不断增长和发展，在今年已更新至5.0版本。

HMDB5.0-是对数据库历史上一次重要的升级。例如：①添加了113568种新的化合物，数据库扩容一倍，现包含220945个代谢物条目，覆盖亲水性小分子及脂质；②更新了代谢物深度描述，手动修复了八百多种已知和疾病相关的化合物描述信息；③增加了新的可视化工具，132335种代谢途径均能可视化；④增加了离子淌度等新信息；⑤此外还升级了搜索功能，支持新增数据搜索。这些改进将极大地增强其易用性以及在营养科学、生物化学、临床化学、临床遗传学、脂质组学和代谢组学等科学中的潜在应用。

HMDB是一个全面的、开源的网络资源（https://hmdb.ca），包含了目前已知的所有有关人体代谢物的详细信息。人体代谢物是指在人体内发现的小分子，包括肽、脂类、氨基酸、核酸、碳水化合物、有机酸、生物胺、维生素、矿物质、食品添加剂、药物、化妆品、污染物，以及人类摄入、代谢、分解或接触的任何其他化学物质。每一个代谢物条目中包含了物质的分子量、化学结构、名称或标识、分类、生物学作用、生理浓度、组织位置、疾病和遗传关联、化学和酶促反应、代谢途径以及参考的图谱（包括串联质谱、GC-MS质谱和NMR）等信息。

接下来，小迈将带来最全的HMDB数据库使用教程！

HMDB网页页面共分为Browse、Search以及Download三大模块，三者相结合，从而为研究者了解特定代谢物或者人类特定疾病相关代谢物提供全面的信息支持。

在Browse模块的下拉菜单中，用户可以根据代谢物、疾病种类、通路、生物样本、分类、蛋白和反应等信息浏览数据库中的数据，或者根据与BMI、年龄和性别等相关性浏览对应的代谢物。

例如，我们选择根据疾病进行查看，点击后可以发现本库中包含了660种疾病，为了精准检索与我们研究方向相关的内容，可以对疾病种类进行进一步设置，并且可以设定样本类型，以及代谢物检出情况（仅定性或定性且定量），筛选完成后就能看到与该疾病相关的的代谢物列表。

Search模块中，可以通过代谢物的化学结构搜索、分子量搜索、文本搜索、序列搜索（对HMDB中包含的5702个基因和蛋白质序列进行BLAST序列搜索）、高级搜索以及质谱条件搜索（液质/气质/NMR）查找并确定相关代谢物的详细信息。其中文本搜索是最常用的搜索手段，通过输入代谢物完整英文名称或者HMDB编号，从而精准搜索出该物质并获取其他详细信息。

在迈维代谢交付的代谢组学数据中，物质会对应有“HMDB”一列信息，该内容即为各物质在HMDB数据库中对应的编号，我们可以通过将该编号复制到HMDB数据库文本搜索框内进行查询。

以“HMDB0000123”为例，检索结果如下：

（1）首先可以获取代谢物的基本定性信息，包含名称、描述、结构式、分子式、分子量、CAS号等；

（2）接下来是代谢物的分类情况，HMDB对代谢物做了比较详细的分类，有助于我们进一步对重要代谢物生物学意义进行解析；

（3）提供代谢物在人体中存在的位置（如血液、粪便、尿液等）、内源或外源，如果是外源物质，还提供了具体来源于哪些物种；

（4）基于已发表的文献，展示了代谢物在人体不同类型样品中的含量信息；

（5）相关疾病的信息，含文献出处以及链接，可直接点击查看；

（6）HMDB可里链接多个数据库，每个代谢物均注释出了其在其他数据库中对应的编号及链接，便于查看该代谢物更多的信息。

用于可以根据自身需求，下载相应的数据库。网站提供蛋白/基因序列、结构库以及蛋白代谢物总库的下载，也可以根据尿液、血清、唾液、脑脊液、粪便、汗液等不同样品来源下载分库。

以上即为HMDB数据库使用教程的全部内容啦，如有其他使用上的疑问，欢迎评论区提出！

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