让Omicron变异株无处潜逃！一次扩增，双重覆盖！华大智造ATOPlex V3.0 + DNBSEQ测序平台联合出击

2021-12-04 16:11:38, 华大智造 深圳华大智造科技有限公司


目前，超强新冠病毒变异株Omicron（B.1.1.529）在全球快速蔓延，为疫情防控监测系统带来了巨大挑战。华大智造ATOPlex V3.0试剂盒能够稳定地制备覆盖毒株全长序列的测序文库，搭配DNB测序和分析系统即可分型所有流行毒株。从Alpha到Omicron，只需一套建库试剂，就可针对新型毒株提供简单有效的监测。

南非一个传染病救治点的医护人员正因新冠病毒变异株的传播忙碌
（来源/Alet Pretorius/Gallo Images/Getty）

超强毒株来袭 挑战疫情监测系统


截止日前，新冠疫情造成超过2.6亿人感染，超500万人死亡。WHO发布的数据显示，世界疫情已经经历了三波高峰。11月11日，就在全球普遍认为第三波疫情持续放缓之时，最新变异毒株B.1.1.529超越正在流行的优势株Delta毒株，成为了最新的强势毒株，该毒株被WHO命名为Omicron。根据Nextclade最新的数据，Omicron变异株包含61个氨基酸突变，对应到核酸序列上有50个新型变异，包括6个缺失突变和44个碱基替换突变（https://covariants.org/variants/21K.Omicron）。其中，刺突蛋白上有30多个突变，包括关键部位ACE2受体RBD区域的10个突变，很可能影响到现有疫苗的疗效。
 

Omicron变异株的突变分布图
（来源/斯坦福大学冠状病毒抗病毒与耐药数据库）


目前，基于多重PCR的测序技术是新冠毒株监测的主流技术，从Alpha到Beta，到Delta，再到最新的Omicron，新冠病毒不断变异，每次变异都给以PCR技术为基础的测序监测技术带来了巨大的挑战。


ATOPlex V3.0实现双重覆盖全长基因组，从容应对毒株变异

基于多重PCR核心技术，华大智造ATOPlex平台推出V3.0版建库试剂盒应对疫情挑战。ATOPlex V3.0试剂盒采用双保险引物设计，在一次实验中同时对病毒基因组进行2次扩增，任意一管都可以扩增出接近新冠全长序列，有效降低由于病毒突变带来的失败风险。

ATOPlex V3.0工作原理


如上图所示，Pool1和Pool2两套不同引物池分别扩增一个完整的新冠全基因组，从而有效降低由于毒株突变带来的引物扩增失败的风险，为持续有效地检测新型未知突变株提供有力保障。

华大智造在第一时间拿到Omicron序列后就完成了对ATOPlex试剂盒的溯源性能评估，ATOPlex V3.0建库试剂盒联合DNBSEQ测序系统能够有效对Omicron毒株进行分析，基因组覆盖度超过99.2%，在鉴定新型突变的同时获取完整基因组序列。
 
ATOPlex V3.0设备属性

华大智造从疫情初期开始，就一直致力于为疫情监测系统提供最新、最优的工具，并帮助多个城市和地区在第一时间确认新冠变异毒株的分型，如Alpha、Delta等。11月29日，华大智造帮助瑞典公共卫生局合作的卡罗林斯卡医学院国家疫情中心完成首例Omicron的监测。


ATOPlex V3.0联合DNBSEQ测序和分析系统，快速应对疫情监测


ATOPlex V3.0联合DNBSEQ测序系统，在18小时内就能完成毒株全基因组组装和分型工作，帮助公共卫生监测系统快速、持续地对新冠变异情况进行跟踪。
 

华大智造抗疫产品


华大智造密切关注新冠突变情况，自疫情暴发初期开始，就通过核心产品基因测序仪和自动化设备为全球70余个国家疫情防控提供工具支撑。随着疫情的不断变化，华大智造将持续更新和优化包括建库测序系统在内的产品及平台，为新型突变和疫情监测提供更有力的工具保障，助力全球抗疫！

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