不用一键三连，数据分析小工具实用手册免费下

CellMarker于2019年由哈尔滨医科大学李霞教授团队发表于NAR上，目前已引用871篇。CellMarker 2.0是其更新版本，通过对24591篇已发表论文的检索，增加了36300个组织细胞类型标记。此外，该数据库提供了用于分析单细胞测序数据的网络工具。网址：http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/CellMarker/

主页提供了一个人类和小鼠的全局组织解剖图，方便快速探索感兴趣的物种、组织和细胞类型的marker基因，通过点击相应图像即可进入对应的数据模块。下侧是六种单细胞分析工具的入口，用户点击可以进入相应的分析版块（目前只能用数据库中的数据集，不能自己导入数据）。在主页的右边是一个快速搜索框。用户可以通过输入组织名称、细胞名称、marker基因名称来搜索。

在菜单栏选择进入“Search”页面，数据库提供了三种检索的方式：

(1) 按照组织类型、细胞类型检索，用户可以直接在页面上选择相应的物种、组织、细胞类型，进而跳转到该细胞类型对应的marker基因页面。

(2) 按照基因检索，数据库支持三种基因输入形式，Gene alias、Gene symbol和Gene Entrez ID。

(3) 快速检索，是一种混合检索模式，既可以检索基因名，也可以检索组织、细胞类型。

点击Submit之后，得到检索结果。数据库提供了2种数据展示形式。顶部是经典的词云图，用以展示所有基因出现的频次高低，越是高频使用的基因，它的字体越醒目。在词云图的下方的表格中展示了每个marker基因条目的详细信息，整体上分为实验来源、综述来源和计算分析三个来源的，每个条目包括物种、组织、细胞类型、疾病/肿瘤状态、marker、文献来源等。

通过输入特定的marker基因名来检索的话，还会有一个dotplot图的展现形式。例如输入“CD20”后点击查询，结果会返回一个组织类型——细胞类型的dotplot，对于该基因的分布一览无余，点越大，颜色越蓝，支持的数据越多。

如果没有感兴趣的细胞类型，点进来只是来看看数据库都存储了哪些数据资源，可以选择“Browse”页面，按照物种-组织-细胞类型-marker基因的数据层级逐级呈现数据。用户在此页面可以快速浏览数据库包含的所有组织、细胞类型信息。

CellMarker 2.0是一个完全开放的资源，用户可以从“Download”页面获取所有数据。在下载页面开发者也提供了一键下载模式。

数据库开发者提供了六个单细胞在线分析工具：点击查看详情，并提供了几十套公共数据库中的数据供用户探索，可以更直观的得到相应组织类型的数据特征。很遗憾，数据库目前不支持用户自定义的数据上传之后进行分析。