2022-04-25 22:53:01, 小迈 武汉迈特维尔生物科技有限公司
相信大家对于转录组和蛋白组的数据上传方法都不陌生,转录组数据一般上传到NCBI网站,蛋白组学数据一般共享在proteomexchange网站,那代谢组的原始数据呢?传到哪里?如何上传?有哪些注意事项?今天就来为大家一一揭晓。
登陆所填写的注册邮箱,点击邮箱中的链接,完成账户激活;
①点击页面右上角“Login”,输入注册的账号和密码,登录;
②登录之后点击SubmitStudy ,首次提交,选择“提交新研究数据”;
③点击“Createonline”选择“CreateNew Study”之后跳转的页面选择“Let’sget started”;
④有2种选择“现在上传原始数据”和“延后上传原始数据”,若选择现在就上传数据,请按照下图操作;
⑤系统会自动生成一个项目,并配有独有的项目号MTBLSxxxx及网址链接,建议大家记录下来,后期可以用于文章写作或进行数据查看,我们的注册邮箱也会同步收到一封邮件,其中包含有本项目的项目号及网址链接。随后点击“NEXT”;
⑥网站提供2种数据上传方式,AsperaUpload和PrivateFTP Upload,建议选择AsperaUpload,上传数据会更快;
⑦先点击installplugin下载并安装插件,再点击Uploadfile;
⑧弹出上传数据的选项框,选择要上传的数据,点击打开;
⑨然后系统默认会用IBM插件上传数据,如下图所示,上传完成后拉到页面最下方,点击绿色的next;
⑩填写studydescription信息,包含keywords、title、summary等,并且需要根据实际情况选择是否有manuscript;
⑪接下来进入上面流程图中的最后一步:填写sample& assaydetails,请根据项目实际情况如实填写,如果是POS和NEG模式都采集了,请分别选positive建立一个assay,再选择negative建立一个assay;
⑫填写完成后点击右上角“Massspectrometry”,填写Protocols、Experimentalcontrol names 、Samplenames、Sampledetails、Assaydetails共6项内容;
⑬Protocols包括样本收集、提取、色谱方法、质谱方法、数据转换、代谢物鉴定方法,请根据实际情况填写;
⑭填写实验对照样本及正式样本的名称,包含空白、QC、混样等;
⑮填写sampledetails里的内容,根据实际情况填写物种、样本类型等信息。如有其他factor,如性别、年龄、用药等,则可以根据实际情况点击factor增加列数;
⑯接下来补充,需要根据实际情况填写仪器类型、仪器型号、数据采集极性、扫描范围、样本对应原始数据、对应derived数据等信息,填写完成后,点击Next;
⑰进入Metaboliteannotation填写,有两种方式:可以选择upload上传系统能够自动识别的txt文件File:m_MTBLS4669_LC-MS_positive__metabolite_profiling_v2_maf.tsv,该文件可在本网页上download下来然后填写metabolitesidentification、massto charge(m/z)、retentiontime(RT)、Modification(adduct形式)、代谢物定量值等关键信息(该文件可通过EXCEL打开并进行编写);也可以点击“compoundsearch”一个一个进行添加,但是比较麻烦;
⑱填写完后,点击“close”,再点击“Next”
⑲核对已填写的信息,确认无误后,根据项目是否完成选择“Submitted”或者“InCuration”,之后点击“OK”
⑳点击绿色的时间按钮,选择数据释放的时间,点击“OK”;
㉑最后,点击主界面右上方的“MyStudies”,即可查看先前上传的数据。
㉒在“Validation”后显示绿色的对号时,说明数据上传成功了。
使用Google浏览器;
每一步信息按实际情况填写,网页会自动保存,最后会再次确定论文的相关信息;
install plugin插件安装对网络状态要求较高,小迈尝试了多次才成功,若想节省时间,可“翻墙”进行后续操作;
数据上传如遇报错,可选择上午10点、11点左右上传,速度会更快;
代谢组学上传数据就是这么简单,是不是感觉离文章发表又近了一步?
学会了就快来试试吧!
04-29 点击关注→
中关村论坛之高端仪器创新,天隆智造再获殊荣04-28
天隆产品说丨天隆方案为动物健康保驾护航04-27
世界兽医日 | 与他们共同守护动物健康04-27
新征程,新起点|科瑞恩特(北京)科技有限公司迁址公告及五一劳动节放假安排04-26 Create
最新|2024科瑞恩特携手瑞孚迪(原PE)共赴Create生命科学新征程04-26 Create
免费下载 | 新一代测序(NGS)零基础?看这篇就够了!04-26
对话培训班用户 洞察行业需求 | 纽迈如何通过“用户洞察”驱动“产品创新”?04-26 纽迈分析
【文献解读】东华大学:武培怡/孙胜童团队《Nat. Commun.》:自愈型纳米网络弹性材料增韧人工离子皮肤04-26 纽迈分析
东华大学武培怡/刘艳军团队新发现 →树木中反直觉的水传输过程 ...04-26 化学与材料科学
卓悦榜丨艾捷博雅荣膺“年度IVD与生命科学最佳企业”奖项04-26
建设国际一流医疗器械产业链、供应链体系!深圳与通用电气医疗签署战略协议04-26
一“触”即发,pick你中意的那个它!04-26 益世科生物
实验室“老友”记——助力胚胎培养的小能手!04-26
反相色谱多肽分离系统研究第四部分 表征流动相的选择性04-26 阎作伟 编译
世界知识产权日|以创新成果引领健康未来04-26
邀请函 | 揭秘多孔介质的秘密:TESCAN在InterPore202404-26 TESCAN中国
BCA蛋白定量小包装来啦~ 还有实用干货奉上04-26 赛默飞生命科学
【反射颜色测量】典型配置、硬件说明、软件操作04-26
“生命科学进校园”科普公益项目启新程,启迪青少年创新思维04-25