动物健康应用攻略第六期 | 猪轮状病毒专题（二）猪轮状病毒 A、B 和 C 型的多重逆转录qPCR鉴定

轮状病毒（RV）属于呼肠孤病毒科（Reoviridae），是一种高度多样化的双链 RNA（dsRNA）病毒，是导致人类和动物肠胃炎的常见病原体之一。在已报导的 10 个轮状病毒血清型（A-J）中， A、B 和 C 型通常会引起仔猪腹泻和消瘦，导致增重延迟，从而给养殖企业带来经济损失。由于轮状病毒具有高度变异性，且无法在单次反应中区分出不同的轮状病毒血清型，因此已发表的和市售的猪轮状病毒逆转录qPCR产品或设计分型效果均不太理想。在此，我们将介绍一种为科研实验室开发的猪轮状病毒A/B/C 型单孔多重逆转录qPCR 检测方案（VetMAX 轮状病毒A/B/C型qPCR试剂）。

为了开发具有最大覆盖度的多重RT-qPCR设计方案，我们采用生物信息学PCR覆盖度评估的方式分析了692个AV/B/C型轮状病毒的序列。在选择引物和探针后，使用迭代实验设计(DOE)来优化寡核苷酸浓度。采用285份A/B/C型轮状病毒阳性的猪粪便和肠道样本进行验证，并针对分析灵敏度与已发表的轮状病毒A/B/C型引物探针试剂进行了比较。使用MagMAX CORE核酸提取试剂盒提取样本核酸，并在QuantStudio5 96孔0.1 mL实时PCR系统上运行RT-qPCR反应。利用体外转录技术开发出模拟轮状病毒基因组结构的双链RNA阳性对照，并用于检测限(LOD)的评估。最后，用包含10种常见的猪肠道病原体的样品盘来评估是否存在交叉反应。