实测数据 | mNGS+tNGS,统统拿下:华大智造DNBSEQ-G99病原测序实测数据

2022-12-10 13:55:45, 赋能用户的 深圳华大智造科技有限公司





及时有效地对病原体进行识别和监测是传染性疾病防治中的重要环节。华大智造提供的基于DNBSEQ-G99平台的测序方案能够快速、精准地实现病原识别、分型与溯源,包括mNGS和tNGS两种方法策略,涵盖了样本提取、文库构建、高通量测序、数据分析和出具报告全流程,适用于细菌、病毒等病原体。值得一提的是,DNBSEQ-G99的SE50读长仅需3小时*完成,其测序数据能够完全满足病原体的识别需求,同时,采用PE100读长只需9小时即可实现病原体的精准溯源。


本篇总结了四篇基于DNBSEQ-G99的病原微生物测序领域实测数据,带大家深入了解DNBSEQ-G99的优异数据表现。全文约2000字,阅读时长约3-5分钟。




1. 基于DNBSEQ-G99平台的DNA病原微生物宏基因组测序方案对4例DNA病原模拟样本进行测序分析,数据质量优异,能够对病原体进行有效识别与鉴定。


2. 基于DNBSEQ-G99平台的RNA病原微生物宏基因组测序方案对1例含有猪传染性胃肠炎病毒RNA模拟样本进行测序分析,分析结果为微生物的致病机制和耐药研究提供有效参考。


3. 基于DNBSEQ-G99平台的单菌全基因组测序方案同时对9个单菌样本进行测序和分析,为单菌的全基因组学研究提供全面的数据支撑。


4. 基于DNBSEQ-G99平台的呼吸道微生物测序方案对16例流感标准品样本进行测序和分析,为流感的变异监测和流行病学调查提供有效工具。




基于DNBSEQ-G99平台的DNA病原微生物宏基因组测序方案,对4例病原模拟样本(NA12878标准品+微生物DNA)进行测序和分析。在测序质量方面,下机结果数据产量>110M,Q30>95%,拆分率>96%,数据产量和质量优异,并且4例样本的病原体识别结果与预期一致,各菌种测到的Reads丰度与理论丰度接近。


与此同时,通过对样本进行毒力和耐药因子的分析和注释,可为微生物的致病机制和耐药研究提供全面参考。


表1 病原体识别结果



基于DNBSEQ-G99平台的RNA病原微生物宏基因组测序方案,对1例含有猪传染性胃肠炎病毒RNA的模拟样本(1%病毒RNA +99% Universal Human Reference RNA)进行测序和分析,数据产量达到121M reads,Q30达到96%,拆分率>92%,满足下游分析需求。从病原识别结果中显示,该样本在种水平及亚种水平上的识别分析结果均符合预期。将样本测序序列与参考基因组进行比对得到,比对率100%,覆盖度>99%,组装质量优异。


与此同时,PFI软件基于公共数据库VFDB和MEGARes分析了毒力基因和耐药基因,为微生物的致病机制和耐药研究提供了有效参考。


表2 种水平识别结果



基于DNBSEQ-G99平台的单菌全基因组测序方案,同时对9个单菌样本进行测序和分析,共产出108.18 M Reads,Q30为94.35%,测序数据质量和产量优异。使用PFI微生物快速识别软件对不同菌株的测序结果分别进行鉴定,根据鉴定结果显示的最近源物种信息,进一步使用MGAP微生物基因组分析软件对原始数据进行有参组装,得到的组装效果较为优异。


同时进行了基因组变异信息、耐药预测和系统发育等一些列分析,为单菌的全基因组学研究提供了全面的数据支撑。


图1 沙门氏菌基因组Circos图



基于DNBSEQ-G99平台的呼吸道微生物测序方案,对16例流感标准品样本进行测序和分析,测序数据Q30为96.98%,数据产量121.9 M reads,有效序列比例超过99%,并且平均覆盖度>98%,测序数据质量高,能够有效识别病毒序列。


与此同时,在基因组组装完整度方面表现优异,可以对样本进行有效溯源分析,为流感的变异监测和流行病学调查提供有效支撑。


图2 流感病毒的溯源分析结果


华大智造基于DNBSEQ-G99的病原微生物测序方案,充分发挥了该机型测序速度快的优势,同时还具有测序准确度高的特点,真正实现了对病原微生物快速、精准地识别和溯源,为传染性疾病的监测和防控提供了强大的工具支撑。


*G99支持多时点数据输出,最快可在测序开始后的2.5小时内获得第一批下机数据(SE35)。


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华大智造DNBSEQ-G99



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