用户测评 | 基于华大智造MGISEQ-2000测序平台，安智因生物遗传病检测服务测评报告

2022-01-21 00:57:14, 关注我们→ 深圳华大智造科技有限公司

随着医疗器械国产化政策的稳步推进，采用先进DNBSEQ^TM核心技术的华大智造推出了多款不同规格的测序仪和自动化解决方案以满足不同用户的需求。其中，MGISEQ-2000测序平台具有全面、灵活、高效等特点，涵盖了科学研究、临床医学、疾病防控、环境、农业等多种应用领域，助力医疗和科研领域高通量测序系统的全面普及。

安智因生物人类全外显子项目在MGISEQ-2000平台上的表现到底如何呢？本期由安智因生物生物技术有限公司（以下简称安智因生物）生信团队通过性能验证和临床应用验证，为我们带来了新鲜出炉的用户测评。

材料和方法

Materials and Methods

建库试剂盒：安智因生物独立自主的建库试剂盒（基因测序用文库试剂盒[DNA打断连接法]）

捕获试剂盒：人类全外显子捕获试剂盒（ANNGEENⓇ杂交捕获试剂盒）

捕获试剂盒详情：人类全外显子捕获试剂盒包含423,885条探针，覆盖43.6 Mb基因组区域，这些区域包括19,423个蛋白编码基因的外显子区及临近10-30bp的内含子区域，同时包含9,110个用来计算CNV的人群多态性位点。

测序平台：MGISEQ-2000平台

性能验证

本性能试验在安智因生物旗下苏州安智因医学检验所（以下简称：苏州安智因医检所）进行。

试验方案

性能验证包括三个部分：符合性、重复性和检测限。其中符合性试验和重复性试验选取7例来自全外、血液病项目的临床样品，两次重复。把样本中基于MGISEQ-2000和在医学检测领域广泛应用的某测序平台（以下简称：某测序平台）检测的11个变异位点的结果进行比较。1个检测限样品来自5个BRCA1/2基因突变国家参考品的混合，配制成10%突变频率的位点。

安智因生物采用Sentieon软件包进行变异位点鉴定，该软件包具有国际认可的数据处理的效率，准确度和可靠性。

质控结果

对15个样品的质控结果统计显示（图1），各统计指标的中位数为Q30：88%，重复率：5.0，均一性：99%，比对率：99%，平均覆盖深度：133，目标区>20X覆盖范围：99%。同时，这些质控指标在15例样本中的变异系数也非常低（图2）。这说明MGISEQ-2000测序质量优异，且测序稳定性较好。

注：本文中文库构建并非官方推荐的PCR-free模式，故重复率比官方宣称（5%）的略高一点，但远优于其他平台（~25%）。

图 1 性能验证试验质控结果

包括Q30、重复率、均一性、比对率、平均覆盖深度和目标区>20X覆盖范围

图 2 性能验证数据质控指标-变异系数

质控指标包括重复率、GC含量比对率、Q30、目标区>20X覆盖范围和均一性

结果描述

1.3.1 符合性和重复性

表1. 符合性和重复性验证结果统计

实验组	变异位点总数	某测序平台检出位点数	MGISEQ-2000检出位点数	符合性比例
重复1	11	11	11	100%
重复2	11	11	11	100%

从上表结果可知，基于MGISEQ-2000平台的高质量测序数据，性能试验中 11个核苷酸变异位点的阳性符合率和重复性均达到100%。可见MGISEQ-2000平台具有和某测序平台一致的突变位点检测准确度，完全检测出了基于某测序平台所报告的致病位点。

1.3.2 检测限

表2. 检测限统计结果

样本编号	基因	转录本	核苷酸变异	氨基酸变异	深度	突变比例（%）
7W	BRCA2	NM_000059	c.5171del	p.Ile1724LysfsTer17	111	10.8
7W	BRCA2	NM_000059	c.7397T>C	p.Val2466Ala	70	100
7W	BRCA1	NM_007294	c.5470_5477del	p.Ile1824AspfsTer3	154	9.7
7W	BRCA1	NM_007294	c.68_69del	p.Glu23ValfsTer17	207	5.3
7W	BRCA2	NM_000059	c.10070C>G	p.Thr3357Arg	181	5.5

