APT文献荟萃第四期-医学专辑

l 翻译后修饰

1. Acetylome analysis reveals diverse functionsof lysine acetylation in Mycobacterium tuberculosis.

关键词：结核分枝杆菌，赖氨酸乙酰化，抗体富集，LC-MS/MS

简介：研究人员采用抗体富集结合液质联用的技术，对结核分枝杆菌H37Ra菌株进行赖氨酸乙酰化的大规模研究，一共鉴定到137个蛋白的226个乙酰化修饰位点，这些蛋白主要参与糖酵解/糖原异生和氨基酸代谢等过程；研究首次发现赖氨酸乙酰化与免疫原性调控相关，并为结核分枝杆菌赖氨酸乙酰化的功能研究提供了重要的数据资源。

2. Adaptive Responses to Dasatinib-Treated LungSquamous Cell Cancer Cells Harboring DDR2 Mutations.

关键词：鳞状细胞肺癌，DDR2突变，达沙替尼，耐药，磷酸化蛋白质组学

简介：为了阐明抗肿瘤药物达沙替尼对DDR2突变鳞状细胞肺癌细胞的作用，研究人员利用磷酸化蛋白质组学技术分析了达沙替尼给药后该类细胞的酪氨酸磷酸化系统的变化。在此基础上，作者进一步发现：将达沙替尼与MET和IGF1R抑制剂联用可协同干预该类癌细胞的存活，而EGFR和MET的高度磷酸化则参与该细胞对达沙替尼的获得性耐药。

3. Diabetes induces lysine acetylation of intermediary metabolism enzymesin the kidney.

关键词：糖尿病肾病，代谢酶，乙酰化修饰，蛋白质组学

简介：为了揭示糖尿病病变敏感组织的蛋白质乙酰化修饰程度的改变，研究人员采用免疫富集联合液质联用分析的蛋白质组学技术，对链脲佐菌素诱导糖尿病大鼠的肾脏组织进行了蛋白质乙酰化修饰的大规模分析。借助于生物信息学工具对组学数据的进一步分析，作者发现诸多代谢调控相关酶在该病理条件下具有明显的乙酰化修饰程度改变，并可能成为治疗靶点。

4. Time-resolved dissection of earlyphosphoproteome and ensuing proteome changes in response to TGF-β.

关键词：TGF-β，上皮细胞，Labelfree，磷酸化蛋白质组学

简介：为了系统地阐明TGF-β的下游信号通路组成及功能，研究人员采用label free 和磷酸化修饰蛋白质组学的方法对TGF-β刺激不同时间点的人源角质细胞样品进行了分析，并对寻找到的下游相关信号分子的功能进行了验证和研究，系统地揭示了TGF-β对上皮细胞的调控过程和分子机制。

5. Phosphoproteomic analysis identifies thetumor suppressor PDCD4 as a RSK substrate negatively regulated by 14-3-3.

关键词：RSK (p90 ribosomal S6 kinase)，黑色素瘤，磷酸化蛋白质组学，PDCD4

简介：为了系统地阐明激酶RSK (p90 ribosomal S6 kinase)在黑色素瘤细胞中的功能，研究人员采用磷酸化蛋白质组学的方法分析了RSK的下游信号通路组成。在此基础上，作者发现RSK能够通过将肿瘤抑制因子PDCD4磷酸化，促进PDCD4与14-3-3家族蛋白的结合，进而促使其被降解。该研究表明RSK可能在肿瘤发生过程中具有重要作用。

6. Large-scale analysis of lysine SUMOylationby SUMO remnant immunoaffinity profiling.

关键词：SUMO化修饰，免疫富集，labelfree蛋白质组学

简介：为了满足对复杂样本进行SUMO化修饰大规模分析的需求，研究人员制备了一种可高效富集SUMO化肽段的抗体。通过结合液质联用分析技术，作者采用该富集方法在改造的HEK293细胞中共鉴定到了538个蛋白质中的954个SUMO3修饰的赖氨酸位点，并对相关位点的功能进行了研究。

l 差异表达蛋白谱

7. Plasma protein profiling of mild cognitiveimpairment and Alzheimer’s disease across two independent cohorts.

关键词：阿尔兹海默症，轻度认知功能障碍（MCI），iTRAQ，诊断标志物

简介：研究人员采用iTRAQ方法对轻度认知功能障碍，AD及认知正常的人群的血浆样本进行了蛋白质组学定量分析，鉴定到多个差异表达蛋白；该研究首次发现纤连蛋白和C1抑制物在MCI患者中显著下调，这两个蛋白未来有希望作为临床诊断标志物。

8. Comparative proteomic analysis revealsactivation of mucosal innate immune signaling pathways during cholera.

关键词：霍乱弧菌O1，十二指肠，Lablefree，粘膜免疫

简介：研究人员采用Lable free定量蛋白质组学方法，对霍乱弧菌O1感染急性期和恢复期的患者十二指肠样本进行了蛋白质组学分析，鉴定到的差异宿主蛋白主要参与固有免疫，细胞因子生成和凋亡过程；该研究揭示霍乱早期肠道内发生的炎症应答对于长期的粘膜免疫至关重要。

