有了这个法宝，再也不用担心拿不出石蜡块做空间转录组测序了

随着空间转录组测序成为主要的科研手段，越来越多的老师想要利用该技术解决一些科研问题，但是小编常常收到一些老师的反馈:“我只有石蜡切片，没有石蜡块怎么办？” “病理科只能给切几张片子让我们带出，不能把整个石蜡块给我们拿出来？”老师们别急，小编今天给大家介绍一个新的法宝，能够把老师们的痛点通通解决。

1. 资源调用难度大，病理科的包埋块可能无法直接取出；

2. 最理想的切片已经完成染色封片，相邻切片在包埋块中可能已经氧化，无法完成实验；

3. 样本切片太少，不满足黏附测试及质检需求；

4. 石蜡包埋的过程、样本保存的时间，都会对RNA造成破坏，重要的石蜡样本保存时间太久，格致使RNA质量差，无法达到检测要求；

5. 既有样本只是尽可能满足当时实验的需求，未对包埋块进行细致修正，也就是使得最终切面大于6.5mm*6.5mm，难以实现对目标区域的研究；

6. 研究需要更大的切片面积。

CytAssist是一款轻便小巧且易于携带的台式仪器，可以将 FFPE 组织切片上的转录组信息从普通载玻片转移到捕获建库芯片上，实现组织切片的空间组学分析。

图片来源于10x官网

图片来源于10x官网

• 将FFPE组织切片贴放在普通载玻片上，进行HE染色，观察组织形态；

• 根据组织形态学选取感兴趣的样本或区域，对选取的区域进行脱蜡、染色、成像、 mRNA解交联和探针隔夜杂交；

• 在探针杂交后，将两张标准载玻片和一张含两个捕获区域的Visium玻片放入CytAssist仪器中，让标准载玻片上的组织切片与两个Visium捕获区域的顶部对齐；

• 通过CytAssist仪器内置的成像系统捕捉明场图像，以确定空间方向，并用于下游比对和数据分析；

•  CytAssist仪器将普通玻片中组织上的转录组信息转移到 Visium 捕获区域，与Visium玻片对应Spots位置的高密度核酸探针进行杂交，然后通过探针延伸加上空间条形码序列；

• 将带有空间序列的分析物从玻片上洗脱下来，制备测序文库，并进行后续的空间转录组分析。

可同时兼容普通石蜡块样本、标准载玻片上的预切片组织、存档的盖玻片样本等，通过    Visium CytAssist 系统将分析物转移到 Visium 建库芯片上，进一步扩展了样本类型。

可以先通过 H&E 染色确定要分析的正确切片，聚焦感兴趣的切片区域，然后再进行分析物转移，极大的避免了样本选片不合适造成的样本浪费。

新增加了更大面积的11mmx11mm捕获芯片，同时可在6.5mmx6.5mm或11mmx11mm的反应区域灵活选择感兴趣的病理区域。

质检标准降低为 DV200>30%，可检测更多高降解度的样本。

更高组织粘附性，不需要粘附性预实验；一张芯片从四个捕获区域减少至两个，不用再担心凑样难的问题。

图片来源于10x官网

1. 石蜡块不超过5年，过往低温保存可进一步保证RNA的完整性；

2. 石蜡块务必固定在石蜡的包埋盒内，方便后续切片；

3. 多个石蜡块为防止在快递过程中相互磕碰，需要独立包装，可采用气泡膜、锡纸、玻片盒等保护方式分开包装，最终放入一大包装袋中统一寄送；

4. 石蜡块夏季推荐采用干冰或冰袋寄送，冬季可常温寄送。

若石蜡块不方便提供，如无法取出病理实验室，可按照要求提供石蜡玻片。

为保证切片选取的组织区域与Visium玻片的捕获区域精确对齐，图中绿色框标记的区域为有效区域，长边两边各留15mm，短边两边各留5mm，感兴趣的区域务必放置在有效区域内。 

10×Genomics官方推荐的品牌玻片有效区域示意图

10×Genomics官方推荐Sigma品牌（即图2中的D 玻片），如没有可暂用国产世泰（规格类似图中的C 玻片）替代 ，注意该品牌或其他品牌有可能导致与Visium Cytassist设备不匹配后的漏液。

5μm，超过该厚度会导致实验处理条件与之不匹配。