相关性网络图 | 手把手教你绘制转录组+代谢组高频图

上期的推文中我们介绍了相关性网络图展示的内容，相关性网络图高频出现的原因，以及绘制相关性网络图需要准备的数据格式，详见：相关性网络图 | 解密转录组+代谢组的高频图。

Java官网不好下载，选择其他门户网站下载：http://www.ddooo.com/softdown/130998.htm

变量名填JAVA_HOME，

变量值填JDK11的安装目录

如【C:\\Program Files\\Java\\jdk-11\\】

选中Path路径，点击编辑。将%JAVA_HOME%\\bin; 这个变量插入最前面，注意要有分号和后面的变量间隔开。

校验JAVA是否安装成功。开始菜单中输入cmd，打开后输入“java –version” 看弹出来的版本是否有11，如有说明Java11安装成功.

默认生成的相关性网络图如下图左图展示，密密麻麻拥挤到一起，且无法区分基因与代谢物，无法区分相关性强弱。首先可以先鼠标选中单个节点拖动，改变布局可以让中间的节点显得不拥挤。

下面是常见三种相关性网络图布局模式。

Attribute Circle Layout模式，所有的节点都在环上，适用于节点比较少的时候。换上点的顺序可以根据某一列来调整。

Group Attributes Layout模式，按照属性分组，每个分组的点成为一个独立的环。比如说，在区分上下调基因、转录因子或结构基因时，按照这个分类可以看不同类基因的调控关系。

参数区介绍：

修改节点的形状，将节点的形状修改为椭圆形。

对不同类型节点赋予不同的颜色。根据type的分类，将代谢物标记为红色，将结构基因标记为灰色，将转录因子标记为绿色。

设置节点边框颜色和宽度。

用代谢物的圈圈边框的粗细来表示代谢物的差异倍数。

用不同的颜色来表示正负相关性。

用线的粗细来表示相关性的强弱。

调整节点内部展示数字的大小。

参考文献：

[1] Sun J ,  Qiu C ,  Ding Y , et al. Fulvic acid ameliorates drought stress-induced damage in tea plants by regulating the ascorbate metabolism and flavonoids biosynthesis[J]. BMC Genomics, 2020, 21(1).