产品介绍|蛋白质组学高质量标准品——Hela细胞酶切肽段
2024-08-15 11:37:37, Untangled 上海氨探生物科技有限公司
Hela细胞，源自人体宫颈癌细胞系，因其卓越的生物学特性，已成为全球科研人员广泛使用的细胞模型。Hela酶切肽段，正是基于这一细胞系，经过精细样品制备和严格的质控，为质谱分析提供了一个可靠的参照。
产品特点
阳性对照: 来自Hela S3细胞系的蛋白质酶切产物 总蛋白质数超过15,000种
完全酶切: 采用LysC和Trypsin双重酶切技术，确保漏切肽段比例小于10%
高质量: 严格控制甲硫氨酸氧化低于10%和天冬酰胺脱酰胺比例低于5%
严格检测: 每批产品均附有详细的检验报告，确保蛋白酶切的高质量和一致性
稳定性: 以稳定的冻干形式提供，可以长时间保持其活性和稳定性。
实验流程
细胞裂解：采用优化的裂解液配方，确保Hela细胞的蛋白质完整释放
蛋白消化：蛋白还原/烷基化(半胱氨酸carbamidomethylation, + 57.02)，结合混合蛋白酶，实现高效酶切，获得高质量的肽段
肽段脱盐：利用固相萃取技术，去除肽段中的盐分和其他杂质，为质谱分析提供纯净的样本
质谱检测：运用高分辨质谱仪Q Exactive HF-X，结合DDA和DIA两种数据采集模式，全面深入地分析肽段和蛋白质。
图1：实验流程图
色谱分析条件
液相：肽段通过U3000RSLC nano系统 （Thermo Scientific, USA）分离；取约500 ng肽段上样到C18分析柱（1.9 μm, 100 Å, 75 μm i.d. × 25 cm，氨探生物）分离。流动相A为含0.1%甲酸的水溶液，流动相B为含0.1%甲酸的80%乙腈；在1-32%的分离梯度下，流速为300 nL/min。柱温55 ℃，梯度65 min。
数据依赖型采集（DDA）
质谱：Thermo Scientific™ Q Exactive HF-X Orbitrap™质谱仪上选用数据依赖型采集（DDA）方式采集数据；质谱全扫分辨率为60,000 @ m/z 200，AGC为3E6，最大离子进样时间20 ms，扫描范围m/z 350-1200，标准化碰撞能量为27%，二级质谱扫描分辨率为15,000 @ m/z 200，扫描范围为m/z 200-2000，AGC为1E6，最大离子进样时间为45 ms，动态排除时间为40s，电荷价态选择2+-8+。
搜库参数
通过Proteome Discoverer v2.4 (Thermo Scientific, USA)获取肽段和蛋白含量数据；PD软件设置查库相关参数：Swissprot蛋白数据库（Human）；Digest Rule: Trypsin; Max Missed Cleavages: 2; Precoursor Mass Tolerance: 10 ppm; Fragment Mass Tolerance: 0.02Da; Static modifications: Carbamidomethyl (C); Dynamic modifications: Oxidation (M); FDR for Protein and peptide ≤ 0.01；肽段漏切比例，还原烷基化比例，氧化比例和变性比例数据统计，使用pfind3.0默认参数检索。
数据非依赖型采集（DIA）
质谱：Thermo Scientific™ Q Exactive HF-X Orbitrap™质谱仪上选用数据独立型（DIA）方式采集数据；全扫分辨率为60,000 @ m/z 200，AGC为3E6，最大离子进样时间为20 ms，扫描范围为m/z 350-1200，标准化碰撞能量为32%，二级质谱扫描范围为m/z 200-2000。DIA扫描分辨率为30,000 @ m/z 200，AGC为1E6，最大离子进样时间为45 ms。
搜库参数
DIA文件基于预测人蛋白质组谱图库，DIA-NN v1.8.1获取肽段和蛋白含量数据，软件设置使用软件默认参数。
质控参数
图2：Hela酶切肽段基峰色谱图。
500 ng Hela蛋白质酶切肽段在Q Exactive HF-X质谱仪上经过60 min色谱梯度得到的Base peak图。
氨探生物的Hela酶切肽段产品，以其卓越的性能、严格的质控和全面的技术支持，期待该标准品能为蛋白质组学质谱分析提供可靠的质控分析。
若您对我们的产品感兴趣，或有宝贵的意见和建议，请联系我们:info@untangledbio.com。
Untangled Biosciences
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