当别人问你如何做出漂亮的Western Blot结果时。。。

2023-02-21 13:02:09, 赛默飞生命科学 赛默飞世尔科技生命科学产品


作为最经典、最常用的实验技术之一,Western Blot可以说是实验生活的日常写照。这样一个耗时且涉及多个操作步骤的过程,有时带来惊喜,有时则是惊吓。

Western Blot三部曲——“电泳,转印,检测”——大家都很熟悉,原理很简单,但过程却不简单。毕竟蛋白之间的相互作用不可预测,又存在诸多外部影响因素,检测过程的每个环节都有可能影响数据质量。所以,想要尽可能提高结果的准确性与一致性,每个步骤都需精心优化和严谨操作。

思路决定出路,今天我们就来谈谈Western Blot的优化策略,希望能帮助你纵观全局,理清思路,将可能出现的问题扼杀于萌芽。

WB优化策略

● 蛋白定量

关键词:不可偷懒

在电泳之前对蛋白样品进行定量,确保上样总量相同,并且将上样量控制在合适范围。这样可以保证内参平齐,对比数据更有说服力;同时更容易保障不同次实验的一致性。

BCA法和Bradford法都是常用的蛋白定量技术,BCA法的优势在于线性范围宽,对去垢剂兼容性更好,均一性与蛋白间差异性更小,不过孵育时间较长(室温30分钟或更久);Bradford法的优势在于反应时间短,但线性范围窄。如果希望兼顾速度与性能,推荐Thermo ScientificTM PierceTM Gold BCA快速蛋白定量试剂盒(货号A53225/A53226),室温孵育5分钟即可定量,同时保留经典BCA试剂盒的高性能。

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● 蛋白电泳

关键词:电泳成败直接影响显影结果

作为WB流程的重头戏,蛋白电泳通常是最耗时耗力的一环,也是最容易被大家忽略的一环。凝胶的品质与电泳条件是否优化,都决定着能否获得锐利笔直的条带。尤其是分析低丰度蛋白或磷酸化蛋白时,如何在上样与电泳过程中保存蛋白完整性,使其不会降解或修饰十分重要。

如果你希望解放双手,可以选择预制胶。需要留意的是,预制胶的优势不仅在于省时省力,更应体现在凝胶的高品质与实验结果的可重复性上。InvitrogenTM NuPAGETM Bis-Tris蛋白预制胶相较Tris-甘氨酸体系可更好地保存蛋白完整性,减少蛋白在电泳中的化学修饰,同时其严格的质控标准有助于提升结果重复性。即使无法使用预制胶,也需要选择高纯度的丙烯酰胺,考虑到丙烯酰胺在凝胶中占比较大,如果其杂质含量高,则很难得到漂亮的条带。

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● 蛋白转印

关键词:湿转和快转各有优劣

转印效率取决于诸多因素,如凝胶配方/厚度、印迹膜成分/孔径、凝胶与膜的接触是否充分、电极位置、转印持续时间、蛋白大小和上样组成、场强、缓冲体系以及是否存在去垢剂等。不同蛋白质的转印效率差异很大。因为在不同条件下,蛋白的凝胶迁移能力及其与膜结合能力存在差异。

传统的湿转在低离子强度缓冲液和低电流条件下进行,大多数蛋白质通常可实现理想的转印效果,但湿转动辄一两小时,还需要配一堆试剂;快速转印则需要高离子强度,在高电流条件下进行。随着快转技术的进步,其转印效率与数据线性度不断提升,即便是200-300kDa的大分子量蛋白,只要优化快转条件,照样能得到满意的结果。所以如果你想加快实验速度,省时省事,快速转印系统不失是一个好选择。

转印后可使用免疫印迹兼容型或可逆的染料进行膜染色,以评估转印效率。

传送门:湿转还是半干转?

● 封闭液

关键词:没有一种封闭液适合所有检测体系

由于蛋白之间的相互作用不可预测,在一个检测系统中效果良好的封闭液,可能会在另一个检测系统中导致高背景或信号降低,所以,当检测系统存在变量时(如改变靶点,抗体或底物),建议根据实验效果选择封闭液的类型,理想的封闭液可最大程度地提高信噪比,且不会与系统的抗体或靶点反应。Thermo Scientific StartingBlockTM 封闭液(货号37539/37543)配方不含血清与生物素、快速封闭、适用范围广、与多数抗体和生物素结合试剂相兼容,适合作为选择的起点,帮助简化优化操作。

一些体系可通过向封闭液中加入去垢剂达到更理想的效果,因为去垢剂可以更好地减少非特异性结合,从而最大程度地降低背景。通常,去垢剂的最终浓度为0.05%-0.1%;此外,使用高品质去垢剂会大大降低杂质(如过氧化物和醛酮类)对检测结果的影响。需要注意的是,并非所有系统均需要加入去垢剂进行优化;有时,加入过多的去垢剂也会对封闭效果造成影响。

小贴士:脱脂牛奶中含有磷酸化的酪蛋白,可能会增高磷酸化抗体检测时的背景信号,从而影响磷酸化蛋白的检测。

● 一抗的选择与浓度

关键词:一抗浓度不是越高越好

诚然流程中的每个变量都会影响数据质量,但抗体与抗原结合的亲和力和特异性确实至关重要,因此很多人认为决定WB成功的关键因素是一抗。此外,一抗的浓度也会在很大程度上影响信号的生成。如果一抗或二抗浓度过高,不但会因信号过强导致背景更高,信噪比更低的问题,你也会因此花费更多的银子却没有带来好的实验结果,通常降低一抗的浓度会有帮助,因为这会促进靶点特异性的结合并降低背景。

