干货分享，你知道却不是很了解的KEGG信号通路数据库

报道/景杰学术

KEGG，Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因和基因组百科全书，是一个整合了基因组信息、化学信息和系统功能信息的数据库。其中包含有大量的通路图，即KEGG PATHWAY。

KEGG PATHWAY数据库是手动绘制的代谢通路的集合，包含以下几方面的分子间相互作用和反应网络：新陈代谢、遗传信息加工、环境信息加工、细胞过程、生物体系统、人类疾病、药物开发。KEGG pathway标识符由一个与数据库相关的前缀加五个数字构成，这些前缀主要包含map，ko，ec，rn和三字母或四字母生物体代码，例如hsa00010(人的糖酵解通路)。

KEGG pathway主要使用下面显示的符号绘制和更新路径图。

小编已贴心为您将官网说明转换成中文，方便您查看哦

PATHWAY的五种类型：第一种参考通路(reference pathway)图是手动画出来的，即是由内部软件KegSketch手动绘制的原始版本，其他的通路图都是通过计算产生的。pathway中的每一个框(或线)都对应一个或多个K编号、EC编号及R编号。

1）map -Reference pathway

对于代谢相关的通路，在reference pathway中，一个点同时表示一个基因、这个基因编码的酶及这个酶参加的反应

2）ko -Reference pathway (KO)

ko通路中的点只表示基因, 即K编号表示一个基因，是ko通路中的基本单位

3）ec -Reference pathway (EC)

ec通路中的点只表示相关的酶

4）rn -Reference pathway (Reaction)

Reaction通路中的点只表示改点参与的某个反应、反应物对及反应类型

5）org- Organism-specific pathway map

对于所有的代谢和非代谢通路，K编号都被认为是基因的标识符，这个标识符在每一个物种中对应该物种中的某个基因，从而得到物种特异性的pathway。

总之，KEGG PATHWAY是科研过程中必不可少的工具之一，它用形象的图形使我们直观地对某一个基因有了一个由点及面的印象，有利于我们把握科研过程中的全局观。

资料来源

KEGG官网说明:

http://www.genome.jp/kegg/document/help_pathway.html

KEGG 360百科:

https://baike.so.com/doc/5369530-5605384.html

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