探“云”指南—关于富集分析的那点事

复杂的生物过程通常是由一组基因共同参与，而不是由单个基因单独完成。假如某个功能在已知的研究中出现变异，那么与之相关的功能异常的原因可能是由基因集合共同作用的结果。

探究这一过程最常用的方法是基于GO和KEGG的富集分析。具体实施过程是通过多种方法获得感兴趣的基因，例如差异表达基因集、蛋白质复合物基因簇等，然后寻找这些基因集显著富集的GO节点或者KEGG通路。

欧易云平台

https://cloud.oebiotech.cn/task/detail/enrichment-oehw/

带你一键解析四大数据库：

GO(Gene Ontology)、KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)，Reactome、WikiPathways的富集分析。

3.2输入形式多样：

可直接粘贴基因ID到输入框，或选择上传差异表达基因文件，或者整理成右侧使用说明中的差异基因示例文件都可进行分析。

注意：使用差异表达基因文件，生成的结果最为丰富，包含上下调基因的和弦图、circos图等。

GO条形图 、GO和弦图 

GO功能柱状图、 KEGG柱形图、 KEGG条形图 

KEGG和弦图 、KEGG的Circos图 、kegg通路图 

KEGG气泡图、Reactome气泡图

4.1 我想做其他物种的富集分析，你们没有提供，我也没有背景文件怎么办？

https://cloud.oebiotech.cn/task/detail/gmt-oehw/ 

gmt背景文件下载小工具为您服务，仅输入物种编号如9606（人），即可获取对应物种的所有背景文件。同时云平台上操作选择其他物种，上传GO、KEGG背景文件，上传KEGG注释文件即可进行GO和KEGG分析；上传Reactome、WIkipathway或其他数据库背景文件即可进行其他数据库的富集分析。

4.2 我填写了基因ID，选择了对应物种，结果为空，为什么？

请查看重要提示中的物种与数据库版本信息哦，目前仅支持对应版本的物种进行分析，如果选择其他版本，请选择其他物种，同时上传对应背景文件进行分析。