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Cluster_id列：进行物种丰度测序的群落名称

taxonomy列：物种各层级（界、门、纲、目、科、属、种）水平上的分类信息，用分号分隔

样本丰度信息：项目测得各组群落在各样本中的丰度值

2.2.1 CAZY数据库注释文件

CAZY数据库对应的功能表头为" Family、Class、 Class_Definition"，如图所示：

请您注意：若输入的注释数据表头同时存在Class和Class_Definition表头，将只对Class功能进行分析。

2.2.2 CAZY | family数据库注释文件

CAZY | family数据库对应的功能表头为“Family、Class”，如图所示：

2.2.3 CARD数据库注释文件

CARD数据库对应的功能表头为“ARO_Name、Drug_Class、 Resistance_Mechanism”，如图所示：

请您注意：Drug_Class和Resistance_Mechanism功能用分号分隔。

2.2.4 GO数据库注释文件

GO数据库对应的功能表头为"GO_Anno"，如图所示：

请您注意：同一个群落样本注释到多条GO通路的用竖线分隔，分别对level2水平（"molecular_function"、"cellular_component"、"biological_process"）及括号内的GO ID进行绘图。

2.2.5 eggNOG数据库注释文件

eggNOG数据库对应的功能表头为“Abbreviation”，如图所示：

请您注意：Abbreviation功能以单个字符进行分隔

图6 | eggNOG数据库注释文件格式示例

2.2.6 KEGG数据库注释文件

KEGG数据库对应的功能表头为“KO、Pathway、 Moudle、 EC_number”，如图所示：

请您注意：Pathway功能用逗号分隔, Moudle功能用竖线分隔

2.2.7 VFDB数据库注释文件

VFDB数据库对应的功能表头为”VF_Name、 VFDB_VF_ID、 VF_species”，如图所示：

请您注意：VFDB_VF_ID功能将会对应VFDB数据库的VF_Name进行绘图

2.2.8 PHI数据库注释文件

PHI数据库对应的功能表头为“Protein_ID、Gene_name、 Pathogen_species、Disease_name、 Host_descripton、 Function、Phenotype_of_mutant”，如图所示：

请您注意：若输入的注释数据表头同时存在Gene_name和 Protein_ID表头，将只对Gene_name功能进行分析；若输入的注释数据表头同时存在Disease_name和 Pathogen_species表头，将只对Disease_name功能进行分析。

4.1 主要参数调整（此处以CAZY数据库注释文件为例）

①请于主要参数中的样本物种丰度文件、数据库注释文件处上传您所要进行分析的文件，如果此处未上传文件，您将无法得出结果。上传成功后，将会于“选择文件”后显示您上传的文件名；

此处为上传成功示例：

②物种水平：选择绘图的物种分类水平。默认为“属”，可在下拉菜单进行其他选择；

③数据库类型：进行功能注释的数据库。默认为“CAZy”，可在下拉菜单进行其他选择。

请您注意：数据库类型与相应数据库注释文件功能的对应关系见上述2、文件要求——2 | 2、数据库注释文件。

①物种类别数目：默认为“10”，选取对应物种分类水平上各类别贡献度排名前10的类别，其余合并为“others”进行绘图。可接受默认或自行输入；

②功能数目：默认为“10”，注释的功能数大于10时，选取前累积贡献度排名前10的功能，进行绘图。可接受默认或自行输入；

③输出图片格式：默认为“pdf”，可在下拉菜单进行其他选择；

④配色方案：物种功能贡献度条形图的配色方案，平台提供了24种配色方案供您选择。默认为“默认配色”，可在下拉菜单进行其他选择；

文件上传成功后点击“提交”，右侧工作区将提示您所需时间。

如图所示区域：

（以下图片为使用示例文件以及参数均选择默认的结果）

图15 | 结果下载成功示例

图16 | 结果内容示例

5.2.1、物种功能贡献度circos图

下图即为OE常规微生物分析中的物种功能贡献度circos图，注释数据库为CAZy，注释功能只有Class。

①最外层是物种或功能的名称：

Other,g_Prevotella,g_Alistipes,g_Bacteroides,g_Parabacteroides,g_Clostridium,g_Phocaeicola,g_Methanobrevibacter,g_Treponema,g_Lactobacillus,g_Oscillibacter为物种名称；

GH,GT,CE,CBM,PL,AA为功能名称；

②次外层为百分数，表示贡献度的组成百分比；百分数刻度内测的贡献度数值范围，表示具体贡献度数值；

③贡献度数值范围刻度下的颜色各自对应最外层的物种或功能；

④最内侧的弧形颜色条带长度表示不同物种或者功能贡献度的组成占比；

⑤内圈粗细连线表示从物种出发，向各个功能分散，或从各个功能出发，向各个物种分散。表示各功能对物种的贡献度，或者是各物种对功能的贡献度。

5.2.2 条形图——功能对物种的贡献度

下图展示了所有物种中功能贡献度的情况，横坐标为样本名称，纵坐标为贡献度数值，条形图中条形的不同颜色代表不同的功能，具体对应关系见右侧图例，功能按其对所选各物种的贡献度之和从大到小排序，即条形图从上至下看。

图18 | 功能对物种贡献度的条形图

5.2.3 条形图——物种对功能的贡献度

下图展示了所有功能中物种贡献度的情况，横坐标为样本名称，纵坐标为贡献度数值，条形图中条形的不同颜色代表不同的物种，具体对应关系见右侧图例，物种按其对所选各功能的贡献度之和从大到小排序，即条形图从上至下看。

图19 | 物种对功能贡献度的条形图

图20 | 历史记录示例

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END

排版人：小久

原创声明：本文由欧易生物(OEBIOTECH)学术团队报道，本文著作权归文章作者所有。欢迎个人转发及分享，未经作者的允许禁止转载。