2023-08-08 10:37:06, 欧易生物 上海欧易生物医学科技有限公司
蛋白质互作网络(Protein-Protein Interaction Networks,PPI)是由蛋白通过彼此之间的相互作用构成,来参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节。系统分析大量蛋白在生物系统中的相互作用关系,对了解生物系统中蛋白质的工作原理,了解疾病等特殊生理状态下生物信号和能量物质代谢的反应机制,以及了解蛋白之间的功能联系都有重要意义。
云工具跳转链接:
https://cloud.oebiotech.com/task/detail/ppi/(
功能介绍
本工具旨在绘制蛋白/基因互作网络图,以目标蛋白/基因列表及该物种所有蛋白/对应基因间可能存在的两两互作关系列表后作为输入文件,通过环形网络的形式直观展示一组蛋白/基因中连接度较高的蛋白/基因之间的相互作用关系。若带有表达量变化信息,还可以不同颜色区分上下调信息。使用本工具来进行PPI绘图,只需上传整理好的数据,片刻后便会得到专业美观的PPI图,下面就让我们一起来学习一下怎么使用吧!
数据准备
您需要按照相应格式来处理数据整理出如下文件:
01
蛋白节点文件
第1列为蛋白ID,第2列为对应基因名,第3列为对应蛋白表达水平变化(其中第2、3列数据为可选)。该文件需包含表头"Accession"、"Gene Name"、"FC",请注意列名的首字母大写。
图1 | 蛋白节点文件格式示例
02
蛋白连接度文件
第1,2列分别为两种蛋白的ID,第3列为两者之间的分数。需包含表头"node1"、"node2"、"combined_score"。
图2 | 蛋白连接度文件格式示例
作图步骤
01
准备工作
请于上传文件前根据上方的“作图步骤”或云工具页面的“使用说明”的示例文件格式来进行数据文件的准备。
02
主要参数
图3 | 主要参数
03
主要参数详解
①请于主要参数中的输入文件1、输入文件2处上传您所要进行分析的文件,此项为必填参数。当在“选择文件”后出现上传的文件名时说明上传已经成功。
图4 | 文件上传成功示例
②任务命名:对结果进行命名用于区分不同的任务,默认为当前工具名称_结果创建时间,在历史记录的注释处可见,可接受默认或自行输入。
04
常用参数
图5 | 常用参数
05
常用参数详解
常用参数中可以对生成图例的风格进行修改,您可以按个人喜好调整图例的上调颜色、下调颜色、表达量变化、节点大小、字体以及字体的大小。
06
最终提交
文件上传成功后
如图所示区域:
图6 | 工具预估耗时提示处
结果分析
01
结果下载
分析结果保存6个月,请注意及时下载保存,
02
结果说明
(图片为使用示例文件及其他参数保持默认时的结果)
PPI图是工具根据连接度排名前25的节点,分别用蛋白ID和基因名进行绘制而成的网络图。图中圆圈表示差异蛋白/基因,默认为红色的圆圈代表上调蛋白/基因,默认颜色为绿色的圆圈代表了下调蛋白/基因;如果蛋白节点文件中没有蛋白表达水平FC值,则会呈现为灰色。圆圈的大小代表着连接度的高低,如果圆圈越大则表示连接度越高。
图7 | PPI_network图示例
图8 | gene_network图示例
历史记录
图9 | 历史记录示例
常见Q&A
请问对上传文件的格式有什么要求呢?
您好,首先感谢您的咨询。要着重注意上传的两个文件的表头,如"Accession","Gene Name","FC","nood1","nood2",
"combined_score"这些,必须与示例文件保持一致,区分大小写。
往期推荐
探“云”指南 | 如何使用云工具进行样本相关性分析
探“云”指南 | 如何进行共表达相关性分析
探“云”指南 | 如何在线一键化进行差异分析
探“云”指南 | 微生物ROC曲线
07-01 英斯特朗
连载 | 药物一致性评价与粒度分析(三)07-01 欧美克仪器
【仪器百科】LS-909丨干湿二合一激光粒度分析仪07-01 欧美克仪器
标准物质解决方案 | PFASs(全氟及多氟化合物)06-29
第九期阿尔塔有约 | 环境专题【新污染物:PFAS】技术研讨会精彩回顾及提问解答06-29
“绿色技术范式”,分析化学未来发展方向——访中国分析测试协会副理事长、辽宁省分析科学研究院原院长刘成雁教授06-29 转载仪器信息网
华西医院-标准型数显脑立体定位仪、双通道体温维持仪、体式显微镜安装完成06-29 迈越生物
科鉴检测助力2家仪器企业获得首批产品可靠性认证证书06-28 科鉴检测
德国耶拿:锂电池生命周期分析解决方案06-28 德国耶拿
AI已来!生命科学本科教学如何紧跟技术浪潮06-28 Opentrons
盛瀚售后,五星级服务的秘诀是什么?06-28 SHINE
专为汽车制造商打造的柔性解决方案——实现制程控制06-28
西北工业大学-脑立体定位仪安装完成06-28 迈越生物
会议邀请 | 第九届海上检验医师论坛06-28
卓立要闻 | 创新发展ing…6月卓立“大事小情”速览06-28 光电行业都会关注
打造信任合作伙伴!2024年度卓立汉光客户满意度调查开启06-28 光电行业都会关注
如何挑选适用于三阶光学非线性的测量系统?Z扫描测量系统来助力!06-28 光电行业都会关注
招聘启事—中国科学院沈阳自动化研究所微纳光学测量表征技术课题组06-28 光电行业都会关注
谱育科技作为主要完成方 荣获2023年度国家科学技术进步一等奖和二等奖06-28 点击关注→
仪器原理丨顶空仪与吹扫捕集仪科普小知识06-28 天美色谱