组内差异差异分析方法
仪器简介：Ettan DIGE系统包括CyDye DIGE荧光标记物，IPGphor 3/Ettan DALT电泳系统，Typhoon多功能激光共聚焦扫描仪和DeCyder 2D差异分析软件。CyDye DIGE荧光标记物专门为Ettan DIGE系统设计，这些荧光标记物是分子量和电荷匹配的，具有信号强，光谱分开，吸收和发射峰窄等特点。这些特点使不同的CyD......
百泰派克将得到的差异代谢物使用MBRole进行代谢通路富集，使用KEGG数据库做为背景，进行相关通路分析。选取同物种的所有代谢物作为背景，分析 P value < 0.05的代谢通路。图1和2为我们可提供的两种代谢通路图，富集的代谢通路以及相关T检验分析结果会以表格的形式给出。图1 差异代谢物通路图图2 代谢物通路图......
芯片差异microRNA靶基因分析分析方案一1．通过搜索TargetScan,Mirbase, Miranda三大数据库得到差异microRNA调控的所有靶基因。2．通过对上调......
为检验所选取的差异表达蛋白质或特征差异表达蛋白质的合理性和准确性，可以通过聚类分析将蛋白按照表达量的趋势聚合在一起，可以实现更为直观的蛋白质组学数据分析。1. 层次聚类分析对筛选出的差异表达蛋白做层次聚类分析，将具有相同或相似表达模式的蛋白进行聚类。差异表达蛋白聚类结果如下图：图1 差异表达蛋白层次聚类图注：图中不同的列代表不同的样品，不同的行代表不同的蛋白......
随着现代分子生物技术的蓬勃发展，已解决了不可培养微生物研究的难题，使得人们对微生物的研究进入了新的阶段。通过比较正常和疾病状态下或疾病不同进程中人体微生物群落的结构和功能变化，可以对正常人群与某些疾病患者体内的微生物群体多样性进行比较分析，研究获得人体微生物群落变化同疾病之间的关系；通过深度测序还可以快速......
RSAM-02 转录组表达量计算与差异表达分析 本分析模块是对受测样本转录组表达量进行计算。基因表达量的计算将考虑基因表达量标准化(normalization)这一因素，采用RPKM计算方法。RPKM具体定义为：reads per kilobase per million mapped read。我们采用的RPKM考虑到可变剪接（......
芯片差异microRNA靶基因分析分析方案一1．通过搜索TargetScan,Mirbase, Miranda三大数据库得到差异microRNA调控的所有靶基因。2．通过对上调或下调microRNA对应的靶基因进行GO显著性功能分析，得到具有显著性、低误判率、靶向性的GO功能集以及对应的靶基因。3．通过对上调或下调microRNA对应的靶基因进行......
为了评价候选代谢物的合理性，同时更全面直观地显示样本之间的关系以及代谢物在不同样本中的表达模式差异，我们利用定性的显著性差异代谢物的表达量对各组样本进行层次聚类（Hierarchical Clustering），从而辅助我们准确地筛选标志代谢物，并对相关代谢过程的改变进行研究。一般来说，当筛选的候选代谢物合理且准确时，同组样本能够通过聚类出现在同一簇（ Cl......
宏转录组测序（Metatranscriptome），是指从整体水平上研究某一特定环境，特定时期群体生命全部基因组转录情况，以及转录调控规律的研究手段。相较于宏基因组，宏转录组可以从转录水平研究复杂微生物群落变化，更好的挖掘潜在的新基因。技术流程技术优势基于高通量测序技术，高效低成本解决微生物组学活性功能研究。宏组学与代谢组等数据结合分析，多组学深入挖掘生物学......