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1. 产品概述转录组是指在某一生理条件下,细胞内所有转录产物的集合,包括mRNA,rRNA,tRNA以及其他noncodingRNA。转录组测序利用高通量测序技术,全面快速获取某一物种特定组织或器官在某一状态下的所有mRNA的序列信息。2. 应用领域:◆ 肿瘤的发生发展机制◆ 复杂疾病的分子机制◆ 药物作用靶点及机制研究◆ 胚胎发育研究◆ 环境毒理研究3. 技术路线4. 研究内容5. 技术参数(1)样本要求新鲜动物组织:≥0.3g新鲜培养细胞:≥5×106个新采集的全血:≥5mlPAXgene采血管:≥2管RNA要求:样品浓度:≥50ng/ul样品体积:>10ul样品总量:>2ug样品纯度:RIN≧6.5(动物)、6(植物、真菌),OD260/280≧1.8,OD260/OD230≧1(2)测序策略:PE150(3)推荐数据量:6G以上(4)测序平台:Novaseq,MGIseq20006. 案例分析SHQ1调控的RNA剪切对急性淋巴细胞白血病细胞的存活率是非常必要的。该研究发表在期刊Nature Communication上,IF为12.121,发表时间为2018.10,研究单位为武汉大学。研究结论为SHQ1在T-ALL中高度表达,SHQ1缺失会诱导T-ALL细胞的死亡,增加动物存活率。为阐释具体作用机制,作者利用RNA-seq发现缺失SHQ1会影响RNA的正常剪接,而MYC也会因剪接效率低而显著下调,相应地过表达MYC可显著挽救SHQ1失活引起的T-ALL细胞死亡。之前研究表明MYC是NOTCH1下游重要的靶基因,但NOTCH1调控MYC的机制尚不清楚。本研究发现在T-ALL中NOTCH1能结合SHQ1的启动子区域激活SHQ1表达,进而调控MYC表达。综上所述,本研究不仅发现了SHQ1在RNA剪接和肿瘤发生中的作用,也阐明了NOTCH1–SHQ1–MYC调控通路,为MYC基因的表达调控提供了新的见解。图1. SHQ1的缺失影响pre-mRNA的剪接效率参考文献:苏和秀、胡俊诚、黄亮等。SHQ1调节的RNA剪切对急性淋巴细胞白血病细胞的存活率是非常必要的。[J].自然通讯,2018,9:4281。
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