用户测评 | 基于华大智造测序平台，艾吉泰康人全外显子组产品艾全外®V3实测数据展示

2021年10月15日，艾吉泰康^®全新版人全外显子组测序产品——艾全外^®V3正式上市。目前，艾吉泰康^®已正式发布艾全外^®V3核心版、遗传版，后续将推出艾全外^®V3肿瘤版，同时已支持客户基于核心版或遗传版灵活定制增加区域，如HLA、MSI、Fusion等，并提供专业研发团队一对一的专享服务。

华大智造测序平台中，MGISEQ-2000以灵活高效著称，DNBSEQ-T7则具有超高通量的特点，均可适配临床、科研和检测服务等各类应用场景，本期将带来艾全外^®V3核心版在MGISEQ-2000、DNBSEQ-T7平台的实测数据展示。

注：以上试剂均为艾吉泰康^®自有产品，客户可联系订购。

1.数据指标表现优异

每个样本抽取8G Raw Bases的结果显示，MGISEQ-2000/DNBSEQ-T7平台的Target Duplication rate均在3.8%以内，且所有样本的有效深度均在100X以上。这表明，客户在MGI平台测序，可以极大地降低Duplication rate，相同数据量下，可以获得更高的深度，有效地保证了数据的利用率。

图1 艾全外^®V3在MGI平台的实测Duplication rate

图2 艾全外^®V3在MGI平台抽取8G的实测有效深度（X)

实测数据显示，当测序数据量达到54G Raw Bases时，目标区域深度大于700X，Target Duplication rate在9%以内，远远低于其他测序平台常规100X的Target Duplication rate。这表明，在需要高深度测序的应用场景下，比如肿瘤全外检测，华大智造测序平台可以极大的节省数据量。

在本次实测中，我们可以看到8例样本在MGISEQ-2000/DNBSEQ-T7平台的reads捕获效率（Target reads capture rate）平均为75%，侧翼中靶率（Flank reads capture rate）平均在80%，且不同样本不同平台间均表现稳定。

图3 艾全外^®V3在MGI平台的实测捕获效率

图4 艾全外^®V3在在MGI平台的实测均一性

2.变异检出准确率高

对细胞系NA12878样本的突变位点（SNP和InDel）的检出情况进行分析，比对预期变异数量，艾全外^®V3变异位点的实际检测情况与预期高度一致。结果显示，SNP检测的精确性（Accuracy）超过99.3%，InDel检测的精确性超过 90.6%，同时SNV和InDel检测的灵敏度（Sensitivity）分别在99.3%和97.3%以上。

3.基因组高GC区与高重复区覆盖度好

代表区域一：TERT启动子区

TERT启动子区发生变异会增加端粒酶的活性并促进肿瘤的发生，该区域与TERT的转录激活有着高度相关性，但是TERT启动子区由于GC含量在85%以上，捕获难度较高。本次测试的5例样本，在平均深度100X的条件下，TERT启动子区的-124和-146位置（chr5:1295113,chr5:1295135,hg38）深度均在60X深度以上，且在TERT启动子区展现出较好的覆盖度。

代表区域二：PKD1基因

PKD1基因与常染色体显性多囊肾病高度相关，但由于区域内存在高GC区与高重复区，检测难度较大。本次测试的5例样本结果显示，PKD1基因CDS区的4X覆盖度均为100%，20%X覆盖度均在99%以上。由此可见，艾全外^®V3可有效提高PKD1的检出率。

图6.PKD1基因CDS区实测覆盖度统计

以上为本次MGISEQ-2000/DNBSEQ-T7对艾全外^®V3的实测数据展示。从以上测试结果可以看出，无论是华大智造单端、双端Index建库，还是MGISEQ-2000、DNBSEQ-T7平台测序，艾全外^®V3在捕获效率、均一性以及变异检出准确性均展现出稳定且优异的性能。作为国产测序平台应用生态联盟的成员，华大智造与艾吉泰康^®强强联合，利用自身技术优势，携手打造中国基因测序产业新生态，为客户提供了从文库构建、目标区域捕获、上机测序到数据分析的整体技术平台。为回馈新老客户，艾吉泰康^®已开展百例艾全外^®V3探针免费测试活动，欢迎大家参与测试。