【王老师带你玩转SeqGeq™系列】之茫茫数据，我只想看到你！

1.多参数降维可视化

方法：PCA与tSNE为SeqGeq™软件内嵌功能，点击软件Dimensionality Reduction按钮使用；插件网站FlowJo exchange下载安装UMAP插件，可使用UMAP降维。

2.聚类结果叠加可视化

    根据基因表达，通过算法将细胞聚类，相同的细胞形成一个cluster。把所有细胞群通过降维图可视化，每个颜色代表一类细胞，展示每个细胞群所在的位置。

方法：kmeans聚类为SeqGeq™内嵌功能，点击Clustering使用；在插件网站下载安装对应插件，可使用Phenograph与x-shift聚类。

3.降维聚类结果3D可视化

    SeqGeq™还可以展示3D降维聚类结果，使细胞群之间的相对位置更加清晰。

方法：下载安装iCellR插件，制作3D降维聚类图。

 4.参数表达分布可视化 

    小提琴图Violin plot因能反映基因在不同细胞群的表达分布，在单细胞数据分析中被广泛应用。如左下图，纵轴表示基因的表达量，横轴代表细胞群，CD19在B细胞中表达最高，而小提琴最宽的“肚子”则表明处于这个表达量的细胞最多，体现了细胞的分布情况。同样的，散点图和箱式图Box plot也具有相似的作用，三者可叠加展示，生成Raincloud plot云雨图(右下)。

方法：下载安装小提琴图插件ViolinBox。

 5.参数表达比较可视化 

    直方图Histogram一般用于不同细胞群的基因表达比较。如下图，横轴代表基因的表达高低，越靠右表达越高，纵轴代表细胞数量。如下图，多个数据叠加可以直观地看到CD4在记忆CD4T细胞和调节T细胞Treg中高表达。

方法：SeqGeq中选择要比较的细胞群及基因，图形选择Histogram，在Layout界面将细胞群叠加即可。右击Histogram可选择直方图的形式(Offset/Half Offset/Stagger Offset/Overlaid)。

 6.基因表达矩阵可视化 

    热图Heatmap是单细胞测序数据中最常见的图形之一，可以直观地一次性展示多个基因在不同细胞群中的表达。如下图，每个竖条形代表同一个细胞，行则代表一种基因，颜色表示基因在这个细胞的表达高低。往往用来展示不同细胞群的差异表达基因如上调Top10基因的表达情况

方法：在Layout界面选中细胞群，右击选择Make Heatmaps，选择对应基因集即可生成热图。

7.基因表达分布可视化

     Feature plot用于在降维图中显示特定Marker基因的表达，展示高表达某些基因的细胞在整个细胞群体中的位置，常用于帮助定义细胞群的类型及整合分析中不同组细胞群之间的比较等。

方法：Layout中选中降维图，右击选择Multigraph Color Mapping, 选中想查看的基因参数即可批量生成Feature Plot。

(以上图片可点击放大查看）

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