网络药理学 | 利用TCMSP获取中药成分及靶点预测

点击进入网站后，点击网站上方的“进入”按钮，正式进入转换页面；

回到TCMSP网站查询页面，鼠标右键点击出现工具栏，点击“查看网页源代码（也可能显示的是查看源文件）”，点击进入；

向下拖动内容，查看到第一个data字样，这一部分的内容代表的是陈皮中所含有的成分列表，接下来第二个data字样，这一部分内容代表的是陈皮中成分所对应的靶点，选中该部分内容（从“[”开始到“]”结束），进行复制，粘贴到josn网站中，点击“导出Excel2003”，即可获得最终的所有内容。

在TCMSP网站中利用OB和DL对成分进行筛选（一般筛选标准为OB≥30，DL≥0.18），将筛选得到的物质进行target汇总（可以利用从网页源代码中获取的某个物种所有的靶标进行筛选，也可以单个物质进行复制导出）【该部分的内容后续需要结合中药代谢组再进一步的分析】

①以中药材“三七”为例，经过OB≥30，DL≥0.18条件筛选之后，一共获得8个物质；

②对这8个物质的靶点进行筛选，可以得到如下结果，其中只有7个物质有对应的靶点；

③结合uniprot进行target转symbol

首先将uniprot上的target和symbol信息下载下来，下载格式选择为excel格式；

下载完成后首先对uniprot中的格式进行调整，去除protein和gene部分的补充名称（利用分列工具去除多余的描述，利用TRIM函数去除空格），以免影响后续的匹配；

处理前的数据：

处理后的数据：

删除掉NA数据，得到最终的转换结果

从三七的预测结果中，我们会发现，单独只依赖于TCMSP数据库筛选得到的物质只剩下槲皮素，但是这个物质在很多植物物种中都存在，结果必然会导致中药研究的同质化。因此结合中药代谢组学的方式获取到更多的成分及含量差异，有利于得到更加准确的预测结果。

公众号对话框回复“TCMSP数据库信息”即可得到完整版本的TCMSP数据库包含的物质信息表格。

本期关于利用TCMSP数据库获取我们想要的信息到这边就结束了，下期我们一起来看下如何利用其他数据库获取成分靶点信息。