lncRNA不同数据库名字如何统一？

长链非编码RNA（Long non-codingRNA，lncRNA）是长度大于200个核苷酸的非编码RNA。研究表明，lncRNA在剂量补偿效应（Dosagecompensation effect）、表观遗传调控、细胞周期调控和细胞分化调控等众多生命活动中发挥重要作用，近年来成为遗传学研究热点。

但是随着研究的深入，科研工作者发现lncRNA没有统一的命名规则，很多收录lncRNA的数据库都是独立运行，并且有的数据库在国内运行总会出现这样那样的问题，导致lncRNA的查询和信息获取出现难点，肿么办呢？

不急，总会有办法的，LNCipedia数据库就很好的解决了这个问题，非常便于我们查询lncRNA信息哦。

1.      LNCipedia数据库简介

LNCipedia数据库整合了多个人类（Human）lncRNA数据库信息，很大程度上解决了lncRNA数据库各自为政的问题。自2012年发表至今，该数据库现已更新到4.0版本，更新时间为2016年5月25日。目前LNCipedia共收录118,777个人类注释lncRNA转录本，这些转录本均包含序列、基因组位置、源自数据库等注释信息。

链接为：http://www.LNCipedia.org/。

从上图可以看出，该数据库主要包含7个板块，其中SEARCH、DOWNLOAD是绝大部分科研工作者会使用到的，小编就这两个板块使用方法进行介绍，您看懂、学会后就不用再对lncRNA查询问题烦恼啦~

2.      LNCipedia数据库命名规则

LNCipedia数据库对收录的每条lncRNA转录本，都会给定一个在该数据库下的名称，为更好的使用LNCipedia数据库，我们需要先明确该数据库针对每条lncRNA转录本的命名规则。如下图，每个转录本均包含表格中的5部分内容，即转录本ID，基因ID，染色体位置、正负链、转录本长度。

可以看出，每个转录本名称均是以“lnc-基因名-lncRNA序号:转录本序号”4部分组成，其中“基因ID”是编码蛋白基因的官方genesymbol，以此为标志对该编码蛋白基因附近的lncRNA进行命名；“lncRNA序号”表示的是与编码蛋白基因在同一条链上的lncRNA的远近关系，最近的命名为1，以此类推，所以“lnc-基因名-序号”是lncRNA的genename；如果lncRNA有不同的转录本，则用“:转录本序号”来表示，原则为同一条链的属于该lncRNA的最上游转录本为1，依次排列2，3…. 。

例如lnc-FAM72C-2:1整体表示该lncRNA转录本是与基因FAM72C邻近的第2个lncRNA分子的第1个转录本。下图更形象的展示了命名规则，SOX1为编码蛋白基因，附近有3个lncRNA，每个lncRNA又有不同数目的转录本。

3.      LNCipedia数据库lncRNA查询（SEARCH）

SEARCH主要是帮助我们快速的检索到需要查询的lncRNA信息。检索的方法有多种，如我们可以通过基因name/基因ID、转录本name/转录本ID进行查询，见下图。

以lnc-FAM27B-25为例进行检索说明。在Name/ID处输入lnc-FAM27B-25，然后

如果不清楚lncRNA在LNCipedia数据库中的ID或name，但知道其他数据库的名字，也可以查询，例如Ensembl数据库ENST00000430079（下图）、Refseq数据库的NR_034004、NONCODE数据库的NONHSAT001026等。除了利用name/ID进行搜索外，还可以利用染色体位置、序列来源数据进行搜索或限定条件。

如果想了解lncRNA更为详细的信息，比如序列，可以

4.      LNCipedia数据库lncRNA下载（DOWNLOAD）

LNCipedia数据库中另外一个重要部分就是DOWNLOAD了，如果用户想一次下载或整理多条lncRNA信息，那就使用DOWNLOAD中，下载所有lncRNA信息，然后进行检索。

在下载时，可以选择不同的基因组版本，也可选择下载数据的不同格式，使用者可以根据所需自行选择。

好了，关于lncRNA不同数据库的名字统一问题就讲述到这里喽，期待下次再见~

如果您对信息有任何疑问，随时可致电欧易生物服务热线（4006-4008-26）