【干货】微生物高分文章必备分析LEfSe

今天Fanny给大家介绍一个好玩又简单的微生物多样性分析中的组间比较分析——LEfSe，即linear discriminant analysis(LDA)，线性判别分析。

LEfSe根据分类学组成对样品按照不同的分组条件进行线性判别分析，找出对样品划分产生显著性差异影响的群落或物种。

大致步骤如下：

Step1：利用Kruskal-Wallis秩和检验检测所有的特征物种，检测不同组间的物种丰度差异，并获得显著差异物种

Step2：再利用Wilcoxon秩和检验检查在显著差异物种类中的所有亚种比较是否都趋同于同一分类级别

Step3：对生成的向量集建立一个线性判别分析模型，最终得到特定分类水平下的差异物种列表及effect size

LEfSe分析可以简单地进行在线分析，分析网站是：http://huttenhower.sph.harvard.edu/galaxy/

网站页面如下：

一般地，微生物多样性分析结果中都能得到OTU不同分类水平下的物种占比结果，将文件格式转换成为网站上的标准输入格式即可上传并按照A-F的步骤进行分析。

数据格式样例：

分析示意图：

使用默认值，一步步往下进行分析！

生成的分析结果如下：

1.按影响性及关联性，以LEfSe算法计算各组中有显著差异的微生物群落或物种的LDA分值。

图中展示的是LDA score大于预设值的显著差异物种，默认分值为2.0。柱状图的长短代表的是LDA score，即不同组间显著差异物种的影响程度。

2.根据LEfSe结果，以进化分枝树图展示各层次水平中存在组间差异的微生物群落或物种结构。

红色与绿色表示不同的分组情况，由内到外表示的是门、纲、目、科、属的物种分类水平。进化树中的红色节点为在红色组别中起重要作用的物生物分类，绿色节点为绿色组别中起到重要作用的物生物分类，黄色均代表无显著差异的物种。

3.根据LEfSe结果中检测到的存在组间差异的微生物群落或物种绘制丰度直方图。

相对丰度直方图，实线为相对丰度平均值，虚线为相对丰度的中值，每个柱子代表各个组中的各个样本的相对丰度。

最后得到的这些漂亮的图例可以在网页右侧的任务栏中下载哦！ 

四不四很简单呢？