如何从MaxQuant软件中导出谱图 | 景杰学术

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质谱分析除了能让我们得到丰富的数据以外，更能获取大量的图谱。

事实上，从质谱仪上得到的最原始的信息就是大量的图谱，几万张，几十万张，甚至于几百万张。这些图谱可以通过MaxQuant系列软件从而转化为直观的数据，然后基于从MaxQuant中得到的一系列数据，我们可以进行更为丰富的生物信息学分析。

在老师们自己分析数据或者文章投稿时，经常会有导出图谱的需求，特别是针对修饰组学。因此，小编本期将介绍如何从MaxQuant软件中导出修饰鉴定结果的质谱图。

1.检查数据完整性

修饰鉴定结果完整的数据包括以下截图的几类文件：

2.MaxQuant软件操作

2-1 File导入所有.raw文件，然后点击Viewer

2-2 从Protein groups中找到目的蛋白，单击Shown in Acetyl（K）sites table，再单击Acetyl（K）从表中可以看出该蛋白所有发生修饰的位点，从Positions with proteins列可以查找到目的位点。（此处以乙酰化为例）

2-3 在软件上方点击选择Best identified以得到软件给出的最佳谱图；通过蛋白编号与位点的对应查找，可以锁定到目标谱图，最后点击工具栏中的PDF图标进行保存。

掌握以上流程步骤就能轻松获取修饰定性谱图了，下期小编将介绍如何识别基本谱图信息。

另外，请注意：

（1）数据结果文件完整才能在MaxQuant中呈现出谱图，不完整时需要按原先参数文件重新搜库；

（2）软件版本要与搜库时使用的保持一致，软件版本可以在combined的txt文件夹中的parameter文件中查看。

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