由于不同抗体间亲和力差异大,合适的浓度从几百到几万甚至几十万都有可能,当更换了抗体,或出现了非特异性条带/条带弥散/信号减弱等问题时,需要考虑优化抗体浓度。斑点印迹则是一个简单快速的方式,可以进行宽范围的稀释度检测。

您可将梯度稀释的抗原点在膜上(如使用SuperSignalTM底物检测,样品稀释在微克至飞克范围),依次进行封闭、一抗孵育、漂洗、二抗孵育、漂洗、底物孵育和成像检测。在浓度优化的体系中,底物产生的信号会稳定数小时。

另外,如果由于高背景或抗体结合力低导致WB实验效果不理想,还可以考虑使用信号增强剂进行预处理,以提高印迹的信噪比(图1)。

图1. SuperSignal信号增强剂(货号46640)可降低背景与增强特异性信号,实现低丰度蛋白的检测

小贴士:点膜时,每个点的体积越小越好(1-5μl),以保证点尽可能地小。如果需要使用5μl以上的样品,在点完一次后,干燥2-5分钟,再点一次。让膜干燥10-15分钟,或直至无可见水分。

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● 膜的漂洗

关键词:漂洗要充分

漂洗的重要性不容小觑,因为洗膜不充分容易产生高背景。在整个实验过程中,需确保所使用洗涤缓冲液的体积可完全覆盖印迹膜,避免膜变干,洗的同时可温和晃动。建议一抗孵育后漂洗至少3次,每次5分钟,酶标二抗孵育后漂洗至少5次,每次5分钟。如有非特异性背景,可尝试使用更大体积的漂洗缓冲液或增加漂洗次数和时间。如果仍未改善,则可能是其他步骤存在问题。

小贴士:始终避免手直接与膜接触,实验过程应戴手套或使用干净的镊子。所有设备必须清洁且不沾染外来物质。金属器械(如剪刀)不得有可见的锈迹,因为锈迹可能导致斑点和高背景。

● 二抗浓度

关键词:信号迅速淬灭的常见原因

在合适的底物类型、酶-底物比例以及其他各项因素都达到理想条件时,WB化学发光信号可持续数小时甚至24小时。免疫印迹体系中过多的酶标二抗是引起信号不稳定、高背景、信号持续时间短和灵敏度较低的首要原因。

平稳的信号发射曲线是理想的状态( 图2中信号2),说明系统的各组分已经过优化,结果重复性好。信号迅速衰减则可能会导致偏差、低灵敏度以及信号无法采集。持久的信号可以最大程度地降低由转印效率、不同底物批次和其他因素引起的差异性。

图2. 信号发射曲线示例。当WB体系中存在过多酶时,加人底物后会迅速达到信号输出峰值,并迅速耗尽底物(信号1)。在理想系统中,信号发射强度会在加入底物约5分钟后达到峰值,并维持若干小时的平台期(信号2)。

小贴士:可通过使用不同浓度的二抗检测膜条,在第一次成像后,等待1-2小时后再次对膜条进行成像,来判断适合的二抗浓度。第二次成像时,如果该浓度仍可获得较强的信号,则此稀释度接近理想条件。

● 底物的选择

关键词:根据样本丰度或样品量搭配底物

市面上底物种类很多,如何挑出适合自己实验需求的那款呢?可从这3个角度来选择:

✦ 检测灵敏度。面对林林总总的“超敏”,“特敏”,“极敏”底物,建议通过查询说明书或根据实际使用效果来判断真正的灵敏度,以免精心选购的“超敏”底物实为普通级别。对于常规样本的检测,低皮克(pg)-高飞克(fg)级灵敏度的SuperSignal West Pico PLUS底物可以满足实验所需,可作为新靶点检测的首选。建议同时备一盒SuperSignal Femto超敏底物,其低飞克级灵敏度可轻松应对低丰度或稀有样本;

✦ 信号持续时间。发光信号越是持久,说明底物性能越稳定,检测体系的各组分也是优化的,这样可提高WB结果的重复性,更有助于实现长时间或者多次曝光;

✦ 性价比。除了考虑底物本身的成本,也需要考虑能否提供稳定的信号,在节约抗体与样本的情况下,通过更少的尝试、更顺利地获得理想结果。如果在这个环节大意了,导致最终检测的失败,那么损失的时间、样本和试剂成本会远高于底物。

传送门:不能将就的除了抗体,还有默默耕耘的底物

● 成像方法

关键词:当经典WB拥抱科技

传统方法是使用胶片捕获信号。胶片具有理想的灵敏度,无需昂贵的设备。但其局限性在于每张胶片只能使用一次,一般需要通过不同曝光时间尝试多次,才能掌握信号与背景之间的平衡,对操作技巧和经验要求较高。

好在CCD成像系统的出现带来了新的选择,其便捷性与性能优势已获得越来越多的认可。除了省掉暗室曝光的繁复操作,成像体验更为流畅和简单,CCD成像系统在动态范围和线性度上也已超越胶片。Invitrogen iBright CL1000和FL1000智能成像系统的智能曝光技术可以自动确定最佳曝光时间,避免曝光不足或过曝,即使是实验新手使用,也可轻松获取理想的印迹图像。FL1000更配备5个荧光通道,可同时进行4色荧光成像,在单块印迹上获取更多信息,为你的研究提供更详实的数据支持。

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