2022-12-10 13:55:45, 赋能用户的 深圳华大智造科技有限公司
本篇总结了四篇基于DNBSEQ-G99的病原微生物测序领域实测数据,带大家深入了解DNBSEQ-G99的优异数据表现。全文约2000字,阅读时长约3-5分钟。
1. 基于DNBSEQ-G99平台的DNA病原微生物宏基因组测序方案对4例DNA病原模拟样本进行测序分析,数据质量优异,能够对病原体进行有效识别与鉴定。
2. 基于DNBSEQ-G99平台的RNA病原微生物宏基因组测序方案对1例含有猪传染性胃肠炎病毒RNA模拟样本进行测序分析,分析结果为微生物的致病机制和耐药研究提供有效参考。
3. 基于DNBSEQ-G99平台的单菌全基因组测序方案同时对9个单菌样本进行测序和分析,为单菌的全基因组学研究提供全面的数据支撑。
4. 基于DNBSEQ-G99平台的呼吸道微生物测序方案对16例流感标准品样本进行测序和分析,为流感的变异监测和流行病学调查提供有效工具。
基于DNBSEQ-G99平台的DNA病原微生物宏基因组测序方案,对4例病原模拟样本(NA12878标准品+微生物DNA)进行测序和分析。在测序质量方面,下机结果数据产量>110M,Q30>95%,拆分率>96%,数据产量和质量优异,并且4例样本的病原体识别结果与预期一致,各菌种测到的Reads丰度与理论丰度接近。
与此同时,通过对样本进行毒力和耐药因子的分析和注释,可为微生物的致病机制和耐药研究提供全面参考。
表1 病原体识别结果
基于DNBSEQ-G99平台的RNA病原微生物宏基因组测序方案,对1例含有猪传染性胃肠炎病毒RNA的模拟样本(1%病毒RNA +99% Universal Human Reference RNA)进行测序和分析,数据产量达到121M reads,Q30达到96%,拆分率>92%,满足下游分析需求。从病原识别结果中显示,该样本在种水平及亚种水平上的识别分析结果均符合预期。将样本测序序列与参考基因组进行比对得到,比对率100%,覆盖度>99%,组装质量优异。
与此同时,PFI软件基于公共数据库VFDB和MEGARes分析了毒力基因和耐药基因,为微生物的致病机制和耐药研究提供了有效参考。
表2 种水平识别结果
基于DNBSEQ-G99平台的单菌全基因组测序方案,同时对9个单菌样本进行测序和分析,共产出108.18 M Reads,Q30为94.35%,测序数据质量和产量优异。使用PFI微生物快速识别软件对不同菌株的测序结果分别进行鉴定,根据鉴定结果显示的最近源物种信息,进一步使用MGAP微生物基因组分析软件对原始数据进行有参组装,得到的组装效果较为优异。
同时进行了基因组变异信息、耐药预测和系统发育等一些列分析,为单菌的全基因组学研究提供了全面的数据支撑。
图1 沙门氏菌基因组Circos图
基于DNBSEQ-G99平台的呼吸道微生物测序方案,对16例流感标准品样本进行测序和分析,测序数据Q30为96.98%,数据产量121.9 M reads,有效序列比例超过99%,并且平均覆盖度>98%,测序数据质量高,能够有效识别病毒序列。
与此同时,在基因组组装完整度方面表现优异,可以对样本进行有效溯源分析,为流感的变异监测和流行病学调查提供有效支撑。
图2 流感病毒的溯源分析结果
华大智造基于DNBSEQ-G99的病原微生物测序方案,充分发挥了该机型测序速度快的优势,同时还具有测序准确度高的特点,真正实现了对病原微生物快速、精准地识别和溯源,为传染性疾病的监测和防控提供了强大的工具支撑。
*G99支持多时点数据输出,最快可在测序开始后的2.5小时内获得第一批下机数据(SE35)。
“码”上关注
华大智造DNBSEQ-G99
04-24
激光在激光粒度分析仪中的作用04-24 真理光学粒度仪
LT3600 Plus激光粒度分析仪04-24 真理光学
真理光学诚邀你参加粉体圈第八届全国氧化铝会议04-24 真理光学粒度仪
珂睿科技诚邀您参加广西分析仪器设备应用技术交流会!04-23 珂睿marketing
终于来啦,MitoTracker小包装04-23 赛默飞生命科学
践行新质生产力:Chromeleon CDS简化您的工作流04-23 飞飞
【报名火爆】2024单细胞蛋白质组学技术与产业应用研讨会线上直播通道发布!04-23
特洁安Aquafine助力河南电子半导体客户高品质生产,为“中国芯”提供有力保障04-23
隆重上市!第六代频率步进三维探地雷达突破地下调查的界限04-23 专业的
降本增效 | 奥豪斯称重产品助力制药行业04-23 奥豪斯
Aliben动态 | 俄罗斯科学院院士Valery Tuchin教授到访艾立本科技参观交流04-23 艾立本科技
春启青莲礼,血浆免费试 | 高深度血浆蛋白质组限时免费测!04-23
抢占报名 | 4月25日“御光同行”光电技术与应用研讨会昆明专场04-23 聚焦光电前沿领域
【Vocus B文献分享】一种可检测有机和无机物种的中压化学电离反应腔表征04-23
德国元素TOC总有机碳分析仪线下用户培训邀请函(第一轮通知)04-23
最高91分,机会巨大!答题赛最后12小时,通道即将关闭!04-23 市场宣传部
【 Stage-RTL反射率测试】典型配置、硬件说明、软件操作04-23
相约青岛-第六届大气臭氧污染防治研讨会04-22 TOFWERK中国
从专家共识看吉比爱如何布局质谱自动化及应对临床质谱挑战04-22 华大吉比爱