2023-02-15 14:15:44, 质谱成像先锋队 布鲁克(北京)科技有限公司-质谱仪器
SCiLS™ Lab软件提供了离子图像即时可视化、空间聚类分析、主成分分析(PCA)、共定位分析等功能。除了这些功能之外,它还提供了SCiLS™ Lab API扩展功能接口。
SCiLS Lab API是什么?
SCiLS™ Lab API是SCiLS™ Lab质谱成像数据处理软件可扩展性的应用,旨在为用户的数据处理提供更多的灵活度。
SCiLS™ Lab API允许用户使用R语言 ( https://www.r-project.org/ ) 或Python语言 ( https://www.python.org/ )编写和运行所需数据处理的脚本。在SCiLS™ Lab软件包中,提供了详尽的SCiLS™ Lab API说明文档,文档中包括R或Python语言包的安装以及各自的参考示例,包括通用示例和特殊示例。
图1: 通过Python实现对带有CCS信息的质谱成像数据的UMAP分析。a. UMAP对质谱成像数据的降维分析;b、c和d是UMAP处理结果导回至SCiLS™ Lab中以实现可视化分析;b.在UMAP第1维度的可视化结果;c.在UMAP第2维度的可视化结果;d.通过UMAP分析后得到的空间聚类结果图。
SCiLS Lab API能做什么?
此外,还有一些有用的示例,未包含可执行的数据,可能需要额外的依赖项。尽管如此,这些示例的架构可以轻松应用于其他的数据集。它们涵盖了以下几个方面:
SCiLS Lab API如何使用?
说明文档提供了上述所有功能的脚本,供具有R或Python编程语言基础的用户参考、以编写出符合自己需求的脚本。图2给出的是进行UMAP分析的R语言参考脚本。值得注意的是,在运用示例中的脚本运行时,数据保存的路径需调整一致。运用SCiLS™ Lab API分析数据时,数据不能同时在SCiLS™ Lab中打开。
图2:对带有CCS信息的质谱成像数据进行UMAP分析的R语言参考脚本
小结
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