10项研究 | 基于MGISEQ-2000平台的肿瘤临床研究专题分享
2021-03-01 12:23:34, 华大智造 深圳华大智造科技有限公司
中国医学科学院北京协和医院妇瘤科
● 样本来源：中国18家医疗机构共招募的1060例EOC患者
● 样本类型：外周血样本
● 检测范围：遗传性卵巢癌相关的25基因
● 测序平台：MGISEQ-2000
● 携带胚系BRCA2阳性突变（已知致病和疑似致病）患者的PFS显示出优势（P = 0.016）；
● 相比未突变的患者，胚系BRCA1突变（P = 0.06），胚系BRCA1 / 2突变（P = 0.017）以及携带其他易感基因胚系有害突变的患者（P ＝ 0.0086）的OS均显示出显著改善。
● 通过高通量测序，首次在真实世界中报告了BRCA等卵巢癌遗传易感基因的胚系有害突变对患者生存的影响 ；
● 携带相关遗传易感胚系有害突变的患者OS有显著改善，可提示患者预后。
文献来源：
2020年第51届美国妇科肿瘤学会（SGO）年会
壁报 【273】Landscape of germline and somatic alterations of HRR and MMR genes in 328 Chinese patients with primary epithelial ovarian cancer（EOC）
复旦大学附属肿瘤医院妇瘤科
● 样本来源：328名上皮性卵巢癌初次术后患者，且均未进行新辅助治疗
● 样本类型：328名患者外周血和其中192名患者配对组织FFPE样本
● 检测范围：35个HRR基因和26个遗传性肿瘤相关基因
● 测序平台：MGISEQ-2000
● 106名患者（32.3%）检出116个HRR或者MMR相关基因位点的胚系致病或者疑似致病突变, 其中10名患者存在共突变基因；
● 胚系和体系配对检测的结果表明，99名患者（51%）携带体系或者胚系突变，其中发生BRCA1/2 突变52人，HRR基因突变38人以及MMR基因突变9人。
● 通过高通量测序，对中国上皮性卵巢癌患者HRR和MMR相关基因的胚系和体系突变情况进行了探索；
● 体系突变的检测能够给患者治疗尤其是PARP抑制剂的使用提供更多有价值的信息。
文献来源：
2020年第51届美国妇科肿瘤学会（SGO）年会
壁报【287】Inherited mutations in Chinese women with epithelial ovarian cancer
复旦大学附属肿瘤医院妇瘤科
● 样本来源：328名上皮性卵巢癌初次术后患者，且均未进行新辅助治疗
● 样本类型：外周血样本
● 检测范围：35个HRR基因和26个遗传性肿瘤相关基因，其中13个遗传易感基因被详细分析
● 测序平台：MGISEQ-2000
● 328名患者中阳性率为27.7% (91/328), 其中３名患者存在共突变 ；
● BRCA1/2突变频率最高，为22.3% (73/328), 其他HRR基因和MMR基因突变的频率分别为5.2% (17/328)和1.2% (4/328)。
● 研究展示了卵巢癌患者遗传基因突变的复杂性，发现仅检测BRCA1/2已不能满足临床需求，多基因检测对卵巢癌患者具有重要意义。
复旦大学附属肿瘤医院妇瘤科
● 样本来源：328名上皮性卵巢癌初次术后患者，且均未进行新辅助治疗，273名患者进行了为期一年以上的随访，并被纳入分析
● 样本类型：328名患者外周血和其中192名患者配对组织FFPE样本
● 检测范围：35个HRR基因和26个遗传性肿瘤相关基因
● 测序平台：MGISEQ-2000
● 与BRCA1/2未突变患者相比，BRCA1/2突变患者存在较高比例的铂敏感（81.4% vs 70.3%, P=0.053）；在HRR基因突变与未突变患者中存在较小的铂治疗敏感差异(71.9% vs 70.3%, P=0.174)。
● 与BRCA1/2未突变患者相比，BRCA1/2突变患者其中位PFS有所改善。
● 证实了胚系或者体系的BRCA1/2突变可能提示中国卵巢癌患者较高的铂敏感性和较好的预后，其他HRR基因突变没有表现出类似意义。
文献来源：
2020年美国临床肿瘤学会（ASCO）年会
摘要 Development of a novel liquid biopsy test to diagnose and locate gastrointestinal cancers
复旦大学附属中山医院、中山大学第六附属医院、南方医科大学第五附属医院
● 样本来源：千例来自肝癌、结直肠癌、胰腺癌患者以及来自年龄匹配的健康人
● 样本类型：血浆游离DNA
● 测序平台：MGISEQ-2000
● 实验思路：基于MGISEQ-2000筛选肿瘤驱动基因突变特征和甲基化水平特征，然后构建模型并在验证集上验证模型的诊断性能
