探“云”指南 | 欧易云—物种累计柱状图获得方法

您是否在寻找这样一种图：能直观展示总体中各部分的结构分布？来欧易云平台，物种累计柱状图能够满足您！这是一款免费制图的小工具，操作简单，仅需动动手指，即可得到您满意的图，快来跟随下面的介绍试试吧！

我们以物种在样本中所占的比例作为变量，横坐标为样本，以累计柱状图的方式展现每个样本中各物种的比例。如果提供了样本分组信息，还可以通过组内求平均的方式展现每个分组的物种比例。

第一列为物种名，自第二列之后为样本分析名，各列对应值为物种在样本中的相对丰度（支持txt、xls、xlsx格式）。请您注意：这里如果把样本名称替换为分组名称，则不需要再上传样本分组信息文件。

图1 | 物种相对丰度文件格式示例图

第一列为样本名称，第二列为样本的分组名称。此文件为非必需文件，如果需要进行样本分组分析，则需要填此参数；如果无需进行样本分组分析，则无需填此参数（支持txt、xls、xlsx格式）。

图2 | 样本分组信息文件格式示例图

图3 | 主要参数

图4 | 常用参数参数

图5 | 样本物种相对丰度文件上传成功示例

图6 | 样本分组信息文件上传成功示例

图7 | 选取丰度前几默认top10结果示例

图8 | 选取丰度前几设置为top20结果示例

图9 | 是否进行归一化取相对丰度默认不进行归一化处理结果示例

图10 | 是否进行归一化取相对丰度设置为进行归一化处理结果示例

*说明：纵坐标轴刻度值以百分数形式显示，纵坐标轴标签由“Abundance”变为“Relative  Abundance”，显示的物种丰度值由具体数值转变为各物种在样本中所占的百分比。

图11 | 工具预估耗时提示处

分析结果图将会在此处展示，您可以点击左上角的“结果下载”将结果保存至本地。

图11 | 结果展示处

结果下载成功示例：点击“结果下载”您将会得到如下压缩包，您所得压缩包名称与下面示例名称不同为正常现象。

图12 | 结果下载成功示例

解压缩后得到以下文件：

图13 | 结果文件夹内容示例

结果示例图15中展示了不进行分组分析及其他参数均为默认的情况下，所有样本内各物种的比例情况。横坐标为样本名称，纵坐标为不同物种在样本中所占的比例。各物种种类间以颜色区分，右侧为物种的注释信息。

图14 | 未选择样本分组分析的结果示例

结果示例图16为进行样本分组分析及其他参数均为默认时的情况，是通过组内求平均的方式展现每个分组的物种比例。

图15 | 样本分组分析的结果示例

点击欧易集团官网—云平台界面右上角的“登录”，您可以进行免费注册，用您注册的账号登录欧易云平台个人中心，在此之后使用云平台所有的小工具将会存有记录。您可以点击下图中的“历史记录”查看使用物种累计柱状图小工具的使用记录，或点击右上角“个人中心”查看所有小工具任务记录。

图16 | 历史记录示例

请问不是微生物宏基因组数据可以利用物种累计柱状图进行数据分析吗？

您好，首先感谢您的咨询。物种累计柱状图的功能主要是展现每个样本中各物种的比例，只要您的目的与其一致，就可以使用我们的物种累计柱状图啦，其应用不单局限于微生物宏基因组数据，例如FPKM数据也是可以的，使用此工具时请注意文件格式规范，详情请参考上述使用说明哦。

请问我可以上传物种绝对丰度文件绘制物种累计柱状图吗？

您好，首先感谢您的咨询。您可以使用绝对丰度值得到最终的结果图，但需根据实际情况作进一步的调整，为了保证该工具良好的使用效果，建议您上传文件时使用物种相对丰度文件。

本次物种累计堆叠图小工具的介绍就到此结束，在欧易云平台上还有其他功能各异的绘图小工具，同时我们的交互式堆叠图马上要和大家见面啦，更多精彩功能敬请期待~~~

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