2022-04-26 01:28:00, ACD/Labs 葛师成 Advanced Chemistry Development, Inc. (ACD/Labs)
ACD/Labs软件结构验证方案针对四种应用场景分别为:
在做结构谱图验证时,任意的谱图类型均可,谱图的类型越多,往往结果更准确可靠。MF和DP4是判定结构是否正确的标准,分数越高,谱图与结构更吻合。
在使用UBV时,我们保留了原有参考结构的下面一小部分结构片段,其它结构部分由软件自由排列组合。软件自动根据MF值对生成的结构列表中的结构进行排序,MF高的排名靠前,最终软件找到了一个MF=0.78 DP4=99.99的最优结构,明显高于原先的参考结构分数。对比起始参考结构和最优结构,明显的区别是软件将起始结构中过氧酸改成了最优结构中的过氧桥环,此结构其实就是青蒿素的结构,其过氧桥环结构是合理的,在自然界除了青蒿素外还有很多化合物的结构中含有过氧桥环片段。
使用UBV工具时必须注意以下几点。
谱图的组合至少为H HSQC HMBC的组合,当然谱图越多越好。
需要对原有的初始参考结构进行归属,归属度不低于25%。
化合物的结构式中碳原子数目小于20,碳和氮原子数目小于22,分子量小于800,这是因为UBV可以认为是简化版的ACD/Structure Elucidator Suite (SES),如果用户的结构式不符合上述条件,推荐使用ACD/Structure Elucidator Suite (SES)来解析。
关于ACD/Structure Elucidator Suite (SES)介绍,请点击此处。
ASV是AutomatedStructure Verification的缩写,可以用以高通量的进行结构确证。ACD的ASV有两种版本,一种是单机桌面版,另一种是全自动企业版。单机桌面版ASV是基于ACD/NMR Workbook Suite软件上开发的脚本,用户需要指定NMR数据和结构文件的位置,手动触发运行ASV,运行结果会存放到本地的文件型数据库中;全自动企业版是ACD/Automation Server上运行自动化程序,监视指定目标文件夹中的NMR数据和结构文件,一旦发现新的数据和结构系统自动触发验证工作,可以做到对化合物结构与谱图匹配情况实时判定。运行的数据结果会放置到企业级的中央数据库中,组织内部人员均可查看结果。因此能够实现桌面版功能所缺少的实时性。
我们先来看一下桌面版本的ASV,在NMR Workbook Suite软件界面左上角Batch ASV按钮可以开始单机版自动结构验证工作。这个桌面版本的ASV需要单独的license,使用前要先获得授权码。在做结构验证时可以选择需要验证谱图的类型,需要告诉软件谱图和结构的位置。然后就可以批量运行自动结构验证工作。对于谱图类型组合,在兼顾效率和准确度的情况下,推荐至少为H和HSQC的组合。
自动结构验证完成后,数据处理结构会存本地数据库中,打开数据处理结果如上图,左下角为当前批次样品验证的结果,每一个方块为一个样品,软件根据每个样品的MF值不同确定不同方块的不同颜色,绿色为验证通过的样品,红色表示结构和谱图不匹配验证失败,有时候还会由黄色,这表示这个样品需要人工进一步确认。在软件界面中还可以看到样品的结构和谱图情况,另外在Diagnostic窗口可以看到一些样品的诊断情况,如样品纯度情况,验证失败时结构和谱图间哪里存在矛盾的地方等信息。在这样的工作流程下可以减少70%-80%人工察看谱图结构验证的工作量,大大提高效率。
全自动企业版是ACD/Automation Server上运行ASV程序,ASV程序可以监视指定目标文件夹中的NMR数据,还可以跟ELN等系统关联获取相关信息,如结构式,注册信息等。此实时系统一旦发现新的数据和结构系统就会自动触发验证工作,验证结果会放到组织内部企业级中央数据库,组织内部人员均可查看结果,专家也可以对结果进行复核。数据库还可以跟其它系统关联,将验证结果发布到其它系统中。全自动的ASV方案还可以根据不同组织不同的工作流程进行一些个性化定制工作。
最后,欢迎已有用户登录ACD/Labs的custom portal网站学习相关软件知识。同时欢迎大家关注ACD/LabsCN微信公众号了解更多的关于ACD/Labs软件的信息。
ACD/Labs的结构确证专家工具NMR Workbook Suite 在国内广受药物研发相关的核磁专家的欢迎,使用它的确能够提高专业的核磁确证工作的效率以及准确度。熟练掌握NMR Workbook Suite(点击查看) 能够为使用ACD最顶级的结构解析Structure Elucidator Suite(点击查看) 打下坚实的基础。
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