Autophagy | mRNA的核酸修饰影响肥胖进展

2021-05-19 17:50:27, 小迈 武汉迈维代谢生物科技股份有限公司





m6A mRNA甲基化通过靶向Atg5和Atg7来控制自噬和脂肪生成 


 ● 期刊:Autophagy

  IF=11.05

 ● 发表时间:2019-08

导读

近来科学家们发现核酸修饰实际上是动态变化的,并且在真核生物的一系列细胞过程中起到了不可或缺的关键作用,尤其是在基因表达调控方面。m6A是真核生物mRNA上最常见的一种转录后修饰,这种可逆的RNA甲基化修饰与人类疾病有关。本次文献解读要介绍的这篇文章就是利用质谱方法检测mRNA 的m6A修饰来研究自噬和脂肪生成


2016年,全球约有40%的成年人和18%的儿童(5-19岁)患有肥胖症。2015年,约有400万人死于肥胖。因此,提高对脂肪发生的分子机制的认识,具有重要的健康和科学意义。自噬可以控制脂肪量和脂肪生成,Atg7、Atg5是自噬相关蛋白,而mRNA甲基化m6A也被报道在脂肪发生中发挥作用。然而,其潜在的机制在很大程度上仍不清楚。








3T3-L1细胞(成纤维细胞3T3-L1是来源于鼠的前脂肪细胞的细胞株,是国际上公认的研究脂肪细胞分化的细胞模型)

●脂肪选择性FTO敲除小鼠(FTO-ako)模型






1

FTO促进自噬,进一步促进脂肪形成

FTO和ALKBH5是m6A修饰的“擦除器”,是负责去除该修饰的酶,YTH家族蛋白是m6A的“阅读器”-负责识别该修饰的酶,例如本文的研究的YTHDF2蛋白。Western Blot表明,FTO沉默降低了LC3-II:I 比值,增加SQSTM1水平,表明FTO与自噬呈正相关。脂肪细胞标记的mRNA和蛋白水平在FTO过表达细胞中明显升高,用自噬抑制剂3-MA或BafA1处理可将FTO下调至正常水平,表明FTO通过促进自噬促进脂肪细胞分化



图 1



2

下调FTO可降低ATG5和ATG7的表达,但不降低ULK1的表达

为了识别自噬过程中FTO的潜在靶基因,我们首先采用qPCR分析比较FTO敲低后自噬相关基因的mRNA表达。最近的一项研究报道,FTO缺失正向调节了293T细胞中ULK1的表达。有趣的是,我们的结果显示,在FTO敲除后,Atg5和Atg7的mRNA水平显著下降,而Ulk1没有变化。同样,FTO的下调显著下调了ATG5和ATG7的蛋白水平。相反,我们发现ULK1等自噬相关蛋白如ATG12、ATG16L1没有发生显著变化。此外,我们检查了ATG5的表达谱和ATG7在脂肪细胞的分化,发现它们在早期阶段增加然后减少,这是类似于FTO的表达模式。这些数据提示Atg5和Atg7可能是我们系统中FTO的靶基因,而不是Ulk1。



图 2



3

FTO通过靶向ATG5和ATG7影响自噬和脂肪形成

为了证实FTO是否通过影响ATG5和ATG7的表达来影响自噬和脂肪的发生,我们首先验证过表达FTO会显著增加ATG5和ATG7的mRNA水平。沉默ATG5和ATG7可以逆转fto过表达3T3-L1细胞中LC3-II:I的上调,这提示FTO通过调控ATG5和ATG7表达来影响脂肪生成。既往研究报道,在前脂肪细胞中,ATG5和ATG7基因的表达抑制自噬,降低CEBPB水平,并通过抑制PPARG和CEBPA的表达,破坏成脂分化程序的启动。正如预期的那样,我们发现强制表达FTO促进CEBPB蛋白水平,而ATG5和ATG7的缺失则逆转了CEBPB的表达。此外,ATG5和ATG7的下调恢复了FTO过表达促进的3T3-L1细胞的脂肪生成和甘油三酯积累。同样,FTO过表达细胞中Pparg、Fabp4和Cebpa mRNA和蛋白水平的升高也被逆转。总的来说,FTO通过介导Atg5和Atg7影响自噬和脂肪形成。



