怎么都在用？真空离心浓缩技术保障寡核苷酸样品安全

寡核苷酸，特别是标记寡核苷酸探针浓缩难度非常大，文献中有详细记载。不当的操作可导致样品破坏，甚至完全降解。

怎么解决

英国牛津大学维康信托基金会人类遗传中心（WTCHG），研究人员在为含有寡核苷酸（oligos）的微量滴定板寻找浓缩方法时，谨慎地选择了一种真空离心浓缩系统，该系统既能快速浓缩，又能保证样品安全。

下面就为大家具体介绍一下真空离心浓缩系统在研究中的应用案例：

WTCHG微阵列团队采用基因芯片技术，研究小鼠和大鼠的基因表达。

WTCHG研究人员从小鼠组织或细胞中收集总RNA，扩增、标记并杂交到寡核苷酸基因芯片上。在制备寡核苷酸基因芯片时出现了问题。

问题

制备寡核苷酸基因芯片所使用的70mer寡核苷酸，被储存在30多个384孔板中。384孔板中的寡核苷酸，溶解在挥发性磷酸盐缓冲液中，在微阵列点样过程中，磷酸盐缓冲液会发生蒸发，导致后续384孔板中寡核苷酸浓度变大。

解决方案

为保证寡核苷酸基因芯片批次之间浓度的一致性，WTCHG研究人员决定将储存寡核苷酸的384孔板进行浓缩干燥处理，在需要时重新溶解至所需浓度。

新的问题

WTCHG原有的真空离心浓缩设备，一次只能处理两个孔板，干燥时间3小时。每次运行后需要两周时间来干燥所有孔板。暂未干燥处理的孔板在–18°C下冷冻，并在浓缩前解冻。在文献中有充分的记载，冻融循环可能导致寡核苷酸降解。WTCHG开始寻找新的高通量浓缩设备，以匹配基因芯片生产。

EZ-2溶剂蒸发工作站

最终选择英国Genevac EZ-2溶剂蒸发工作站。

● 每次可处理8个孔板，干燥时间1小时；

● 所有孔板可在一天内干燥完成；

● 暂未干燥的样品保存在+4°C的冰箱中，无需冷冻，以防止样品损失。

WTCHG的另一个团队通过分析遗传疾病来研究单核苷酸多态性（SNPs）。

在识别疾病威胁时，研究人员首先必须对基因芯片的质量有信心，这取决于芯片的合成和构建方式。该过程中的关键步骤之一是确保cDNA的浓度，这将决定检测时给出的信号。

为了研究SNPs，WTCHG使用了先进的Sequenom MassArray®SNP基因分析系统。MassArray®是一种高通量、高保真系统，用于基因分型研究中的SNP分析，可在单一系统中执行检测和分析的所有步骤。所采用的技术需要非常小体积的样品，比如 5µL，含内容材料2.5ng。

问题

Sequenom系统对样品制备的要求非常高。为了达到所需的5µL体积，样品需要浓缩处理，以前是通过将样品风干数天来实现的，效率不高。

解决方案

通过使用英国Genevac EZ-2溶剂蒸发工作站，可降低样品污染风险并实现快速浓缩。

研究者使用两种不同方法进行干燥，用MassEXTEND单基因延伸反应进行分析。

每个孔的双重通过率如图1（a）中的交通灯图所示，其中深绿色表示质量高，浅绿色表示中等，红色表示质量差或无数据。

图1（b）显示了在同一板内寻找两个不同SNP的2-Plex分析的结果。在这两项分析中，无数据的数量都显著减少。使用EZ-2溶剂蒸发工作站处理后的结果显然比简单的空气干燥效果更好。

图1(a) 

空气干燥(左)和EZ-2干燥(右)后的序列样品质量分析图

深绿色-高质量 样本

浅绿色-中等质量 样本

红色-样品质量差或无数据

图2 (b)

空气干燥(左)和EZ-2蒸发器干燥(右)后的2-Plex SNP分析

在处理DNA和寡核苷酸样品时，在每个阶段都需要非常小心，确保样品安全，并要防止交叉污染。使用优质的浓缩系统可以显著加快浓缩速度，节省研究人员的时间，同时也防止潜在的样品损坏，确保样品安全。

英国 Genevac EZ-24.0溶剂蒸发工作站专为生命科学、药物化学相关的移除溶剂设计。

●   一体式设计，适用高、低沸点等各种溶剂；

●   抗盐酸，耐腐蚀；

●   适配容器：96孔板至500ml烧瓶；

●   防暴沸、避免样品交叉污染和损失；

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英国Genevac是德祥集团旗下代理品牌之一。英国Genevac公司成立于1990年，隶属SP Scientific旗下，一直专注于研究和生产各种离心蒸发浓缩设备，其产品广泛应用于生命科学、制药、化学、分析等领域。

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