探“云”指南 | 全体复诵：欧易云GSEA分析！

图5 | 合并绘图通路列表文件格式示例

①请于主要参数中的输入文件、差异分组信息文件处上传您所要进行分析的文件，如果此处未上传文件，您将无法得出结果。上传成功后，将会于“选择文件”后显示您上传的文件名；

此处为上传成功示例：

②物种：选择对应物种。默认为自定义gmt文件；

③输出文件夹名称：不能含有空格等特殊字符。可接受默认或自行输入；

④基因集最小基因数量，不生成结果可以尝试调小该参数：默认为15；

⑤基因集最大基因数量，不生成结果可以尝试调大该参数：默认为500；

⑥分析方法：我们提供5种分析方法，分别为signal_to_noise、t_test、ratio_of_classes、diff_of_classes、log2_ratio_of_classes。默认为signal_to_noise；

⑦任务命名：对结果进行命名用于区分不同的任务，默认为当前工具名称_结果创建日期时间，在历史记录的注释处可见，可接受默认或自行输入。

①如果物种选择了自定义gmt文件，请于富集gmt文件处上传富集gmt背景文件。如果选择了某个具体的物种、选择了某个数据库类型并在此处上传了富集gmt文件，则默认使用用户上传的富集gmt文件；

此处为上传成功示例：

图9 | 富集gmt文件上传成功示例

②数据库类型：选择对应的某个具体物种的背景数据库，我们提供5种数据库，分别为KEGG、GO-BP、GO-CC、GO-MF、GO。如果前面选择自定义gmt文件则无需修改此参数；

③过滤表达值均为0的基因：选择是否对输入文件进行过滤，去除表达值均为0的基因。默认为否；

④传入指定需要绘图通路列表文件，文件中的通路均会输出对应结果图。文件要求无表头且每行是单个通路；

此处为上传成功示例：

图10 | 绘图通路列表文件上传成功示例

⑤指定绘图通路：如果已上传绘图通路列表文件，则无需再次填写本参数。如果未上传上述文件，则在此参数输入指定通路，输入时请注意通路间需要换行输入；

⑥绘制图片条目数：设置绘制的top富集条目的数量（绘制图片的数量），默认为top20；

⑦输入选择的通路列表文件，文件中的通路将合并绘制在一张结果图内展示。文件要求无表头且每行是单个通路；

此处为上传成功示例：

图11 | 合并绘图的通路列表文件上传成功示例

⑧合并绘图的通路：如果已上传合并绘图的通路列表文件，则无需再次填写本参数。如果未上传上述文件，则在此参数输入指定通路，输入时请注意通路间需要换行输入；

⑨log转换：对表达值进行log转换，可选择无、log2或log10。默认为无。

文件上传成功后请点击“提交”，右侧工作区将提示您所需时间。运行时间可能会较长，这与您上传的基因集的大小有关。

如图所示区域：

（以下图片为使用示例文件以及参数均选择默认的结果）

图14 | 结果下载成功示例

图15 | 结果文件夹内容示例

这张结果图的主要内容可分为4部分：

①富集分数（enrichment score， ES）的分布图，绿线为所有基因的ES分布情况，该曲线在Y轴绝对值最大的位置对应该基因集的富集分数。当ES>0时说明通路上调，峰值左侧为核心基因，ES<0说明通路下调，峰值右侧为核心基因；

②基因集基因分布图，竖线表示该基因集中基因在整个排序中的位置。若竖线集中分布在基因排序列表的前端或后端，说明该基因集通路上调或下调；若竖线较均匀分布在基因排序列表中，则说明该基因集通路在比较的两个数据中无明显变化；

③Colorbar，即排序矩阵的颜色映射， 红色部分对应的基因在实验组中高表达，蓝色部分对应的基因在对照组中高表达；

④排序矩阵分布图，排序后所有基因rank值的分布，以灰色面积图展示。

5.2.2 热图

这张热图展示的是位于该基因集下的基因在所有样本中表达量的分布，其中每一列代表一个样本。每一行代表一个基因，颜色从蓝色过渡到红色表示基因表达量从低到高。

图18 | 历史记录示例

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排版人：小久

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