2023-03-24 12:06:21, Guomics 西湖欧米(杭州)生物科技有限公司
图源:论文截图
在本研究种使用了NLP的模型来识别信息,未来若有大规模蛋白质组学的知识图谱,送入蛋白标志物,也许能进一步提取出某个蛋白的的表达部位、其通路以及其复合体。
https://molmed.biomedcentral.com/articles/10.1186/s10020-023-00610-z
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该软件包包括从各种蛋白质组学软件导入输出文件的功能,优化归一化方法,并将图形导出为矢量图形。该软件包在非酒精性脂肪肝病数据集上进行了测试,并在使用Quantile归一化时显示出14个显著表达的蛋白质。
https://analyticalsciencejournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/pmic.201900335
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该文章所报道的方法学为空间微量蛋白质组学技术的应用提供了一个较为有效的途径。
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全文分别对化疗药物、蛋白互作抑制剂、蛋白酶体抑制剂、表观遗传药物、激酶抑制剂、抗体的剂量依赖和时间依赖的蛋白质组和通路的变化进行分析。研究发现化疗药物引起的DNA损伤,识别特定药物的激酶抑制剂的修饰标记,以及证明利妥昔单抗通过过度激活B细胞受体信号杀死CD20阳性B细胞等作用机制。
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他们最后强调了需要更多高通量功能测试和分析来进一步挖掘PPI数据并将它们整合成类似行为的通路。
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综述中提及:肺癌高危人群的定义,肺结节和肺癌;戒烟的干预以及实施肺癌筛查的成本问题。
04肺癌筛查实施注意事项。
结论:低剂量CT用于肺癌筛查,有助于降低肺癌死亡率。个性化筛查时间间隔,COPD和心血管风险的评估,人工智能和新型生物标志物的进一步研究是提高肺癌筛查的方向。
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此外,他们还对显著富集的通路进行更细致的分析和讨论,包括丙酮酸代谢和TCA循环的生物学途径,肝脏胆固醇生物合成生物学途径,止血的生物学途径 (凝血级联反应) 和补体级联的生物学途径,描绘了这些途径中各个蛋白的上下调情况。
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此外,他们还比较了小鼠的胚胎蛋白质组,进行跨物种的比较,发现了一系列调节该过程的保守蛋白。
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