9. Quantitative comparison of a human cancercell surface proteome between interphase and mitosis.

关键词： SILAC，细胞表面蛋白，HeLa，细胞周期

简介：研究者对分裂间期和有丝分裂期的HeLa细胞表面蛋白进行了SILAC蛋白质组学的定量分析，一共鉴定到628个蛋白，其中27和37个蛋白分别在有丝分裂期和分裂间期的细胞表面富集；该研究揭示了细胞周期对细胞表面蛋白的影响，为抑制有丝分裂的肿瘤化疗提供了潜在的药效评估标志物。

10. Proteomics of skin proteins in psoriasis:from discovery and verification in a mouse model to confirmation in humans.

关键词：牛皮癣，小鼠模型，Lable free蛋白质组学，基因表达

简介：研究人员对KC-Tie2牛皮癣小鼠模型和健康对照小鼠进行了Lable free蛋白质组学分析，鉴定得到多个差异表达蛋白，并挑选部分进行了基因表达水平的验证；进而在牛皮癣患者和健康人群对照中进行了基因和蛋白质水平的表达验证；该研究为牛皮癣治疗提供了新的治疗靶点。

11. MicroRNA-7 protects against1-methyl-4-phenylpyridinium-induced cell death by targeting RelA.

关键词：Parkinson's disease，MPP+，miR-7，iTRAQ

简介：为了揭示具有神经保护作用的microRNA miR-7的调控靶点，研究人员利用iTRAQ蛋白质组学技术分析了神经细胞转染miR-7后的蛋白表达变化。在此基础上，作者进一步证实了miR-7可通过抑制NF-κB组分RelA的表达，抵抗MPP+诱导的多巴胺能神经元死亡。

12. Role of miR-195 in aortic aneurysmal disease.

关键词：主动脉瘤，miR-195，细胞外基质，label free

简介：为了揭示microRNA miR-195在动脉瘤病理过程中的功能，研究人员利用label free蛋白质组学的技术对主动脉平滑肌细胞经miR-195扩增后的细胞上清进行了分析，并发现miR-195可调控多种细胞外基质蛋白的表达。进一步的研究发现，miR-195不仅是一个有效的动脉基质调控因子，而且其在血清中的表达水平还可作为腹主动脉瘤的诊断依据。

13. Neddylation-Cullin2-RBX1 E3 ligase axis targets tumor suppressor RhoB for degradation in liver cancer.

关键词：iTRAQ，Neddylation-Cullin2-RBX1 E3 ligase（CRL）通路，肝癌

简介：研究人员利用iTRAQ蛋白质组学的方法，证实neddylation-CRL通路通过促进肿瘤抑制子RhoB的泛素化和降解，进而影响肝癌发生。该研究提示RhoB是靶向neddylation-CRL通路的抗肿瘤治疗的重要效应分子。

14. Redundant Mechanisms to Form SilentChromatin at Pericentromeric Regions Rely on BEND3 and DNA Methylation

关键词：染色质沉默，着丝粒区，DNA-甲基化，小鼠胚胎干细胞

简介：研究人员采用SILAC技术定量分析了H3K9me3或者DNA甲基转移酶缺陷的小鼠胚胎干细胞中着丝粒区区域上的染色质相关蛋白质，发现BEND3在该情况下会在着丝粒区域富集，从而继续保持染色质处于抑制状态，该研究发现了BEND3在染色质状态调控中的关键作用。

15. Quantitative proteomics identifies NCOA4 asthe cargo receptor mediating ferritinophagy

关键词：自噬，SILAC，相互作用蛋白质组学，铁转运

简介：研究人员通过对自噬途径被抑制与自噬途径被激发的细胞进行SILAC分析，新发现了大量与自噬体形成相关的蛋白质，其中包括NCOA4。通过相互作用蛋白质组学手段，发现NCOA4与铁蛋白相互作用，并最终影响铁转运。该研究发现了自噬体形成过程中的重要因子，并且揭示了该因子将铁转运与自噬过程偶联起来，为进一步的研究自噬与金属离子及其他物质的转运途径做出了突出贡献。

l 组学联合

16. Proteogenomic characterization of humancolon and rectal cancer

关键词：Proteogenomic，癌症，人类

简介：研究人员通过结合蛋白质组学和基因组学数据进行Proteogenomic分析，对结肠癌和直肠癌进行了进一步的研究，对基因组的数据从功能层面做了非常多的补充，也发现了很多新的治疗靶标，为结肠癌和直肠癌的诊断和治疗提供了大量的线索和切实可行的思路。

l 技术方法

17. Antibody-based detection of proteinphosphorylation status to track the efficacy of novel therapies using nanogramprotein quantities from stem cells and cell lines

关键词：细胞系，低丰度蛋白质，磷酸化

简介：研究人员建立了一种比较成熟的方法，方便在纳克级的细胞裂解物中通过抗体检测蛋白质及其磷酸化水平，检测限可达2.5 pg/nl。该方法为检测低丰度蛋白质及其磷酸化水平提供了巨大便利。

18. Large-scale interaction profiling of PDZdomains through proteomic peptide-phage display using human and viral phagepeptidomes

关键词：SliM（shortlinear motifs），蛋白质相互作用， peptide-phage display(ProP-PD)

简介：研究人员建立了peptide-phage display (ProP-PD)方法，可以有效检测domain–SliM（short linear motifs）相互作用，为揭示蛋白质之间的相互作用，信号转导等生物学过程的研究建立了非常有效的工具和手段。

下载链接：http://www.aptbiotech.com/upload/20150121163923xz.pdf