2022-06-29 07:28:59, 共享未来的 深圳华大智造科技有限公司
——摘自“2022季节性流感防控策略学术交流会”
作为较易发生突变、而且传染性较强的高发病率病毒,流感病毒不仅与普通感冒难以分辨,还会与新型冠状病毒的交叉流行带来叠加效应负担。利用高通量测序技术对流感病毒变异进行追踪,对新型流感病毒做出预警,对流感流行趋势进行监测非常重要。目前正值我国南方夏季流感高发期,华大智造于近日正式推出基于MGISEQ-200RS基因测序仪的呼吸道微生物基因组测序产品组合(含MGIEasy呼吸道微生物基因组建库试剂盒套装和MGI FluTrack基础分析系统),助力抗击流感,减轻新冠防控压力。
图1:基于MGISEQ-200RS平台的呼吸道微生物基因组测序
其中,MGIEasy呼吸道微生物基因组建库试剂盒套装采用华大智造ATOPlex多重PCR技术开发而成,能够对甲型流感和乙型流感病毒全基因组8个片段进行高效地扩增和文库制备;搭配装载在华大智造生信分析加速模块MegaBOLT服务器上的MGI FluTrack基础分析系统,在MGISEQ-200RS基因测序仪上,能够实现对流感病毒的分型、基因组组装和溯源研究。
图2:流感病毒全基因组的 8个片段
图3 不同浓度流感样本基因组覆盖度
不同浓度(500拷贝,1000拷贝,10000拷贝)的甲流标准品和乙流标准品。
采用MGIEasy呼吸道微生物基因组建库试剂盒套装对6个样本进行文库构建,在MGISEQ-200RS上进行测序,然后采用MGI FluTrack进行数据处理,对样本全基因组的8个片段进行对比。
包括浓度为500拷贝在内的6个样本的每个片段基因组覆盖度均超过95%,表现出优异的基因组测序覆盖度。
5例梯度稀释的甲型和乙型流感病毒RNA样本,Ct值从23到37不等。
采用MGIEasy呼吸道微生物基因组建库试剂盒套装对样本进行文库构建,在MGISEQ-200RS上进行测序,然后采用MGI FluTrack进行数据处理,对样本全基因组进行对比。
对不同Ct值的样本进行片段覆盖度的对比。随着样本Ct值升高,病毒载量降低,测序覆盖度也会下降,对比结果显示:针对Ct值<34的甲流样本(图4a)和Ct值<32的乙流样本(图4b),采用华大智造呼吸道微生物基因组测序获得的片段覆盖度基本在100%,可检测出完整的流感病毒基因组。
16例鼻咽拭子样本(真实样本,仅用于科研),Ct值从25到38不等。
采用华大智造自动化设备MGISP-100RS建库仪、MGISEQ-200RS基因测序仪和第三方厂商的PCR仪,分别对测试样本进行文库制备,高通量测序和RT-PCR检测。
采用华大智造呼吸道微生物基因组测序产品获得的结果与RT-PCR结果完全一致,而且对于Ct值大于32的样本也能够准确地识别出病毒型别。
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