西湖名师论坛| Ruedi Aebersold: 基于质谱技术的蛋白质组学在生物医药领域的应用

2019-11-18 22:50:44, SCIEX SCIEX

演讲者简介：

Ruedi Aebersold

蛋白质组学的领军人之一，现任职于瑞士联邦理工学院。

他和同事们建立了很多被广泛使用的基于质谱的蛋白质组学分析方法，包括但不限于最早的稳定同位素化学标记方法ICAT，开源软件Trans-Proteome Pipeline，靶向蛋白质组学的多项技术和软件，以及与SCIEX共同开发了数据非依赖型扫描模式SWATH【R Aebersold, 2012, MCP】。从本质上讲，SWATH采集模式能够快速记录样品中所有检测限以上的母离子的碎片信息，因此它能够将shotgun proteomics（鸟枪法蛋白质组学）的高通量和SRM based proteomics(基于选择反应检测扫描技术的蛋白质组学)的高重现性及一致性很好的结合起来，并开发了第一代SWATH数据分析技术OpenSWATH【R Aebersold, 2014, Nature Biotech】，为研究人员提供了一个SWATH数据的提取、分析和统计平台，并不断的优化和开发新的算法以帮助科研人员能够从SWATH数据中发掘更好的潜在生物学信息和线索。

基于SWATH数据采集和分析平台，Ruedi Aebersold课题组在生物医药、微生物蛋白质组学等诸多领域都有良好的建树。在biomarker（生物标志物）的寻找过程中，蛋白质作为biomarker的候选分子之一，其自身的变化差异更大，种类更多且往往能够直接与疾病的分子机制相关联，成为更受关注的biomarker潜在候选分子。基于SWATH数据采集模式，结合新兴的高通量样品前处理流程压力循环技术（pressure cycling technology ，PCT)，以及大数据计算科学，Ruedi Aebersold教授协助建立了多个蛋白质生物标记物筛选平台，包括曼切斯特大学的Stoller Center和悉尼大学的ProCan。PCT-SWATH技术能够快速的将大量生物样品转化为数字化的蛋白质组图谱库，并通过计算科学从样品信息库中寻找新的蛋白质标记物【Tiannan Guo,2015,Nature Medicine】。

微生物与我们每个人的生活息息相关，我们与其分享营养、空间等资源，更好的了解微生物的生理、感染、防御机制，有助于人们更好的控制微生物，提高人们的生活质量。Ruedi Aebersold课题组为此开发出了基于SWATH-MS的微生物蛋白质组学研究平台，并对多种不同的微生物进行了深入的研究。如结核分歧杆菌的逆境应答，宿主与细菌的相互关联，产脓链球菌的基因型差异对蛋白质组的影响，为临床研究提供更详尽的信息；酿酒酵母在不同营养环境中的蛋白质组与磷酸化蛋白质组的差异，分析其磷酸化蛋白质信号通路对营养的应答等。

生物学与临床的表现往往来源于细胞及其内部分子的生化状态，而生化状态则是细胞对不同影响因素的应答。目前并没有一个很好的理论能够通过影响因素来很准确的预测细胞的生化状态，但人们依然不断的进行尝试，对此我们的疑问在于：哪些分子的信息能够更加准确关联到分子的生化状态和生物的表型（phenotype）？是否通过蛋白质/蛋白质组的数据信息更能够准确的预测生物的生理状态？

在结束今年的人类蛋白质组年会之后，Ruedi Aebersold将会访问西湖大学，分享他团队的最新研究进展。

讲座信息

时间

2019年9月23日，8:30-10:30am

地点

杭州市西湖区云栖小镇石龙山街18号5号楼1楼大厅

● 因场地限制，总参会人数限为100人

● 报名链接：

https://www.westlake.edu.cn/info/1129/3555.htm

关于讲座和报名具体问题，请咨询大会主办方西湖大学

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