● 基于甲基化变异特征的诊断模型分别达到了83.1% (肝癌；特异性95.8%)、89.5% (肠癌；特异性95.8%)、和76.7% (胰腺癌；特异性 91.7%)的灵敏度；
● 研究人员构建癌症溯源模型，该模型在训练集和验证集中分别达到了83.3%及80.1%的定位准确度)。
● 研究者通过分析血浆游离DNA的甲基化特征，鉴定出了可用于消化系统癌症检测和定位的标志物和诊断模型。其性能优于基于肿瘤驱动基因变异的检测方法。
复旦大学附属中山医院
● 样本来源：260例早中期肝细胞癌患者（巴塞罗那分期0-C期）和180例年龄匹配的健康人
● 样本类型：外周血cfDNA
● 测序平台：MGISEQ-2000
● 在验证集中，基于甲基化的诊断模型实现了82.9%的灵敏度和93.8%的特异性；
● 基于肿瘤驱动基因突变的检测在这一验证集中实现了43.8%的灵敏度和97.9%的特异性；
● 基于甲基化变异的诊断模型在早期肝癌（BCLC分期0期及A期）的样本中分别达到了53.6%和89.8%的检测灵敏度。
● 通过检测cfDNA甲基化异常可以实现有效的无创肝癌检测，且相对于肿瘤驱动基因突变或血清蛋白标志物，能达到更高的检测灵敏度。
文献来源：
2019年美国临床肿瘤学会（ASCO）年会
摘要 A multi-institutional investigation assessing prevalence of germline genetic alterations in Chinese patients with gastric carcinoma
北京大学附属北京肿瘤医院消化内科
● 样本来源：中国的7个中心中招募的40位胃癌患者
● 样本类型：外周血样本
● 检测范围：171-癌症易感基因
● 测序平台：MGISEQ-2000
● 在40位中有12位先证者(30%)检出致病与疑似致病胚系突变，涉及11个基因：CHEK2 (n = 2), SPINK1 (n = 2), BLM (n = 1), CDH1(n = 1), EXT2 (n = 1), MLH1 (n = 1), MSH2(n = 1), MUTYH (n = 1), PALB2 (n = 1), NF1 (n = 1), ERCC2 (n = 1)；
● 在多发原位癌患者中，12位中有5位存在胚系致病改变，与其他相比差异显著 (p=0.003)；
● 15名患者的27 个胚系意义未明变异（例如EPCAM, RAD54B, FANCD2, FANCA）经过计算机计算评估为有害。
● 研究表明中国有癌症家族史的胃癌患者中30%存在胚系突变，同时发现了潜在有害突变，并且与高加索人相比有显著差异。因此对于具有家族史的个体应考虑在早期进行胃癌的遗传咨询。
文献来源：
2019年美国临床肿瘤学会（ASCO）年会
摘要 Germline DNA damage repair gene alterations in Chinese prostate patients: More than HRR and MMR
复旦大学附属上海肿瘤医院泌尿外科
● 样本来源：复旦大学附属上海肿瘤医院泌尿外科入组65例前列腺患者， 不考虑家族史、疾病分期和年龄
● 样本类型：外周血样本
● 检测范围：全外显子
● 测序平台：MGISEQ-2000
● 65名患者中7名患者被检出携带致病性/可能致病性胚系突变，其包括5个不同的基因，分别为FANCD2（n=5）, BRCA2 (n=3), CHEK2 (n=1)，ATM（n=1）和RECQL（n=1）；
● 通过软件模拟预测，9名患者（13.84%）携带的突变被定义为有害性突变；
● 有害性/可能有害性胚系突变被分属于5个DDR通路，携带者患癌倾向于早发（平均诊断年龄52岁 vs 64岁）。
● 研究表明大约52%DDR突变存在除HRR和MRR以外其他的DNA修复通路中，这是中国前列腺患者特有的胚系突变谱，同时发现早发的有害性胚系突变患者是一个重要的临床特征。
中山大学肿瘤中心
● 样本来源：2015-2016年中山大学肿瘤中心非小细胞肺癌患者
● 样本类型：外周血样本
● 测序平台：MGISEQ-2000、q-PCR、ddPCR
● 实验思路：基于MGISEQ-2000筛选标记物，再使用PCR进行验证
● 非小细胞肺癌患者血小板 ITGA2B 水平明显高于所有对照组 (p < 0.001)；
● 结合 ITGA2B、癌胚抗原 (CEA) 和分期可以预测总生存期 (C-index = 0.756)。
● 研究表明 TEP ITGA2B 是一种很有前途的标记物，可以提高对 I 期 NSCLC 患者的鉴别，并区分肺结节的良恶性，为非小细胞肺癌早期筛查提供依据。
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