2023 | 青莲百奥蛋白质组学项目文章硕果累累

青莲百奥2023年学术年度总结

2023年，蛋白质组学领域不断取得新突破，创新技术不断出现，技术应用越发广泛，π-HuB计划也引领蛋白质组学进入新阶段。2023年，青莲百奥实现了十年之约的完美跨越，用赤诚之心探索蛋白质诊疗标志物发现的无限可能，陆续推出了高深度血浆蛋白质组学，单细胞、空间蛋白质组学，靶点发现蛋白质组学技术等创新解决方案。同时，青莲百奥创新蛋白质组学技术平台也结出累累硕果，项目文章数目和累计影响因子再创新高。

血浆样本在临床上易于获取并且生物信息丰富，因此血浆蛋白质组学研究受到广泛关注。然而，血浆中的一些高丰度蛋白质占据大量的质谱信号从而使得低丰度蛋白质不容易被质谱检测到。神经系统疾病的组织取样困难，血浆或脑脊液等体液样本都受到信号抑制的影响，导致神经系统疾病的研究尤为困难。2023年7月，青莲百奥CTO赵焱博士与中国人民解放军总医院李芮冰主任团队合作的血浆蛋白质组最新成果“Establishment and clinical application evaluations of a deep mining strategy of plasma proteomics based on nanomaterial protein coronas”见刊《Analytica Chimica Acta》（IF=6.2）。该研究结合青莲百奥自主研发的纳米材料蛋白冠富集血浆蛋白技术、蛋白质组学全流程自动化前处理机器人，并优化DIA-MS检测方法以及DIA-NN文库检索方法，青莲百奥团队开发了血浆蛋白质组学深度挖掘策略的范式，并将该策略应用于精准医疗诊疗标志物的创新发现

发表时间：2023年7月

发表单位：中国人民解放军总医院&青莲百奥

鉴于多粘菌素B（PB）在治疗耐药革兰氏阴性菌感染中的重要作用，PB耐药性的出现对公众健康构成严重威胁。辅助开发是一种补充策略，可以通过保护PB来弥补新型抗生素的缺乏。2023年11月10日，深圳市人民医院黄维教授团队与青莲百奥合作在《Biomedicine&Pharmacotherapy》( IF =7.5 )发表题为“The enhancement effect of small molecule Lyb24 reveals AzoR as a novel target of polymyxin B ”的研究成果。该研究通过化合物筛选发现小分子Lyb24增强和恢复了多粘菌素B（PB）对革兰氏阴性病原体的疗效，进一步利用热蛋白质组学技术（TPP）发现Lyb24的作用靶点AzoR，并对其作用机制进行更深入的研究。青莲百奥为本研究提供热蛋白质组学服务。青莲百奥CEO李京丽、COO孙龙钦、CTO赵焱博士作为作者之一参与本研究。

发表时间：2023年11月

发表单位：深圳市人民医院

肿瘤相关巨噬细胞(TAM)是肿瘤微环境(TME)免疫细胞的主要组成部分，深入地了解TAM表型转换的分子机制对于剖析治疗耐药机制至关重要。分化抑制剂1(ID1)在多种人类癌症类型中高表达，与癌症患者预后不良、肿瘤化疗耐药、血管生成、转移和癌症干细胞特性增加相关，但ID1在TAM的免疫抑制表型形成中的作用仍然未知。2023年11月，中国医学科学院/北京协和医学院花芳团队在国际著名期刊《Nature Communications》( IF=16.6)发表题为“ID1 expressing macrophages support cancer cell stemness and limit CD8+ T cell infiltration in colorectal cancer”的研究成果。该研究提出了分化抑制因子1（ID1）在TAMs中的高表达与结直肠癌（CRC）患者的不良预后相关。降低ID1表达可改善结直肠癌进展，提高肿瘤对免疫治疗和化疗的敏感性，为ID1在结直肠癌中的治疗靶向奠定了基础。青莲百奥为该研究提供蛋白质组学检测和分析服务。

