文献分享 | 使用环形离子淌度和电子捕获解离完全分离和测序中-低质量范围异构蛋白
2023-09-01 20:32:47, 沃特世 沃特世科技（上海）有限公司
多种翻译后修饰(PTM)的组合会产生异构体蛋白，明确识别不同的蛋白形式及其生物学功能是一项重大的分析挑战。组蛋白H1, H2A, H2B, H3和H4是11 - 25 kDa范围内的小蛋白，被各种PTM广泛修饰，通常以可逆的方式修饰的这些PTM也被称为组蛋白标记，作为染色质结构和功能的转录和表观遗传调节剂，在维持和调节基因组中发挥重要作用。组蛋白PTM的失调可导致基因表达模式的改变和异常的细胞行为，导致疾病，包括人类肿瘤的生长和转移。
大的同分异构体肽和完整的同分异构体蛋白很难用传统的色谱分离方法进行区分。而离子迁移质谱(IMS)方法提供了高分辨率，可以分离异构体生物分子，如肽和蛋白质。作者探索了一种新型的高分辨率循环离子淌度质谱法(cIMS)，结合 “动态”电子捕获解离(ECD)，用于分离和测序大型同分异构体肽。
对H3K4me1 (a)和H3K4me3 (b)的分辨能力随cIM通过次数(1、2、5、10和20)而增强。相应的CCS分布如图所示。
利用CID (a)和ECD (b)获得H3K9me1的去卷积MSMS质谱图，鉴定的碎片描绘在肽序列上。右边的y轴表示绝对强度，左边的y轴表示相对母离子强度。如图所见，ECD结果覆盖率明显优于CID。
实验结果表明，ECD和CID是一种正交的碎裂方法。循环IMS可以取代对复杂LC方案的需求，如2D-LC分离，并缩短实验时间。此外，在cIMS分析仪中，可以在离子淌度分析之前执行多次IMS分离(IMSn)以及碎裂，这可以显著增强自中而下和自上而下的蛋白质组学工作流程。
04-01 质量部 戚海智
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