从上述分析结果可以看出，MGISEQ-2000平台具有检测低频突变的能力，完全检测出了10%突变比例的国家参考品。

室间质评

高通量测序技术在临床和科学研究领域应用广泛，目前覆盖范围更广的全外显子测序（Whole Exome Sequencing, WES）已被应用于遗传性疾病、罕见疾病和复杂疾病的分子诊断以及肿瘤的免疫治疗指导和组学研究等方面。安智因生物参加了2021年全国临床和科研实验室全外显子测序室间质评，对12例样本进行全外显子测序，测序平台为MGISEQ-2000。从图3和图4可以看出，Q30、重复率、均一性、比对率、20X覆盖度等多个指标表现优异。

图 3 室间质评质控结果

包括Q30、重复率、均一性、比对率、平均覆盖深度和目标区>20X覆盖范围

图 4 室间质评数据质控指标变异系数。

质控指标包括重复率、GC含量比对率、Q30、目标区>20X覆盖范围和均一性。

此外，苏州安智因医检所还参加了NCCL 2021年全国实体肿瘤测序检测室间质评和NCCL 2021年全国肿瘤体细胞突变NGS室间质评，所用测序平台也为MGISEQ-2000，均满分通过。

苏州安智因医学检验所满分通过NCCL 2021年全国肿瘤体细胞突变NGS室间质评

（https://mp.weixin.qq.com/s/VA95E1b9bouk2ETxjHx8zQ）

苏州安智因医学检验所满分通过NCCL 2021年全国实体肿瘤测序检测室间质评

（https://mp.weixin.qq.com/s/fHRocb7NRXz7LG_mhKd-MQ）

临床应用

基于覆盖全面的WES捕获试剂和强大的生物信息分析能力，和华大智造MGISEQ-2000的优异表现，配合独立运行的生物信息服务器，安智因生物支持合作客户在院内建立从样本到数据分析和报告自动化的全流程。接下来展示的是在某三甲医院进行的性能验证和临床应用结果。

性能验证

性能验证包括四个部分，精密度、准确性、灵敏度和干扰性

3.1.1 质量控制

对覆盖深度>90X的97个样品进行统计（图5），各质控统计指标的中位数为Q30:86%，重复率：4%，均一性：98%，比对率：99%，平均覆盖深度：125，目标区>20X覆盖范围：99%。可以看出MGISEQ-2000平台在真实临床样本中的测序表现依然优异。

图 5 临床性能验证质控结果

包括Q30，重复率，均一性，比对率，平均覆盖深度，和目标区>20X覆盖范围

3.1.2 验证结果

在25%、50%和100%突变频率水平上的阳性符合率均达到100%（点突变和<22 bp的缺失）。说明本检测对于点突变和小片段插入缺失的报告范围为25%-100%。

本实验对于所有突变类型在准确性、精密度和抗干扰性方面的准确度性能验证均达到100%。而灵敏度方面，对于SNV和单碱基indel均达到100%。

在不同的覆盖深度下，本检测的阳性突变检出能力表现优异，分析敏感性均达到了100%。

临床应用结果展示

该临床应用以心血管疾病为主，同时也有其他遗传性疾病，比如精神类疾病、癌症等。对测序深度在90X以上的111个样本统计，质控结果如图6所示。可以发现，所有样本的>20X覆盖区域均在97%以上，大部分样本的Duplication rate在5%以内，数据使用率较高。同时，这些质控指标在111例样本中的变异系数也非常低，说明MGISEQ-2000测序平台的性能十分稳定（图7）。

图 6 临床样品WES数据质控结果

包括Q30、重复率、均一性、比对率、平均覆盖深度和目标区>20X覆盖范围

图 7 临床样品数据质控指标变异系数

质控指标包括重复率、GC含量比对率、Q30、目标区>20X覆盖范围和均一性

对检测到的临床阳性致病位点进行一代验证，验证结果表明准确性为100%。证明了MGISEQ-2000的超高准确性。

总结

从以上测评结果可以看出，MGISEQ-2000测序平台在遗传性心血管疾病的临床实践中展现出了稳定且优异的性能。

基于华大智造MGISEQ-2000测序平台，结合安智因生物独特的WES捕获试剂盒和独立运行的生物信息服务器，安智因生物可为广大医院客户和科研用户提供精准的遗传病检测服务。未来，安智因生物与华大智造将进一步合作，在MGISEQ-2000测序平台开发更多优秀的临床检测服务，推动临检服务的本地化应用，让更多患者从中获益。

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