发表时间：2023年11月

发表单位：中国医学科学院/北京协和医学院

肿瘤起始细胞（TICs）重新编程其代谢特征，以满足其生物能量、生物合成和氧化还原需求。已有研究确定了野生型异柠檬酸脱氢酶1（IDH1WT）作为非小细胞肺癌癌症（NSCLC）的潜在诊断和预后生物标志物的作用，但IDH1WT调节NSCLC进展的机制仍不清楚。2023年12月，中国医学科学院/北京协和医学院花芳教授团队在国际顶级期刊《Science Translational Medicine》  ( IF 17.1 ) 发表题为“Wild-type IDH1 maintains NSCLC stemness and chemoresistance through activation of the serine biosynthetic pathway”的研究成果，该研究发现IDH1WT通过激活丝氨酸从头合成途径驱动TICs并促进NSCLC进展，研究结果表明IDH1WT的非酶作用是一种可药用的“代谢检查点”，可靶向治疗NSCLC。青莲百奥为该研究提供蛋白质组学检测和分析服务。

发表时间：2023年12月

发表单位：中国医学科学院/北京协和医学院

胰腺导管腺癌（PDAC）是一种致死性很强的恶性肿瘤，部分原因是由于蛋白质糖基化异常引起的病理性改变重塑了PDAC细胞的分子生物学过程，保护PDAC细胞免于死亡。脂质过氧化导致的铁死亡是PDAC的靶向脆弱点，然而，糖基化和铁死亡之间的相互作用仍不清楚。2023年7月，北京协和医院陈杰教授团队在《Cell Death and Differentiation》（IF=12.4）发表题为“Targeting N-glycosylation of 4F2hc mediated by glycosyltransferase B3GNT3 sensitizes ferroptosis of pancreatic ductal adenocarcinoma”的研究文章，该研究揭示了4F2hc的N-糖基化在铁死亡中以前未被认可的功能，并表明双重靶向N-糖基化和铁死亡可能是PDAC的创新治疗策略。青莲百奥为该项目提供蛋白质糖基化组学检测、转录组测序和多组学分析服务。

发表时间：2023年7月

发表单位：中国医学科学院北京协和医院

先天免疫接头蛋白是先天免疫系统的重要组成部分，上游受体通过接头蛋白激活促炎症反应，并导致宿主清除病原体。细菌病原体已经发展出在宿主细胞内生存而不触发先天免疫监视的策略，但其方式仍不清楚。2023年10月23日，南方科技大学附属第二医院杨亮团队在《Advanced Science》（IF=15.1）发表了题为“A Bacterial Quorum Sensing Regulated Protease Inhibits Host Immune Responses by Cleaving Death Domains of Innate Immune Adaptors”的研究成果，该研究通过蛋白质组学分析和一系列实验验证揭示了绿脓杆菌在巨噬细胞吞噬后诱导其群体感应机制，发现细菌群体感应通过直接切割免疫接头调节细胞先天免疫抑制。青莲百奥为该研究提供蛋白质组学检测和分析服务。

发表时间：2023年10月

发表单位：南方科技大学附属第二医院

已有研究表明单巴坦磺酸盐对革兰氏阴性菌有抗菌功效。2023年3月，中国医学科学院北京协和医学院宋丹青/游雪甫研究员团队在Acta Pharm Sin B（IF: 14.5）发表题为“Evolution and development of potent monobactam sulfonate candidate IMBZ18g as a dual inhibitor against MDR Gram-negative bacteria producing ESBLs”的研究成果，该研究发现化合物33a（IMBZ18G）在体外和体内对临床难治性多重耐药（MDR）革兰氏阴性菌株非常有效，具有高度的药物性质，射线共晶体和化学蛋白质组学测定表明，33a 的抗 MDR 细菌作用是由于对常见的 PBP3 和一些 A 类和 C 类β-内酰胺酶的双重抑制。青莲百奥为该研究提供蛋白质组学检测和分析服务。

发表时间：2023年3月

发表单位：中国医学科学院/北京协和医学院

细菌糖工程用于生产治疗性糖蛋白已经成为一种有效的策略。开发高效经济环保的糖蛋白生产平台具有很大发展潜力。2023年5月，南开大学黄笛/刘斌团队在《Green Chemistry》（IF=9.8）发表题为“Sustainable production of a polysaccharide-based glycoprotein by simultaneous conversion of glucose and glycerol in engineered Escherichia coli”的研究成果，该研究通过改造大肠杆菌成功生产了靶重组糖蛋白，并证实了目标糖蛋白的精确生物合成和高效的糖基化。接种糖蛋白刺激小鼠产生强烈的免疫反应，显着降低了泌尿致病性大肠杆菌攻击后膀胱和肾脏的细菌负荷。青莲百奥为该研究提供糖蛋白检测和分析服务。

发表时间：2023年5月

发表单位：南开大学