一分钟带你看懂16S/18S/ITS/宏基因组产品如何选择

扩增子产品在测序策略和分析内容上基本上是一致的，熟悉其中一个产品就等于掌握了3个产品的内容。接下来我们就以16S为例，与宏基因组产品的各项指标进行对比，看看你的研究内容更适合选择哪个产品呢？

宏基因组(Metagenome)也称元基因组，是对微生物整个基因片段进行测序的研究方法。要覆盖微生物整个基因片段，所以宏基因组比扩增子需要的数据量更多，有更完整的基因序列因此也可以进行基因功能注释分析。

关于宏基因组和16S产品的细节比对已经做好了归纳，主要包括测序区域、测序平台，数据量、生物学重复要求、分析内容、优劣势等方面：

由此可知

• 16S扩增子能做的分析宏基因组都能做，宏基因组包含16S所有分析内容；

  
  

• 16S扩增子测序主要适用于属水平以上的菌群结构分析，物种的组成，多样性分析等；宏基因组可以进行种水平菌群结构分析，物种的组成，多样性分析等；

• 16S扩增子不能进行功能注释，无法通过通路图看到基因调控的酶的变化，也无法对应哪个菌群产生的功能，而宏基因组可以进行关键基因及功能等分析；

  
  

• 16S扩增子测序成本较低，可以前期进行大样本量的16S扩增子测序，筛选样本进行宏基因组测序，两者的结果也可以相互验证相互补充。

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