Taq Talk第十期 | 如何分析实时PCR数据?

2023-02-06 10:24:10, ABI 赛默飞世尔科技生命科学产品


在上一期Taq Talk中,我们学习了如何进行逆转录qPCR方法的选择。在本周第十期的课程中,我们来了解如何分析实时PCR数据


定量方法的选择取决于实验的目标

  • 绝对定量可测定靶点的实际拷贝数,但也是最费力、最复杂的定量形式。此方法要求周密的计划和高度准确的标准曲线。绝对定量常用于确定病毒滴度。

  • 相对定量也需要仔细规划,但生成的数据是相对丰度,而非确切的拷贝数。这是适用于基因表达研究的方法,可提供两种主要的定量方案:ΔΔCt 和标准曲线定量。


绝对定量

绝对定量是适合需要测定靶点实际拷贝数的研究人员采用的实时荧光定量 PCR 分析方法。要进行绝对定量,需对已知浓度的目标模板溶液进行几次连续稀释,采用实时荧光定量 PCR 扩增,利用获得的数据生成标准曲线,标准曲线以各靶点浓度及相应的 Ct 值绘制。然后将未知样本的 Ct 值与此标准曲线进行比较,确定其拷贝数。


标准曲线生成:

采用绝对标准曲线,目的靶点的拷贝数必须已知。这表示在生成曲线前,应准确定量模板。图1重点显示了标准曲线设置。目的靶点样本被准确测定为含有 2 x 1011 个拷贝。将样本连续八次稀释 10 倍至 2 x 10个拷贝,对每个稀释样本进行实时荧光定量 PCR,重复至少三次。生成的标准曲线与每个特定的 Ct 的拷贝数相关。然后通过与该标准曲线进行比较,推算出未知样本的拷贝数。定量的准确度与标准曲线的质量直接相关。在绝对定量时,应考虑:

1

用于生成标准曲线的模板及定量该模板采用的方法是实验的基础。连续稀释时的加样准确度极为重要。还应记住实时荧光定量 PCR 的灵敏度会放大微小的人为误差。

2

目标模板和连续稀释的实际样本的 RT 和 PCR 效率相当至关重要。

▲ 图1 绝对定量标准曲线设置流程


相对定量

相对定量尽管仍存在技术挑战,但不像绝对定量那样严峻。该技术适用于大多数基因表达研究,可分析校准 (正常) 样本和一个或多个实验样本中目的基因表达水平的上调或下调。采用该技术无需精确测定拷贝数,而是关注与校准样本相比的倍数变化。常见的相对定量算法包括:ΔCt法,ΔΔCt法和标准曲线法。


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