探“云”指南 | STRING蛋白互作一键化分析

功能介绍

STRING（Search Tool for the Retrieval of Interaction Gene/Proteins）数据库是目前使用最广泛、信息最全面的蛋白互作网络分析工具，既包含了已有报道的蛋白质互作数据，也包含了基于预测的蛋白质互作信息。文章中一般以PPI（ProteinProtein Interaction）互作网络图进行展示，可以直观的展示蛋白间的相互关联，并进一步帮助我们寻找其中的关键节点。

本工具关联STRING数据库，对基因绘制Protein-Protein互作网络图。

数据准备

01

基因列表文件

基因列表文件中列名为 gene_id(基因/蛋白) 。

图1 | 基因列表文件格式示例

02

差异基因列表文件

差异基因列表若含有"Regulation"列, 需包含"FoldChange"列，注意列名的首字母大写。

图2 | 差异基因列表文件

作图步骤

小工具跳转链接：

https://cloud.oebiotech.cn/task/detail/string_ppi/