2020-05-12 17:04:57, 景杰学术 杭州景杰生物科技股份有限公司
之前小编和大家分享过采用Excel绘制相关性散点图(详情请戳:Excel技巧分享篇——绘制相关性散点图),本期小编将进一步教大家如何绘制Pearson相关性系数的Heatmap。
首先,我们先了解一下什么是Pearson相关性系数?
Pearson相关性系数是度量两组数据相关性程度的值。当Pearson相关性系数越接近于-1 为负相关,越接近于 1 为正相关,越接近于 0为不相关。
皮尔什相关系数的方程式是:
其中,
(1)x 及 y 为样本平均数 AVERAGE(array1) 及 AVERAGE(array2)
(2)Array1、Array2 代表自变量集合和因变量合集,比如不同比较组的样本的蛋白定量值;
那么,如何获取Pearson相关性系数呢?
Excel表格中直接附带有Pearson相关性系数分析的方程式:
获取两个样本间的Pearson相关性系数, 按照如Excel公式导入相应样本的定量值即可得到对应的相关性系数: =PEARSON(A:A,B:B),即可得到样本A1和A2的相关性系数
进阶玩法:分析多组样本间的pearson相关性系数热图
以上为获取两个样本间的Pearson相关性系数的方法。那么,如何分析多组样本间的pearson相关性系数热图呢?
1.确定需要做Pearson相关性系数分析的样本数据,以下以A1、A2、A3和B1、B2、B3两组三次重复样本定量值为例说明;
2.先将样本名称在Excel中做好热图的二维框架,如下图,横向可以直接将样本名复制一下,纵向粘贴时选择“转置”即可;
3.将A1:A1、A2:A1、A3:A1…等等对应的单元格输入公式。
=PEARSON($D:$D,D:D)……A1:A1
=PEARSON($E:$E,D:D) ……A2:A1
=PEARSON($F:$F,D:D) …….A3:A1
=PEARSON($G:$G,D:D)……B1:A1
=PEARSON($H:$H,D:D)……B2:A1
=PEARSON($I:$I,D:D)……...B3:A1
秘诀:$表示绝对引用。绝对引用的列,拖动时,对应的数据就不会对应改变,这里绝对引用使用方便后续操作!
4.选中所有输入的公式的单元格向右拖动即可获取全部的相关性系数;如下图:
以上我们就完成了Pearson相关性系数的计算,接下来添加热图颜色:
1.首先,我们需要去除公式,即将带有公式的数据复制后粘贴成数值的格式(如下图所示),对应的相关性系数分布在-1~1之间(设置单元格保留2位小数,个人习惯)。
2.选中所有相关性系数,在开始栏,选择“条件格式”添加“数据条”:
3.通过以上操作获得如下阅读框,在“格式样式”选择三色刻度,“类型”选择数字,对应的最小值-1选择绿色,中间值0选择白色,最大值1选择红色,如下图:
4.确认之后,如下图,Pearson相关性系数热图完成了,之后可以根据个人习惯进行修正,比如添加边框,修改字体等;
如果有精通AI或者PS的,可以继续在修图软件中美化热图,最终存储为自己需要的文件格式。
预告!预告!预告!
下期小编将介绍Heatmap系列2“绘制蛋白表达热图”,同时会教大家如何用AI进一步美化热图。
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