GTDB 数据库 | 微生物分类利器！分类信息更准确、更细致、更全面！

“分类”一直是微生物研究领域中的一个重要问题。GTDB（Genome Taxonomy Database）数据库是一个基于基因组的微生物分类数据库，包括了细菌和古菌的数据。相比传统的 16S rRNA 基因分类方法，GTDB 使用全基因组序列来构建分类树，能够提供更准确、更细致、更全面的分类信息。接下来我们一起了解一下这个数据库吧。

GTDB 又称作基因组分类数据库，旨在建立基于基因组系统发育的标准微生物分类法。数据库中的基因组主要来自于 RefSeq 和 GenBank，此外还包括了从宏基因组和单细胞中获得的未培养微生物的基因组草图。库中所有基因组都使用 CheckM 进行了污染控制，并基于 MIMAG 对基因组的完整性进行了控制。

GTDB 数据库对基因组质量的控制：完整性-5倍污染>50及特殊基因组。上图展示基因组质量分布情况。

GTDB 主要使用两种方法对微生物进行分类注释，一种是是基于 ANI（Average Nucleotide Identity），另一种是基于基因组系统发育树。

（1）基于 ANI 的分类注释：计算微生物基因组之间的平均核苷酸相似性，基于这个相似性比对的结果，GTDB 对基因组进行聚类，并对聚类结果进行分类，分类水平从纲到种。在这种方法下，GTDB 将 ANI值在 95% 以上定义为种；

（2）基于基因组树的分类注释：GTDB 对微生物基因组进行多序列比对，使用 120 个单拷贝标记蛋白及核糖体 RNA 基因等构建基因组树。通过比较该基因组树和已知的参考物种，GTDB 能够推断出该微生物的分类地位。

GTDB 于今年 4 月 28 日释放了最新版（Version 08-RS214，对应 RefSeq 的214 版本），包括 402,709  个基因组和 85,205 个物种（簇）。相比较上一版本（Version 07-RS207），基因组增加了 26.82%，物种（簇）增加了 29.68%。

GTDB 数据库中基因组有三个来源：纯培养组装、宏基因组组装、单细胞组装。上图展示各分类水平下三种基因组的比例

2bRAD-M^®是青岛欧易生物科技有限公司推出的一款微生物检测产品，具有高灵敏度特性，可轻松应对低生物量、严重降解、高宿主污染等样本，并可一次实现细菌、古菌和真菌的检测及定量。如此一箭“三”雕，自然少不了数据库的加持，其中细菌和古菌的信息即来源于 GTDB，而真菌的信息则来源于  Ensemble。

近日，2bRAD-M^®数据库随 GTDB 及 Ensemble 做了同步更新，可鉴定物种的数量有了进一步提升，有兴趣的老师欢迎联系当地销售咨询。

青岛欧易立足生命科学，开发先进技术，为国内生命科学领域提供从基因组研究、遗传分子标记开发，到微生物多样性检测等系列高端技术服务。公司与国内科研机构、高校、药企、食品及化妆品企业密切合作，积极推动基因组学技术在各领域的广泛应用。公司拥有基因组组装、基因组重测序、外显子捕获等组学技术，同时拥有简化基因组测序（2b-RAD）、简化基因组甲基化测序（MethylRAD）、简化宏基因组测序（2bRAD-M^®）等特色技术。协助客户在生物的遗传性状解析、分子标记辅助选择育种、基因组选择育种、种质资源鉴定与保护、群体基因组学研究、表观遗传学研究、微生物组检测及工业应用等方面提供解决方案。

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