小RNA建库方法集锦：从经典到前沿，附科研利器推荐

2025-12-09 14:48:20

前言

Introduction

Small RNA测序已成为生命科学研究中的重要工具，但其建库过程中的连接偏倚、扩增偏倚和定量误差一直是科研中的“老大难”。随着技术不断升级，如今Small RNA建库已形成多技术路线并存的格局，不同方法在准确性、灵敏度与应用场景上各有千秋。

为助您精准匹配研究目标与最优建库方案，本文简单梳理了当前主流Small RNA建库策略的流程、优势与局限，涵盖连接法、非连接法与靶向捕获法三大技术路线，带您了解Small RNA建库背后的“门道”。

经典连接法

经典连接法建库包括3´端接头连接、5´端接头连接、反转录cDNA合成、PCR富集和片段筛选步骤，技术成熟、分析流程稳定，适用于多数常规miRNA测序项目。但是存在一些核心痛点：连接偏好性导致特定序列连接效率差异；PCR扩增偏倚影响定量准确性；接头二聚体占比偏高，数据有效率低。

升级版连接法

在经典连接法基础上进行不同策略的定向优化，提升连接法建库效果。

接头封闭法

3´端接头连接后增加3´端接头封闭步骤或者去除步骤，可以有效降低接头二聚体占比，提升连接的特异性和准确性，数据有效率也有较大提升。

接头封闭法建库流程图^[1]

随机核苷酸接头连接法

在3´端接头或者5´端接头中引入随机碱基序列，可以有效降低连接偏倚。

随机核苷酸接头连接法建库流程图^[2]

单接头环化建库法

使用单个接头连接后反转录cDNA合成、环化，然后进行PCR富集。流程只需一次连接反应，可以有效降低5´端连接偏倚，同时减少接头二聚体的产生。

单接头环化建库流程图^[3]

UMI校正法

接头连接或者反转录时引入唯一分子标识符（UMI），可在数据分析时消除PCR扩增偏倚，定量更为准确。

含UMI的建库流程图^[4]

无连接法建库

该方法摒弃连接步骤，采用5´端加帽，3´端加polyA尾+模板转换逆转录策略直接合成cDNA。优势：偏好性低，更适于极微量建库；劣势：成本高，miRNA比对率偏低。

无连接法建库流程图^[5]

靶向探针捕获法

通过设计特异性探针捕获目标miRNA，避免非特异性连接或扩增；显著提升比对率和检测灵敏度，但仅限于已知miRNA的检测分析，多应用于医学研究。

TIANGEN针对Small RNA建库经典连接法的核心痛点，对接头连接反应体系及反转录体系进行多次优化，有效降低连接偏倚与PCR偏倚，助力科研用户获得更可靠的分析结果。

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1. 赠品兑换仅限本次促销期内的活动产品。

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9. 同一订单只能领取一个赠品。

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文献引用

[1]Persson H, Sokilde R, Pirona AC, et al. Preparation of highly multiplexed small RNA sequencing libraries. Biotechniques. 2017;63(2):57–64.

[2] Huahang Yu, Mengying Ye, Yingying Guo, et al. ABC-seq expands small RNAs content with randomized adapter pools operation. BioRxiv, 2024.

[3]Lama L, Cobo J, Buenaventura D, et al. Small RNA-Seq: The RNA 5´-End Adapter Ligation Problem and How to Circumvent It. J Biol Methods.2019;6(1):e108.

[4]Hagemann-Jensen M, Abdullayev I, Sandberg R, et al. Small-seq for single-cell small-RNA sequencing. Nat Protoc.2018;13(10):2407–2424.

[5]Wulf MG, Maguire S, Dai N, et al. Chemical capping improves template switching and enhances sequencing of small RNAs. Nucleic Acids Res. 2021;50:e2–e2.