代谢网络图四部曲（四）--如何完胜Cytoscape绘制美图

在系列花式拖更中，我们的Cytoscape教程悄然迎来了终章，本期我们采用视频演示的方式来直观的讲解绘图知识，希望能让大家迅速掌握相关操作，绘制美图。此外，最后一期，我们决定选出部分评论赠送小礼物，以此鼓励大家多多分享，多多尝试。教程收尾之际，请允许我送上最诚挚的祝福，希望各位老师同学实验分析文章皆顺利，分析验证顺畅如游龙，做图精美若彩虹。

（1）视频演示基本操作

（2）Cytoscape使用中的“疑难杂症”及处理方法简介

（3）应用插件及快捷键简介

（1）回顾节点文件和边文件数据

（2）导入边文件

   a. 各个列的意义及设定

   b. 变量中字符型、数值型变量简介

   c. 名称、属性设定

（3）导入节点文件

   a. 各个列的意义及设定

（1）更换主题

（2）调节边与节点的相对长度

（3）Style下方三个panel的简介

（4) Style中三个不同赋值位点的差异

   a. 默认值赋值

   b. 选定变量mapping

   c. 直接赋值（手动指定）

   d. 优先级顺序及演示

（5）调节节点Label的字体大小

   a. 调整默认值

（6）调节节点的颜色

   a. 分别演示值Mapping和离散变量Mapping

（7）调节节点的形状

   a. 离散变量Mapping法

（8）调节边的颜色

   a. 使用红、蓝分别表示r值的正、负（离散变量Mapping）

   b. 使用颜色的深度表示r值绝对值的大小（连续变量Mapping）

（9）调节边的粗细

   a. 采用r值控制边的粗细（连续变量Mapping)

   b. 采用linewidth变量（-logp）控制边的粗细（连续变量Mapping）

（10）调节边的不透明度（虽然是Transparent，但此指标其实是不透明的程度，越大越不透明）：

   a. 将p<0.01的设定为实心不透明，将p>0.01的设定为半透明状态。

   b. 不透明度设置和颜色的连续变量Mapping目的相似

（1) 调整layout。

   a. 演示圆形输出，调整输出时的依据为按照class输出

   b. 演示斥力输出

（2) 去除重复边（Edit菜单）

（3）微调个别节点位置

（4） 微调边的形状外观

   a. Layout菜单-> Bundle Edges

（5）导出图文件、导出pdf文件、导出png文件

（6）pdf使用AI打开可编辑

（7）保存后关闭Cytoscape

刚接触Cytoscape的老师、同学在使用过程中，可能会遇到一些设定不生效、报错的问题，这类问题往往不明原因且可能难以复现，这时推荐先重置该设置/重启Cytoscape重新操作一遍（如本次视频教程中设定线宽时先是设定无效，删除并重设后生效），这种方法可以解决近80%的问题。如果重置后问题依然存在，再查阅使用说明、百度或者咨询他人，可以帮助您节省很多时间和发量。

（1）csv文件导入和xlsx文件导入的区别

导入csv边文件时，边的属性信息无法正确的传入Cytoscape中，使用xlsx格式可以正确传入（仅变更了文件的格式，内容和数据格式完全一致）。因此导入Cytoscape中的数据文件推荐使用txt或者xlsx格式的文件。

（2）操作面板大小过小时，无法正常操作。解决方案，将操作面板的右侧边缘往右拉即可。

（3）软件卡慢、崩溃，可能是内存不足导致的，查看软件右下角圆点，查看当前使用内存、释放占用内存，缓解卡慢/崩溃。

（4）节点的Size属性无法调节

这种情况是因为节点具有高度和宽度两个属性共同决定大小，勾选锁定纵横比后，才能调节size。

Cytoscape有许多丰富且强大的插件，我们这里挑选了部分插件（仅列出目前3.7.0 版本拥有并且能安装成功的）进行简要介绍，有感兴趣的可以自行取用、查阅，如果各位老师有好用的插件，欢迎在下方留言推荐，我们将会挑选评论赠送小礼品以示感谢。

1. Metscape：创建网络图、对人类代谢网络数据的可视化呈现。下载后简单注册一下就可以使用。https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2844990/ 。类似插件：CyPathia、CyPath2等。

2. CyKEGGParser：从KEGG官网/本地导入KEGG的通路信息，进行相应的修饰。类似插件：CytoKegg、KEGGscape、CytoKegg。

3. CluePedia：基因富集分析。对基因、miRNA数据进行富集分析。类似功能插件：BiNGO。

4. Enrichment Map：可用于组学数据的富集分析和可视化。文章链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4103489/。

5. CytoHubba ：可采用多种方法计算节点中心性等指标评估节点重要性。相似功能的插件：NetworkAnalyzer和CentiScaPe。

6. iRegulon：从共表达基因中找出其中的关键的驱动基因。官方教程：http://iregulon.aertslab.org/tutorial.html

7. AgilentLiteratureSearch插件： 查看文献的证据支持https://www.jianshu.com/p/4b38415c7555

8. Legend Creator：创建图例用的插件。

9. GO分析：BiNGO 插件，http://wiki.cytoscape.org/Presentations/06_GO

同多数软件一样，cytoscape的快捷按键可在菜单栏中的对应命令右侧显示。

常用快捷键列出如下