探“云”指南 | STRING蛋白互作一键化分析

2023-07-19 11:07:07, 欧易生物上海欧易生物医学科技有限公司

功能介绍

STRING（Search Tool for the Retrieval of Interaction Gene/Proteins）数据库是目前使用最广泛、信息最全面的蛋白互作网络分析工具，既包含了已有报道的蛋白质互作数据，也包含了基于预测的蛋白质互作信息。文章中一般以PPI（ProteinProtein Interaction）互作网络图进行展示，可以直观的展示蛋白间的相互关联，并进一步帮助我们寻找其中的关键节点。

本工具关联STRING数据库，对基因绘制Protein-Protein互作网络图。

数据准备

基因列表文件

基因列表文件中列名为 gene_id(基因/蛋白) 。

图1 | 基因列表文件格式示例

差异基因列表文件

差异基因列表若含有"Regulation"列, 需包含"FoldChange"列，注意列名的首字母大写。

图2 | 差异基因列表文件

作图步骤

小工具跳转链接：

https://cloud.oebiotech.cn/task/detail/string_ppi/

（点击文末“阅读原文”即可体验）

准备工作

请于上传文件前首先查看“重要提示”的提示信息以及“使用说明”中的示例文件格式，根据提示进行文件准备。

主要参数

图3 | 主要参数

常用参数

图4 | 常用参数

主要参数设置

①请于主要参数中的输入文件处上传您所要进行分析的文件，如果此处未上传文件，您将无法得出结果。上传成功后，将会于“选择文件”后显示您上传的文件名；

此处为上传成功示例：

图5 | 文件上传成功示例

②STRING物种：有人、大鼠、小鼠、猪、鸡、玉米、籼稻7个物种可以选择，目前仅支持现有的物种进行分析。默认为“人”；

③任务命名：对结果进行命名用于区分不同的任务，默认为当前工具名称_结果创建日期时间，在历史记录的注释处可见，可接受默认或自行输入。

常用参数设置

①筛选Top绘图：根据Top值筛选对应数目的基因进行蛋白互作分析，并绘制 Protein-Protein 互作网络图。当选择默认“0”或不填写时，将使用输入基因列表中的所有上下调基因进行蛋白互作分析并绘制网络图。默认为“0”；

②隐藏无互作关系的节点：选择是否隐藏，无互作关系的节点，默认为“是”。

最终提交

文件上传成功后点击“提交”，右侧工作区将提示您所需时间。有时会遇到任务排队情况，请您耐心稍等。

如图所示区域：

图6 | 工具预估耗时提示处

结果分析

（图片为使用示例文件及其他参数保持默认时的结果）

结果说明

5.1.1、蛋白互作网络图

输出3种文件格式：svg、pdf、png。每个节点为一个差异蛋白，填充的节点表示该蛋白的3D结构已知或已被预测，空白表示3D结构未知；节点之间的连线表示两个蛋白之间存在已知的或预测可能存在的蛋白相互作用，不同颜色对应不同的相互作用类型。如下图PPI互作网络所示：

图7 | PPI互作网络示例

结果下载

分析结果保存6个月，请注意及时下载保存，点击“结果下载”可将结果保存至本地。

图8 | 结果展示界面

结果文件夹展示：

图9 | 结果文件夹示例

历史记录

点击欧易集团云平台界面右上角的“登录”，您可以进行免费注册，用您注册的账号登录欧易云平台个人中心，在此之后使用云平台所有的小工具将会存有记录。您可以点击下图中的“历史记录”查看使用SZTRING蛋白互作小工具的使用记录，或点击右上角“个人中心”查看所有小工具任务记录。