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降解组测序主要针对miRNA介导的剪切降解片段进行深度测序,从中筛选miRNA作用的靶基因,并结合生物信息学分析确定降解片段与miRNA的精确配对信息。该技术能从细胞或组织中准确高效地筛选出miRNA的靶基因,为研究miRNA与其对应的靶基因的相互关系提供准确、高效的筛选手段。降解组测序技术已被广泛应用于靶基因功能研究、生物性状控制研究、发育进展研究、致病机理研究及药物研发等领域。
miRNA 是针对靶基因,在转录后水平进行调控的一类21nt-24nt的非编码RNA,其中一种调控方式是通过与靶基因的完全互补,诱导沉默剪切复合体在特定位点剪切,沉默靶基因。传统预测miRNA靶标的方式主要是依靠计算机模拟后进行验证,假阳性的发生率极高。随着高通量测序的发展,直接测序得到mRNA的降解片段,通过后续的信息分析,不仅能够准确分析小RNA及靶基因,还能发现新的小RNA。
一、标准信息分析
数据统计、评估;
分析样品间的公共序列及特有序列;
探索降解片段在选定的参考基因组上的分布;
去除polyN片段;
与rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA等ncRNA数据库比对;
对降解片段进行分类注释。
二、高级信息分析
鉴定mRNA降解片段;
统计mRNA降解位点信息;
利用miRBase中的miRNA,鉴定与mRNA降解相关的miRNA。
三、定制化信息分析
可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析内容。
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降解组测序,
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