2023-07-12 11:36:27, 欧易生物 上海欧易生物医学科技有限公司
通过组内合并Venn图,可以清晰地展示每个组别的共同和独特元素,并且可以轻松地识别共同元素的数量和重叠区域的大小。此外,组内合并Venn图也可以帮助研究人员确定哪些元素是不同组别之间的特定标记,从而更好地理解它们在不同组别中的功能和作用。
本工具用于绘制组内Venn图。Venn图是一种用于直观表示元素集合重叠的一种图形,在生物信息学领域常用于展示样品不同分组间共有和特有的物种,OTU,基因,分类单元等。
01
丰度文件
表格第一列信息作为该表格的元素的集合,且不可重复(如OTU id,门水平物种,纲水平物种,目水平物种,科水平物种,属水平物种,种水平物种,探针,转录本,基因名称)
请您注意:名称需提前去重,重复会导致运行错误
如下表第一列为OTU id,其余各列为样本名称,对应数值为各样本中的OTU丰度。
02
样本分组信息文件
第一列为样本分析名,与丰度文件中的样本分析名一致,第二列为分组名称,需要剔除的样本不需要填写分组名。
图2 | 样本分组信息文件格式示例
01
主要参数
02
常用参数
01
准备工作
请于上传文件前首先查看“重要提示”的提示信息以及“使用说明”中的示例文件格式,根据提示进行文件准备。
02
主要参数设置
①请于主要参数中的丰度文件、样本分组信息文件处上传您所要进行分析的文件,为必填参数。在“选择文件”后显示上传的文件名说明上传成功。
此处为上传成功示例:
图5 | 文件上传成功示例
②任务命名:对结果进行命名用于区分不同的任务,默认为当前工具名称_结果创建日期时间,在历史记录的注释处可见,可接受默认或自行输入。
03
常用参数设置
①颜色方案、字体、图形字体大小、图例字体大小:可接受默认或按需填写。
04
最终提交
文件上传成功后点击“提交”,右侧工作区将提示您所需时间。有时会遇到任务排队情况,请您耐心稍等。
如图所示区域:
图6 | 工具预估耗时提示处
(图片为使用示例文件及其他参数保持默认时的结果)
01
结果展示及下载
分析结果保存6个月,请注意及时下载保存,点击“结果下载”可将结果保存至本地。
结果文件内容示例:
图8 | 结果文件夹内容
02
结果说明
三种颜色的圈重叠部分中的数字1036代表A,B和C三组共有的元素个数;
蓝色和绿色的圈重叠部分中的数字167代表A和B共有的元素个数;
119代表A组特有的元素个数。
图9 | Venn图示例
点击欧易集团云平台界面右上角的“登录”,您可以进行免费注册,用您注册的账号登录欧易云平台个人中心,在此之后使用云平台所有的小工具将会存有记录。您可以点击下图中的“历史记录”查看使用组内合并Venn小工具的使用记录,或点击右上角“个人中心”查看所有小工具任务记录。
图10 | 历史记录示例
请问该小工具对数据集中组别数量有要求吗?
您好,首先感谢您的咨询。本工具用于组内生物学重复合并做Venn分析,适用于组别为5组及以下数据集。
请问想要剔除部分样本怎么做?
您好,首先感谢您的咨询。想要剔除部分样本的话,上传的样本分组信息文件中待剔除的样本就不要填写分组名,合并后的数据集名字还为原来的组名,合并算法为组内取平均。
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END
排版人:七七
原创声明:本文由欧易生物(OEBIOTECH)学术团队报道,本文著作权归文章作者所有。欢迎个人转发及分享,未经作者的允许禁止转载。
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