2022-06-30 19:37:23, 标星关注 上海欧易生物医学科技有限公司
这种RNA电泳图(图1-4)您眼熟么?是您曾经的作品么?为什么跑个电泳会跑成这样?虽然说前面3张图能够看出RNA的质量,但是这种图确实算不上美观,第四张图就更不用说了。那么怎么样才能跑出高颜值的RNA琼脂糖电泳图呢?
图1-4 | 各种RNA琼脂糖电泳质检图
1
梳子的选择
跑过电泳的人都知道,制胶时要根据需求选择合适的梳子。在跑RNA时,为了让电泳条带清晰整齐,我们通常选择细长的梳子如下图(图5)所示:中间的红色梳子齿宽而细,用这种梳子制出来的胶的胶孔同样细长,即使在电泳过程中RNA有些弥散,也不至于让条带粗胖粗胖的,影响美观。
图5 | 不同规格的梳子
2制胶
制胶是电泳检测中关键的一步。配制的胶表面要光滑平整。以1%的琼脂糖胶为例:准确称取0.5g 琼脂糖,置于锥形瓶中,加入50ml 1×TAE释缓冲液,放入微波炉里中加热,直至沸腾,取出锥形瓶稍微晃动混匀后再放入微波炉继续加热,后续每15秒拿出轻轻晃动一下,大概三次左右,直到溶液中的琼脂糖完全溶解,判断标准是溶液中不再出现发亮的小颗粒即可,溶液均匀澄清。将完全溶解的琼脂糖溶液置于室温冷却至50-60℃。也可通过自来水冲锥形瓶瓶壁进行快速冷却,冷却过程中要随时检测溶液温度,如果温度过低了会导致胶凝固在瓶壁上,影响后续制胶效果。
用移液器往冷却至50-60℃琼脂糖溶液中加入0.5ul的EB(也可以选择其他核酸染料,具体步骤需按照具体染料要求操作),摇匀后缓慢的倒进组装好的胶托内。注意液体倾倒速度不宜过快,否则会在胶的表面形成一个陡坡,导致胶的厚度不均匀。此处敲黑板:EB有毒,一定要戴一次性手套进行防护。
图6-9 | 制胶所需物料
3
样本的准备
在准备RNA质检前,需要先对RNA进行浓度测定,一般情况下,同批抽提的多管RNA浓度会有差异,为了让电泳条带均匀整齐,需要先对RNA样本进行浓度调整。在所有样本浓度差异不大的情况下,要考虑的是样本浓度是否过高或过低;在一批样本浓度相差较大时需要对浓度进行调整。经过多次摸索我们发现RNA浓度在150ng/μl,上样总量500ng左右时跑出来的RNA的条带比较漂亮。如果超过这个浓度可以加水稀释。上样的体积要根据胶孔的大小进行调整,通常我们用小胶孔梳子RNA整体的体积以不超过7ul为好,因为胶孔的大小是有限度的,太多了会导致点不进去哦。样本和上样缓冲液可以在一次性手套上先混匀(图10)。
图10
4点样
点样动作要迅速,做到心中有数,手上不抖。如果手比较稳,可以选择单手持移液器(图11),但是这种方法适用于“老手”,一般新手或不经常做电泳的同学最好是两只手配合。右手持移液器,左手拖住移液器另一面(图12),维持移液器的稳定,防止手抖导致扎破胶孔。另外就是点样的动作要迅速,防止RNA在室温暴露实践过长,温度过高导致样本降解。确保实验所使用的水和上样缓冲液无RNase,点样用的移液器头也需要经过灭菌。
不要戳胶,如果你把胶孔戳穿了,那RNA会从漏了的小洞跑出去哦,这样跑出来的条带可能就会没有那么完美了。
最后,注意上样顺序,注意上样顺序,注意上样顺序,一个样本错误就会导致你对于整个检测结果判断不准确。
图11-12
5电泳
对于RNA 的检测,我们一般以120v,15分钟为准,电泳结束之后指示剂的位置如下图(图13)所示。切记计时,电泳结束后立即将胶从电泳槽中取出观察。不要电泳过长时间,电泳时间过长,条带会变得弥散,观察效果会大打折扣。
图13
6拍胶
这是最后一步了,使用凝胶成像仪(图14)对琼脂糖胶进行观察。选择紫外光源,调节曝光,焦距至最佳状态进行观察并拍照保存。为了拍到清晰美观的照片,可以在不同焦距下多拍几张,最后保存效果最好的照片,而且通过这种比较练习,相信新手做几次也能拍出高颜值的琼脂糖胶。
图14 | 凝胶成像仪
7
结果判定
不同物种的RNA条带差异还是挺大的。展示一下我们过往处理过的样本的RNA(图15-26):
1、
2、
3、
图15-26
RNA检测技巧,你get到了吗?
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