图 3



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FTO对ATG5和ATG7表达的调控依赖于m6A

为阐明FTO在自噬调控中的潜在分子机制,构建了野生型FTO-wt和突变体FTO-mut质粒。用液相色谱串联质谱检测FTO-wt和FTO-mut异位表达对细胞m6A水平的影响。敲低FTO可以增加m6A表达水平。异位表达FTO-WT,而非FTO-MUT或空载体,显著增加了3T3-L1和猪LC3-II:I的表达,提示FTO以去甲基化酶活性依赖的方式调节自噬。与此一致的是,在免疫荧光测定中,表达FTO-WT而非FTO-MUT的细胞显示LC3斑点显著增强。此外,与FTO-MUT或空载体相比,FTO-WT的异位表达增加了自噬体的数量。这些结果表明FTO的去甲基化活性是前脂肪细胞自噬所必需的。



图 4



5

YTHDF2通过m6a依赖机制介导ATG5和ATG7 mrna的稳定和表达,而不介导ULK1的表达

为了进一步解释m6A甲基化与FTO靶向基因蛋白丰度的负相关关系,我们首先研究了ATG5和ATG7的表达是否受到YTHDF2或YTHDF1的影响。与对照组相比,过表达YTHDF2可显著降低ATG5和ATG7蛋白水平,而ULK1和ATG12无显著变化。相反,强制表达YTHDF1并不影响ATG5和ATG7的表达,提示ATG5和ATG7是YTHDF2的作用靶点。接下来,我们测试了m6A对Atg5和Atg7 mRNA的修饰是否对ythdf2介导的基因调控至关重要。与预期的一样,双荧光素酶检测显示异位YTHDF2显著下调了携带野生型Atg5和Atg7片段的报告者的荧光素酶活性。这种下降完全被m6A共识位点的突变所消除,提示m6A依赖调控。


图 5



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脂肪选择性缺失FTO可以减少小鼠的白色脂肪量,抑制ATG5和ATG7依赖的自噬

建立了脂肪选择性FTO敲除小鼠(FTO-ako)模型。与对照组小鼠相比,FTO-ako小鼠脂肪量和体重降低、自噬减弱、ATG5和ATG7蛋白和基因表达减弱。


图 6







本篇文献证明了m6A通过靶向Atg5和Atg7,在调控自噬和脂肪形成中起着关键作用。机制上,m6A去甲基化酶FTO的下调降低了ATG5和ATG7的表达,导致自噬小体形成的减弱,从而抑制自噬和脂肪形成。FTO直接靶向Atg5和Atg7转录本,并以m6a依赖的方式介导其表达。进一步研究发现,Atg5和Atg7是YTHDF2 的靶点,FTO沉默后,YTHDF2捕获m6A水平较高的Atg5和Atg7转录本,导致mRNA降解,蛋白表达降低,从而减轻自噬和脂肪形成。研究者建立了脂肪选择性fto敲除小鼠模型,发现fto缺乏降低了小鼠体内白色脂肪量,并损害了ATG5和atg7依赖的自噬。总之,这些发现揭示了m6A甲基化机制在自噬和调节脂肪发生中的功能重要性,这种相互作用对于开发预防和治疗肥胖症的治疗策略至关重要。


科研延伸


迈维代谢提供核酸甲基化检测服务


附录:点击文末“阅读原文”,下载文章原文。


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武汉迈特维尔生物科技有限公司(简称“迈维代谢”)位于武汉国家生物产业基地--光谷生物城,专注于提供领先的代谢组学技术开发及服务。迈维代谢创新了“广泛靶向代谢组”技术,基于“代谢组+基因组+转录组”多组学研究方案,近年来以通讯作者身份在Cell、Nature Communications 、Nature Genetics 、PNAS等国际学术期刊发表多篇论文,引领基因组时代的代谢生物学研究新方向。

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