转录组测序迈维代谢NGS测序

1. 产品概述
转录组是指在特定生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括mRNA，rRNA，tRNA以及其他非编码RNA。通过转录组测序技术，可以全面快速获取某一物种特定组织或器官在某一状态下的所有mRNA的序列信息。

2. 应用领域：

◆ 肿瘤的发生发展机制

◆ 复杂疾病的分子机制

◆ 药物作用靶点及机制研究

◆ 胚胎发育研究

◆ 环境毒理研究


3. 技术路线

4. 研究内容

5. 技术参数

（1）样本要求：

新鲜动物组织：≥0.3g

新鲜培养细胞：≥5×106个

新采集的全血：≥5ml

PAXgene采血管：≥2管

RNA要求：

样品浓度：≥50ng/ul

样品体积：>10ul

样品总量：>2ug

样品纯度：RIN≧6.5（动物）、6（植物、真菌），OD260/280≧1.8，OD260/OD230≧1


（2）测序策略：PE150

（3）推荐数据量：6G以上

（4）测序平台：Novaseq，MGIseq2000


6. 案例分析

SHQ1调控的RNA剪切对急性淋巴细胞白血病细胞的存活率是非常必要的。期刊：NatureCommunication

IF：12.121

发表时间：2018.10

研究单位：武汉大学


研究结论：急性淋巴细胞白血病(T-ALL)是一种恶性侵袭性血液肿瘤。本研究发现SHQ1在T-ALL中高度表达，SHQ1缺失会诱导T-ALL细胞的死亡，增加动物存活率。为阐释具体作用机制，作者利用RNA-seq发现缺失SHQ1会影响RNA的正常剪接，而MYC也会因剪接效率低而显著下调，相应地过表达MYC可显著挽救SHQ1失活引起的T-ALL细胞死亡。之前研究表明MYC是NOTCH1下游重要的靶基因，但NOTCH1调控MYC的机制尚不清楚。本研究发现在T-ALL中NOTCH1能结合SHQ1的启动子区域激活SHQ1表达，进而调控MYC表达。综上所述，本研究不仅发现了SHQ1在RNA剪接和肿瘤发生中的作用，也阐明了NOTCH1–SHQ1–MYC调控通路，为MYC基因的表达调控提供了新的见解。

图1.SHQ1的缺失影响pre-mRNA的剪接效率

参考文献：SuHexiu, HuJuncheng, HuangLiangetal. SHQ1regulationofRNAsplicingisrequiredforT-lymphoblasticleukemiacellsurvival. [J]. NatCommun, 2018, 9:4281.

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