为什么在显微镜图像分析中使用机器学习(ML)

2023-07-22 21:54:10, 徕卡显微系统 徕卡显微系统(上海)贸易有限公司





机器学习(ML)是研究人员在各个领域分析显微镜图像的强大工具。ML为图像分析工作流程提供了许多好处,从简单的分割到复杂对象的检测。最终,ML驱动的图像分析工具使科学家能够专注于洞察力


为什么在图像分析中使用机器学习?

虽然ML有多个好处,但以下是前3个好处:

  • 工作流程更容易,因为用户只需提供感兴趣的对象的示例,而不是定义对象的规则(大小范围,强度阈值等)

  • 模型可以检测复杂的对象,因为它包含超出常见测量的特征

  • ML算法可以通过添加更多示例来适应实验/成像条件的变化


我可以通过ML在图像分析中实现什么?

显微镜图像分析中的ML工具的结果可以分为两个广泛的类别:图像增强和对象分割


图像增强工作流程通常创建一个置信度图,增强或分离您感兴趣的对象与背景。置信度图类似于高信噪比荧光图像,其中像素强度与ML算法的置信度相关,表示这是您感兴趣的对象。高强度值与高置信度相关。


以下是您可以通过ML实现的一些增强类型的示例:

ML还用于分割难以分析的对象,例如相位对比图像中的细胞或形状不规则的细胞。一旦检测到,您可以获得体积,平均强度和许多其他测量结果。以下是一些示例:


如何创建有效的ML驱动像素分类器?

Aivia受欢迎的功能之一,像素分类器,由包含上述好处和功能的机器学习算法提供支持。在创建有效的像素分类器时,有许多要考虑的事情,以下是要记住的前3件事:

提供对象的多样性示例-小而大,明亮和暗淡,圆形和奇形怪状的对象-您捕捉的变化越多,算法就越能理解您的对象

预览,预览,预览-很难预测您的示例将如何改变模型,因此经常预览以确保培训朝着正确的方向进行

保存您的像素训练文件-这将使您能够在项目/成像设置发生变化时调整模型


我在哪里可以找到

有关Aivia像素分类器的更多信息?

上面显示的示例是使用Aivia像素分类器功能创建的,因此如果您想了解更多关于ML驱动的图像分析的信息,请参考以下资源:

像素分类器常见问题解答

https://www.aivia-software.com/post/faq-pixel-classifier

3D智能分割的教程视频

https://youtu.be/d4k5jgHLIDg

示例的YouTube播放列表

https://www.youtube.com/playlist?list=PL4rtkW_e-B4wiX3EYRvvzbcLBm-c2yvok

上面的图像的图像来源

https://www.aivia-software.com/imagecredits

阅读原文:

https://www.aivia-software.com/post/machine-learning-in-microscopy-image-analysis


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